Comparison of genomic and epigenomicexpression in monozygotic twins using next-generation sequencing.

使用下一代测序比较同卵双胞胎的基因组和表观基因组表达。

基本信息

批准号：
23659519
负责人：
KUBOTA Takeo
金额：
$ 2.5万
依托单位：
University of Yamanashi
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

Discordance in disease manifestation between affected monozygotic twins has been attributed to either environmental factors or different patterns of X chromosome inactivation (XCI). However, recent studies have identified genetic and epigenetic differences between monozygotic twins, thereby challenging the accepted experimental model for distinguishing the effects of nature andnurture. Here, we report the genomic and epigenomic sequences in skin fibroblasts of a discordant monozygotic twin pair with Rett syndrome, an X-linked neurodevelopmental disorder characterized by autistic features, epileptic seizures, gait ataxia and stereotypical hand movements. In the twins, no reproducible differences were detected between the twins in single nucleotide polymorphisms (SNPs), insertion-deletion polymorphisms (indels), or copy number variations. Differences in DNA methylation between the twins were detected in fibroblasts in the upstream regions of genes involved in brain function and skeletal tissues, and thus, the differences in DNA methylation patterns likely underlie the discordance in Rett phenotypes between the twins.

受影响的同卵双胞胎之间疾病表现的不一致归因于环境因素或 X 染色体失活 (XCI) 的不同模式。然而，最近的研究已经确定了同卵双胞胎之间的遗传和表观遗传差异，从而挑战了公认的区分先天和后天影响的实验模型。在这里，我们报告了一对患有 Rett 综合征的不和谐同卵双胞胎皮肤成纤维细胞的基因组和表观基因组序列，Rett 综合征是一种 X 连锁神经发育障碍，其特征为自闭症特征、癫痫发作、步态共济失调和刻板的手部动作。在双胞胎中，在单核苷酸多态性（SNP）、插入-缺失多态性（indels）或拷贝数变异方面没有检测到可重复的差异。在涉及大脑功能和骨骼组织的基因上游区域的成纤维细胞中检测到双胞胎之间DNA甲基化的差异，因此，DNA甲基化模式的差异可能是双胞胎之间Rett表型不一致的基础。

项目成果

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专利数量（0）

The protocadherins, PCDHB1 and PCDH7, are regulated by MeCP2 in neuronal cells and brain tissues: implication for pathogenesis of Rett syndrome.

DOI：
10.1186/1471-2202-12-81
发表时间：
2011-08-08
期刊：
BMC neuroscience
影响因子：
2.4
作者：
Miyake K;Hirasawa T;Soutome M;Itoh M;Goto Y;Endoh K;Takahashi K;Kudo S;Nakagawa T;Yokoi S;Taira T;Inazawa J;Kubota T
通讯作者：
Kubota T

母子分離ストレスによるマウス脳海馬領域のグルココルチコイド受容体の発現変化.

由于母体分离应激，小鼠大脑海马区糖皮质激素受体表达的变化。