Functional analysis of isoflavonoid biosynthesis related transcription factors using gene co-expression network analysis

利用基因共表达网络分析异黄酮生物合成相关转录因子的功能

基本信息

批准号：
23510272
负责人：
SUZUKI Hideyuki
金额：
$ 3.49万
依托单位：
Kazusa DNA Research Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

In order to isolate transcription factors involved in isoflavonoid biosynthesis, we established an EST (expressed sequence tag) data in Iris germanica root cultures, accumulating isoflavonoid, using next-generation sequencing instrument illumina HiSeq 1000 with 100 bp paired-end reads. Furthermore, we carrying out transcript expression analysis (using a custom Iris DNA array) in subculturing time-course experiment of Iris germanica root cultured cells for gene discovery in gene co-expression network analysis.We established standalone Confeito Java-GUI (gene co-expression network analysis) software that extracted highly-interconnected gene modules. Using the public Arabidopsis DNA array resource data (more than 9 thousands), we have shown an application of our developed Confeito Java-GUI software to isolate gene co-expression network module in Arabidopsis aliphatic glucosinolate biosynthesis.

为了分离参与异黄酮生物合成的转录因子，我们在德国鸢尾根培养物中建立了 EST（表达序列标签）数据，积累异黄酮，使用下一代测序仪 Illumina HiSeq 1000 进行 100 bp 双端测序。此外，我们在德国鸢尾根培养细胞的传代时间过程实验中进行转录表达分析（使用定制的鸢尾花 DNA 阵列），以便在基因共表达网络分析中发现基因。我们建立了独立的 Confeito Java-GUI（基因共表达网络分析）。表达网络分析）提取高度互连的基因模块的软件。利用公共拟南芥DNA阵列资源数据（超过9千个），我们展示了我们开发的Confeito Java-GUI软件在拟南芥脂肪族芥子油苷生物合成中分离基因共表达网络模块的应用。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ネットワーク解析を用いた(植物)生合成研究

使用网络分析进行（植物）生物合成研究

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
宮本健助;岡真理子;上田英二;上田純一;鈴木秀幸
通讯作者：
鈴木秀幸

特有のフラボノイドを蓄積するアヤメ属植物のEST解析

积累独特黄酮类化合物的鸢尾植物的 EST 分析

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yohko Yamazaki;Tohru Masuda;Manabu Kawada;Isao Momose;Akio Nomoto;西山繁;渡邉弘法，清水好美，岩崎真悟，米山恵介，吉田隼，遠藤有紗，柴田大輔，鈴木秀幸，青木俊夫，明石智義
通讯作者：
渡邉弘法，清水好美，岩崎真悟，米山恵介，吉田隼，遠藤有紗，柴田大輔，鈴木秀幸，青木俊夫，明石智義

ミヤコグサ由来フラボノイド8-水酸化酵素遺伝子の単離と機能解析

莲子黄酮8-羟化酶基因的分离及功能分析

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
嶋田典基;明石智義;青木俊夫;金森千奈;太田大策;青木考;柴田大輔;鈴木秀幸
通讯作者：
鈴木秀幸

Recent advances in forest tree biotechnology

DOI：
10.5511/plantbiotechnology.13.1203b
发表时间：
2014-03
期刊：
Plant Biotechnology
影响因子：
1.6
作者：
Shiro Suzuki;Hideyuki Suzuki
通讯作者：
Shiro Suzuki;Hideyuki Suzuki

Metabolomics-oriented molecular cloning and functional characterization of flavonoid 8-hydroxylase from Lotus japonicus

百脉根黄酮8-羟化酶的代谢组学分子克隆及功能表征

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kota Kera;Norimoto Shimada;Tomoyoshi Akashi;Toshio Aoki;Tina Kanamori;Daisaku Ohta;Koh Aoki;Daisuke Shibata;Hideyuki Suzuki
通讯作者：
Hideyuki Suzuki