Extension of the MAFFT algorithm to RNA and protein structural multiple alignment

将 MAFFT 算法扩展到 RNA 和蛋白质结构多重比对

• 批准号: 21700326
• 负责人: KATOH Kazutaka
• 金额: $ 2.25万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (2010-2011)Kyushu University (2009)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21700326/
• 关键词: 配列アラインメント; 構造アライメント; タンパク質; 並列計算; バイオインフォマティクス; 配列アライメント; タンパク質立体構造; 生体生命情報学; 構造アラインメント; 分子系統樹; 生態生命情報学; 最節約法; 最尤法; 多重アラインメント

Alignment of multiple sequences is a basic technique for sequence analysis, and has various applications, including phylogenetic inference and structure prediction. This research aims(1) to extend the MAFFT multiple sequence alignment program to enable structural alignment of proteins and RNAs, and(2) to enhance its usability to contribute to a wide range of studies that use biological sequences. We started a new web services for alignment calculation and distribution of the program in CBRC, AIST and Osaka University. As a result the MAFFT program has gained worldwide popularity. We also have implemented several new features, such as parallelization, and the addition of new sequences into an existing alignment.

多个序列的比对是一种用于序列分析的基本技术，并且具有各种应用，包括系统发育推断和结构预测。这项研究的目的（1）扩展了MAFFT多个序列比对程序，以实现蛋白质和RNA的结构比对，以及（2）增强其可用性，以促进使用生物学序列的广泛研究。我们启动了新的Web服务，用于在CBRC，AIST和大阪大学的计划计算和分发。结果，MAFFT计划在全球范围内广受欢迎。我们还实施了几个新功能，例如并行化，并将新序列添加到现有的对齐中。

项目成果

MAFFTash-a structure-sequence multiple alignment program for proteins

MAFFTash-蛋白质结构序列多重比对程序

• 发表时间: 2009
• 作者: 加藤和貴;Daron M. Standley,中村春木,藤博幸
• 通讯作者: Daron M. Standley,中村春木,藤博幸

Multiple Alignment of DNA Sequences with MAFFT.'Bioinformatics for DNA Sequence Analysis' edited by D. Posada

DNA 序列与 MAFFT 的多重比对。“DNA 序列分析的生物信息学”，D. Posada 编辑

• 发表时间: 2009
• 作者: Katoh K;Asimenos G;Toh H
• 通讯作者: Toh H

Effect of adding homologs in phylogenetic analysis. GCOEバイオインフォマティクス公開セミナー

GCOE 生物信息学公共研讨会中添加同源物的效果。

• 发表时间: 2011
• 作者: Katoh K;Ledergerber C;Dessimoz C;Gil M
• 通讯作者: Gil M

Effect of adding homologs in phylogenetic analysis

在系统发育分析中添加同源物的效果

• 发表时间: 2011
• 作者: Katoh K;Ledergerber C;Dessimoz;C;Gil;M
• 通讯作者: M

Two extensions of MAFFT : protein structure-sequence alignment and large-scale sequence alignment

MAFFT的两个扩展：蛋白质结构序列比对和大规模序列比对

• 发表时间: 2010
• 作者: Katoh K;Standley D M;Dinh H;Nakamura H;Toh H
• 通讯作者: Toh H