疾患関連タンパク質における機能決定アミノ酸残基の予測
预测疾病相关蛋白质中决定功能的氨基酸残基
基本信息
- 批准号:11F01210
- 负责人:
- 金额:$ 0.51万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2011
- 资助国家:日本
- 起止时间:2011 至 2013
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究では、バイオインフォマティクス手法を用いて、タンパク質中で機能発現に重要な役割を果たすアミノ酸残基(以下、「機能部位」と呼ぶ)とその役割を同定することを目指している。前年度は、タンパク質ドメインを機能分類したスーパーファミリーについての大規模データセットを構築した。本年度の研究実施計画として、1)このデータセットを用いた解析による、スーパーファミリー中でのアミノ酸配列および立体構造上の特徴と既知の機能部位との比較および、2)疾患関連タンパク質上の機能決定アミノ酸残基とその役割の解明、を掲げた。まず項目1については、今回の解析により、多くのタンパク質スーパーファミリー内で、立体構造上の多様な場所が機能部位として利用されていることを見いだした。これは、特定のタンパク質の立体構造については特定の場所にのみ機能部位が存在する、という一般に通用している概念に修正を促し、タンパク質機能部位の進化についての新たな知見を与えるものである。この結果は、前年度来の研究成果と合わせて、論文として発表した(Dessailly et al., 2013)。また、項目2については、核酸によって引き起こされる自然免疫に関わる重要なタンパク質であるSTINGに注目した解析を実行した。STINGタンパク質に、抗がん剤である5,6-ジメチルキサンテノン-4-酢酸(DMXAA)が直接作用を及ぼす可能性を検証するために、ドッキングと機能部位の解析を行なった。この結果は、共同研究者による一連の実験結果を解釈し、DMXAAによるシグナル伝達に関する新たな仮説を生み出すことに貢献した(Tang et al., 2013)。
这项研究旨在鉴定使用生物信息学技术在蛋白质中在功能表达中起重要作用的氨基酸残基(以下称为“功能部位”)。在上一年,我们为超家族构建了一个大型数据集,该数据集在功能上对蛋白质结构域进行了分类。今年的研究计划是1)通过使用此数据集进行分析,将超家族中的氨基酸序列和构象特征与已知功能位点进行比较,以及2)阐明氨基酸残基及其在确定与疾病相关蛋白质功能的作用的作用。首先,关于项目1,我们发现各种构象位置被用作许多蛋白质超家族中的功能部位。这鼓励修改通常支持的概念,即功能位点仅存在于特定蛋白质的三维结构的特定位置,并为蛋白质功能位点的演变提供了新的见解。这些结果作为论文发表了上一年的研究结果(Dessailly等,2013)。此外,对于第2项,进行了分析,重点是刺,这是由核酸引起的先天免疫的蛋白质。进行对接和功能部位分析,以验证抗癌药物5,6-二甲基二苯甲酮-4-乙酸(DMXAA)的可能性可以直接影响STING蛋白。该结果解释了合作者的一系列实验结果,并为DMXAA发出有关信号的新假设做出了贡献(Tang等,2013)。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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