ホヤ胚発生の包括的理解のための遺伝子発現アトラスの作製にむけた試み

尝试创建基因表达图谱以全面了解海鞘胚胎发育

基本信息

批准号：
20657042
负责人：
佐藤ゆたか
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2009
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20657042/
关键词：
ホヤマイクロアレイ発現プロファイル

项目摘要

動物の発生は細胞を基本単位として進行する。また、発生においてはゲノムを単位として遺伝子の発現が時間的・空間的に調節されている。したがって、時空間的に制御された遺伝子発現の様子を細胞の単位でかつゲノムワイドに知ることは発生の全体像を知る上で欠かせない知識である。本研究で用いるホヤ胚は細胞数が少なく、細胞単位の解析が可能な実験系である。また、脊索動物としてはゲノムサイズが小さく、コードされている遺伝子数も少ない。つまり、ホヤ胚を用いることで細胞単位かつゲノムワイドな解析を比較的容易に行うことができる。ホヤ胚発生における細胞単位の発現プロファイルの解析のため、本年度はまず、受精卵からmRNAを抽出し、それを用いてマイクロアレイによる発現解析をおこなった。次に8細胞期胚について、割球をガラス針で単離した。ホヤの8細胞期胚は左右対称であるので、4種類のサンプルが得られた。得られたサンプルのそれぞれからmRNAを抽出し、受精卵と同様にマイクロアレイによる発現解析を行った。マイクロアレイの結果同士の発生学的研究への利用には細胞の大きさなどのパラメータによる補正が必要となる。そこで、いくつかの補正を試みた後、in situハイブリダイゼーション解析によって、実際の遺伝子発現パターンを個々に調べることで、マイクロアレイの結果を考察した。その結果として、いくつかの補正を行うことで、マイクロアレイの実験間での比較が正確に行えるようになりつつある。

动物发育通过细胞作为基本单位发展。此外，在发育中，基因表达在时间和空间上以基因组为单位进行调节。因此，以细胞单位和全基因组方式了解时空，受控基因表达的状态对于理解总体发育图像至关重要。这项研究中使用的喷水胚胎具有少量的细胞，并且是一个实验系统，可以进行细胞分析。此外，脊柱的基因组大小很小，编码基因的数量很少。换句话说，通过使用喷气胚，可以相对容易地进行细胞和全基因组分析。为了分析喷气胚胎发育中的细胞单位表达谱，今年首先从受精卵中提取mRNA，并用于使用微阵列分析表达。然后用玻璃针分离出8细胞阶段胚胎的胚泡。由于松鼠的八细胞阶段胚胎是对称的，因此获得了四种样品。从每个获得的样品中提取mRNA，并以与受精卵相同的方式使用微阵列进行表达分析。使用微阵列结果进行发育研究需要使用诸如细胞大小之类的参数进行校正。因此，在尝试了几次校正后，我们通过原位杂交分析单独检查了实际基因表达模式，从而检查了微阵列的结果。结果，正在进行几次校正，以便在微阵列的实验之间进行准确的比较。