ホヤゲノムにおける5'スプライスリーダー配列をもつmRNAの網羅的解析

海鞘基因组中 5 剪接前导序列 mRNA 的综合分析

基本信息

批准号：
17017020
负责人：
佐藤ゆたか
金额：
$ 3.2万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ホヤのmRNAの一部はその5'末端にトランススプライシングによってスプライスリーダー配列をもつことが明らかにされている。そこで、オリゴキャッピング法によって完全長cDNAライブラリーを作製し、そこから5000個あまりの5' ESTを得て、約50%の遺伝子がトランススプライシングを受けることを明らかにした。また、実際にホヤの遺伝子の一部はポリシストロニックな転写産物を生成し、トランススプライシングによってモノシストロニックなmRNAとなることを確認した。このような現象は線虫など他のトランススプライシングを行う動物でも知られている。他の動物ではポリシストロン内の遺伝子間距離は100塩基程度であることが多いが、ホヤの場合遺伝子間距離が0であることを見いだした。われわれを含め、いくつかの遺伝子モデルセットが公開されているが、どれもその精度は十分ではない。遺伝子間距離が0の遺伝子群の存在はこれまで想定されておらず、既存の遺伝子予測プログラムでは対応できないことが一つの大きな要因である。したがって本研究で明らかになるEST情報をもちいることによってその精度は飛躍的にあがることが期待できる。一方、それにともない、既存の遺伝子予測プログラムにこのEST情報を反映させる情報学的な解決方法を探る必要が生じている。ゲノムワイドな遺伝子機能の解析は正確な遺伝子のカタログ化が前提であり、その意味でも本研究の果たす役割は大きい。また、冒頭でも述べたように発生における転写制御のメカニズムをゲノムワイドに考える上では遺伝子の5'末端を正確に知ることが不可欠であるが、ホヤの遺伝子の約半数がトランススプライシング遺伝子であることから本研究をさらに推進していくことがホヤの発生における発生システムの理解に重要であることが明らかである。

据透露，某些喷我的mRNA通过转换在5'结尾处具有剪接领导者的序列。因此，通过寡聚封闭制备了全长cDNA文库，并从中获得了超过5,000个5'EST，表明大约50％的基因经历了转移。还证实，喷气基因的一部分实际上会产生多用电话转录本，并通过跨模型变为单科传播mRNA。这种现象在其他变速动物（例如线虫）中也已知。在其他动物中，多晶体中的基因间距离通常约为100个碱基，但是在松鼠的情况下，发现基因间距离为0。包括我们在内的几组基因模型已经发表，但它们都足够准确。一个主要因素是，直到现在才预料到具有0个基因间距离的基因组的存在，现有的基因预测程序无法适应这一点。因此，可以预期，本研究中揭示的EST信息的准确性将大大改善。另一方面，有必要探索在现有基因预测程序中反映此信息的信息解决方案。全基因组基因功能的分析基于准确的基因分类，从这个意义上讲，这项研究的作用起着主要作用。此外，正如开始时提到的那样，在考虑以全基因组方式开发过程中转录调控的机制时，必须准确了解基因的5'末端，但是很明显，这项研究的进一步发展对于理解患者发育中的发展系统很重要。