Large scale MD simulation studies on quaternary structural changes of hemoglobin

血红蛋白四级结构变化的大规模MD模拟研究

• 批准号: 20500268
• 负责人: SAITO Minoru
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Hirosaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2010
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-20500268/
• 关键词: 生体生命情報学; ヘモグロビン; 四次構造変化; シミュレーション; 並列計算機; サブユニット

I accelerated my software COSMOS90 by vectorization and parallelization on supercomputers and made it possible to perform long MD simulations for hemoglobin under the realistic condition, in water with all degrees of freedom and long-range Coulomb interactions included. I found quaternary structural changes and dynamics of hemoglobin.

我通过超级计算机上的矢量化和并行化加速了我的软件 COSMOS90，并使得在现实条件下、在水中进行血红蛋白的长时间 MD 模拟成为可能，包括所有自由度和远程库仑相互作用。我发现了血红蛋白的四级结构变化和动态。

项目成果

Force-field parameters of the Ψ and Φ aroud glycosidic bonds to oxygen and sulfur atoms

氧和硫原子糖苷键周围 Ψ 和 Φ 的力场参数

• 发表时间: 2009
• 期刊: J.Comput.Chem. 30
• 作者: Minoru Saito;Isao Okazaki
• 通讯作者: Isao Okazaki

Large Scale MD Simulations of Proteins on the Earth Simulator : Quaternary Structural Changes of Hemoglobin

地球模拟器上蛋白质的大规模MD模拟：血红蛋白的第四纪结构变化

• 发表时间: 2009
• 期刊: Annual Report of the Earth Simulator Cent er, April 2008-March 2009 (印刷中)
• 作者: 黒田正博;森裕一;飯塚誠也;榊原道夫;Minoru Saito
• 通讯作者: Minoru Saito

水中のヘモグロビンの四次構造変化のシミュレーション

水中血红蛋白四级结构变化的模拟

• 发表时间: 2008
• 作者: 二宮勝幸;柏木宣久;岡敬一;永山恵;Minoru Saito;斎藤稔
• 通讯作者: 斎藤稔

MD simulations of hemoglobin in water with all degrees of freedom for different oxygen binding states and quaternary structures

对水中血红蛋白进行不同氧结合态和四级结构的所有自由度的 MD 模拟

• 发表时间: 2010
• 作者: Minoru Saito