Structural Interactome Studies from Computational and Bioinformatics Approaches

计算和生物信息学方法的结构相互作用组研究

基本信息

批准号：
20370061
负责人：
NAKAMURA Haruki
金额：
$ 12.9万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至 2010
项目状态：
已结题

项目摘要

For structural interactome study, which investigates the protein-protein interaction network based on their tertiary structures, we have constructed several different kinds of databases and made informatics analyses by identifying and predicting the interfaces, so that complex structural models have been predicted. In addition, for the intrinsically denatured proteins, we have successfully reproduced and analyzed their coupled folding and binding procedures as the stable states in the free energy landscapes from computational studies.

对于基于第三纪结构来研究蛋白质蛋白质相互作用网络的结构相互作用研究，我们已经构建了几种不同类型的数据库，并通过识别和预测接口进行了信息分析，以便预测了复杂的结构模型。此外，对于本质上变性的蛋白质，我们成功地复制并分析了其耦合的折叠和结合程序，作为计算研究的自由能景观中的稳定状态。

项目成果

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专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

光合成反応中心スペシャルペアの電子構造の蛋白質依存性

光合反应中心特殊对电子结构的蛋白质依赖性

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kimura T;Sakai M;Tabu K;Wang L;Tsunematsu R;Tsuda M;Sawa H;Nagashima K;Nishihara H;Hatakeyama S;Nakayama K;Ladanyi M;Tanaka S;Nakayama KI;中村春木
通讯作者：
中村春木

surFit : A Docking server of protein molecular surfaces

surFit：蛋白质分子表面对接服务器

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yoshimura A;Seki M;Kanamori M;Takeishi S;Tsurimoto T;Tada S;Enomoto T.;Haruki Nakamura
通讯作者：
Haruki Nakamura

低分解能3次元電子顕微鏡データのハイスループット構造比較

低分辨率 3D 电子显微镜数据的高通量结构比较

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
長沼孝雄;廣瀬哲郎;中村春木
通讯作者：
中村春木

Estimation of native-like state of protein structure using statistical potentials for protein structure prediction

使用蛋白质结构预测的统计势估计蛋白质结构的天然状态

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Fotovati;A.;S.Abu-Ali;K.Nakayama;K.I.Nakayama;木下賢吾
通讯作者：
木下賢吾

QM/MM分子動力学シミュレーションによる脂肪酸合成に関わるアシルキャリアー蛋白質のホスフォパンテティン化酵素反応の研究

QM/MM分子动力学模拟研究参与脂肪酸合成的酰基载体蛋白的磷酸酯酶反应

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Helfand;B.T.;Mendez;M.G.;Murthy;S.N.;Shumaker;D.K.;Grin;B.;Mahammad;S.;Aebi;U.;Wedig;T.;Wu;Y.I.;Hahn;K.M.;Inagaki;M.;Herrmann;H. Goldman;R.D;安永卓生(共著);中村春木
通讯作者：
中村春木