慢性型開放隅角緑内症(GLC1D)の原因遺伝子の探索・解析

慢性开角型青光眼（GLC1D）基因的搜索和分析

基本信息

批准号：
14770976
负责人：
清水厚志
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至 2003
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14770976/
关键词：
ヒトゲノムゲノムシーケンス 8q23 cDNA PCR 連鎖解析緑内障疾患原因遺伝子

项目摘要

8番染色体長腕q23にマップされている慢性型開放隅角緑内障の原因遺伝子の同定のため、昨年度に引き続き網羅的遺伝子同定を進めるとともに、緑内障患者DMを用いてマップした領域内の全遺伝子の変異検索を試みた。同疾患原因遺伝子の候補領域(DNAマーカーD8S556からD8S522)をカバーする10Mbの塩基配列に対し公共データベースを用いたホモロジー検索、フグゲノム、マウスゲノムとの比較、およびコンピュータプログラムによるエキソン予測などを駆使して解析を行い、新規遺伝子に対しては非翻訳領域を含む全長構造決定とともに発現プロファイル解析等を行った。その結果、新規遺伝子を含む25個の遺伝子の存在を本領域に確認することができた。特に新規に発見されたPKHD1L1およびCSMD3はそれぞれエキソン数が約70の巨大遺伝子であった。これら2つの巨大遺伝子を含む25個の遺伝子のエキソン・イントロン構造を解析し、得られた位置情報を元に全エキソンを増幅する約300セットのプライマーを設計した。また、エキソン長が300bpを超えている場合には、分割してプライマーを設計し、それぞれが300bp程度になるように調節した。これらのプライマーを用いて米国との共同研究により同領域内に原因遺伝子がマップされている緑内障患者DNAに対して変異検索を行った。その結果多数のSNPsの存在が確認され、複数のSNPsにおいてアミノ酸置換が確認できた。しかしながら現在、これらのSNPsと緑内障との関連性は見いだされていない。

染色体染色体长度ARM Q23，青光眼的慢性开放角度的慢性敞开角度，促进了鉴定综合基因的鉴定，以及使用青光眼患者DM绘制的区域中所有基因的区域。我尝试了突变搜索。使用公共数据库进行10MB基础序列，该序列涵盖了该疾病原因的候选区域（DNA标记D8S556至D8S522），与Huggenom，口腔基因组和计算机程序进行了比较。并以整个长结构测定（包括非翻译区域）和表达谱分析进行了新基因。结果，在原始区域证实了包括新基因在内的25个基因的存在。特别是，新发现的PKHD1L1和CSMD3的巨大基因约为70个外来。分析了包括这两个巨型基因在内的25个基因渗透结构，并设计了大约300组，这些集合根据获得的位置信息扩大了所有Exonson。如果外移长度超过300 bp，则将底漆划分并设计了底漆，每个底漆都被调整为约300 bp。使用这些引物，与美国的联合研究进行了突变搜索青光眼患者DNA，该患者DNA在同一结构域中具有因果基因。结果，确认了许多SNP的存在，并在多个SNP中证实了氨基酸取代。但是，这些SNP和青光眼之间尚未发现联系。