珪藻ゲノムに内在化したウイルス化石の現世における生態学的意義の解明
阐明现代硅藻基因组中内化的病毒化石的生态意义
基本信息
- 批准号:22K18351
- 负责人:
- 金额:$ 16.64万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-06-30 至 2026-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
共同研究者との対面によるスタートアップ会議を実施し、研究計画の点検と作業スケジュールの確認を行った。R4年度はChaetoceros tenuissimusを含む珪藻ウイルス化石の発掘のため、Chaetoceros属珪藻2株(AG07-C23、B株)の無菌株作製を行い、全ゲノム解析のための基本的な配列取得に成功した。また、ニュージーランド国のC. tenuissimus培養株の入手を試みたが、不在であることが明らかになった。海外の珪藻株の入手については引き続き継続していく予定。珪藻ウイルス化石の発現とその役割の関係解明のための技術基盤となるシングルセル解析マニュアルについては予備試験をしつつ点検を行い、作業スキームの整理を行った。シングルセル解析においては、上記株以外にも他種キートセロス属種にもチャレンジした。具体的には以下の流れとなった。シングルセル解析における細胞分取の際には、はじめに前方散乱光と葉緑体の自家蛍光による二次元プロットで、葉緑体を持つことが明確な単一の粒子群を珪藻の細胞集団として選抜する。その後、前方散乱光のパルスの高さと面積による二次元プロットを用いて、凝集した細胞を分取の対象から除外することで、単一の細胞のみを分取の対象に選択する。この細胞集団を対象として、予め各wellにRNase free水が分注された96 wellプレートの各wellに1細胞を分取する。その際、細胞を含む液滴が確実にwell中の溶液に懸濁されるよう、分取前後にプレートを遠心する。細胞分取後には、プレートを液体窒素温度で凍結し、解析直前までディープフリーザーで保管する。
与联合研究人员召开了面对面的启动会议,审查研究计划并确定工作日程。 R4年,为了挖掘包括细角毛藻在内的硅藻病毒化石,我们创建了两个角毛藻硅藻株(AG07-C23,B株)的不育株,并成功获得了全基因组分析的基本序列。我们还尝试从新西兰获得 C. tenuissimus 的培养菌株,但很明显它们无法获得。我们计划继续从海外获取硅藻菌株。在进行前期试验的同时,查阅了作为阐明硅藻病毒化石表达及其作用关系的技术基础的单细胞分析手册,并组织了工作方案。在单细胞分析中,除了上述菌株外,我们还对 Chietoceros 属的其他物种进行了挑战。具体而言,流程如下。在单细胞分析中对细胞进行分类时,首先使用前向散射光和叶绿体自发荧光的二维图选择明显具有叶绿体作为硅藻细胞群的单个颗粒组。此后,通过使用前向散射光脉冲的高度和面积的二维图,将聚集的细胞从分选目标中排除,并且仅选择单个细胞作为分选目标。针对该细胞群,将一个细胞分选到 96 孔板的每个孔中,其中预先将无 RNase 的水分配到每个孔中。此时,将分选前后的板离心,以确保含有细胞的液滴悬浮在孔中的溶液中。细胞分选后,将板在液氮温度下冷冻并储存在深冰箱中,直至分析前。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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