Prediction of gene functions by use of molecular evolutionary approach
利用分子进化方法预测基因功能
基本信息
- 批准号:07504009
- 负责人:
- 金额:$ 13.12万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
- 财政年份:1995
- 资助国家:日本
- 起止时间:1995 至 1997
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
The main purpose of the present research project is to extract functional domains from the nucleotide sequences of homologous gene groups by use of molecular evolutionary approach. To attain this purpose, we first developed the the new method for constructing phylogenetic trees based upon the minimum description length principle. By using this new method, we identified several functional domains of serine protease genes as an example. Because this method was so successful, weextended our approach to all homologous gene groups. Then, we constructed the 'so-called' sequence motif database, where sequence motif represents characteristics of the sequence specific to a particular function. Moreover, we produced nucleotide sequences of genes whose data availability is sos limited by conducting the PCR experiments. In order to establish the sequence techniques in our laboratory, we practiced the PCR experiment by using fish mitochondrial DNAs. These results obtained in this research project is significant for identifying and predicting the gene functions from the nucleotide sepuence data.
本研究项目的主要目的是通过使用分子进化方法从同源基因组的核苷酸序列中提取功能结构域。为了实现这一目的,我们首先根据最小描述长度原理开发了构造系统发育树的新方法。通过使用这种新方法,我们将丝氨酸蛋白酶基因的几个功能域视为一个例子。由于这种方法是如此成功,因此我们将我们的方法推迟到所有同源基因组。然后,我们构建了“所谓的”序列基序数据库,其中序列基序代表特定函数的序列的特征。此外,我们产生了基因的核苷酸序列,其数据可用性通过进行PCR实验而受到限制。为了在我们的实验室中建立序列技术,我们通过使用FISH线粒体DNA进行了PCR实验。在该研究项目中获得的这些结果对于鉴定和预测核苷酸链球菌数据的基因功能非常重要。
项目成果
期刊论文数量(58)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Endo,T.: "Large-scale search for genes on which positive selection may operate." Mol.Biol.Evol.13・5. 685-690 (1996)
Endo, T.:“大规模搜索可进行正选择的基因。”Mol.Biol.Evol.13・5(1996)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Nakamura Y.: "Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases." Nucl.Acids Res.25・1. 244-245 (1997)
Nakamura Y.:“国际 DNA 序列数据库中的密码子使用列表。”Nucl.Acids Res.25·1(1997)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
山口 由美: "ウイルスの分子進化" ウイルス. 第46巻. 1-6 (1996)
山口由美:“病毒的分子进化”,第 46 卷,1-6 (1996)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Sato, S.et al.: ""Ascidian tyrosinase gene : Its unique structure and expression in the developing brain."" Developmental Dynamics. 208. 363-374 (1997)
Sato, S.et al.:“海鞘酪氨酸酶基因:其独特的结构和在发育中的大脑中的表达。”发育动力学。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Gojobori, T.: "Sequence divergence estimation.In:Molecular Biology and Biotechnology.A Comprehensive Desk Reference.(Ed.,R.A.Meyers)" VCH Publishers,Inc.863-866 (1995)
Gojobori, T.:“序列分歧估计。见:分子生物学和生物技术。综合案头参考。(Ed.,R.A.Meyers)”VCH Publishers,Inc.863-866 (1995)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
共 46 条
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GOJOBORI Takashi的其他基金
An informatics approach to the systematic understanding of a model disease
系统理解模型疾病的信息学方法
- 批准号:1701906517019065
- 财政年份:2005
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority AreasGrant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
Evolution and Diversity in the system of development and differentiation
发育和分化系统中的进化和多样性
- 批准号:1220200512202005
- 财政年份:2000
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority AreasGrant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
Elucidation of the machinery of biodiversity on the basis of evolutionary genetics
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- 批准号:1083602410836024
- 财政年份:1998
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Study on the DNA database and other biological databases
DNA数据库及其他生物数据库的研究
- 批准号:1004118710041187
- 财政年份:1998
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A).Grant-in-Aid for Scientific Research (A).
Study on DNA and related bioinformatics databases
DNA及相关生物信息学数据库研究
- 批准号:0704115507041155
- 财政年份:1995
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for international Scientific ResearchGrant-in-Aid for international Scientific Research
Elucidation of molecular evolutinary mechanisms of HIV and HCV
阐明 HIV 和 HCV 的分子进化机制
- 批准号:0740404307404043
- 财政年份:1995
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
Study on the development of the DNA databank
DNA数据库的开发研究
- 批准号:0404111204041112
- 财政年份:1992
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for international Scientific ResearchGrant-in-Aid for international Scientific Research
Scientific Surveys on the International Collaborations in Development and Administration of the DNA Databank
DNA 数据库开发和管理国际合作的科学调查
- 批准号:0204110902041109
- 财政年份:1990
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for Overseas Scientific Survey.Grant-in-Aid for Overseas Scientific Survey.
Molecular evolutionary study of RNA viral genes.
RNA病毒基因的分子进化研究。
- 批准号:6354051063540510
- 财政年份:1988
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
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- 批准号:62302426
- 批准年份:2023
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- 批准号:61172098
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- 项目类别:面上项目
相似海外基金
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- 批准号:1064122510641225
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- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:
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- 财政年份:2023
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:
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纵向研究中微生物组数据分析的新计算方法
- 批准号:1066023410660234
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- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:
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- 批准号:1072011010720110
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- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别:
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利用多组学数据和技术增强药物遗传学,预测 NSAID 的药物不良反应
- 批准号:1074864210748642
- 财政年份:2023
- 资助金额:$ 13.12万$ 13.12万
- 项目类别: