Integrative genomics and epigenomics for personalized cancer medicine

个性化癌症医学的综合基因组学和表观基因组学

• 批准号: 17015012
• 负责人: INAZAWA Johji
• 金额: $ 74.56万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17015012/
• 关键词: がん; ゲノム; エピゲノム; マイクロアレイ; がん遺伝子; がん抑制遺伝子; マイクロRNA; CGH; 個性診断; 分子標的治療; CGHアレイ; DNAメチル化; GhIP法; BAMCA法; アレイCGH; ChIP法

Innovative techniques for detection of genomic and epigenomic aberrations underlying the pathogenesis have been developed and using those techniques numerous cancer-related genes have been successfully identified during the course of the research program. In particular, we identified 10 candidate oncogenes including DUSP26 and SMYD2 up-regulated due to gene amplification, and 10 candidate tumor suppressor genes including DBC1 and PCDH17. Furthermore four tumor-suppressor microRNAs, miR-13 and miR-193a, or miR-124 and miR-203, epigenetically silenced, were successfully identified in oral cancer or hepatocellular carcinoma, respectively.

已经开发出用于检测发病机制背后的基因组和表观基因组畸变的创新技术，并且在研究计划过程中使用这些技术成功鉴定了许多癌症相关基因。特别是，我们鉴定了 10 个由于基因扩增而上调的候选癌基因，包括 DUSP26 和 SMYD2，以及 10 个候选抑癌基因，包括 DBC1 和 PCDH17。此外，分别在口腔癌或肝细胞癌中成功鉴定出四种肿瘤抑制性 microRNA，即 miR-13 和 miR-193a，或 miR-124 和 miR-203，其表观遗传沉默。

项目成果

Genome-wide DNA methylation profiles in urothelial carcinomas and urothelia at the precancerous stage

• DOI: 10.1111/j.1349-7006.2009.01330.x
• 发表时间: 2010-01-01
• 期刊: CANCER SCIENCE
• 影响因子: 5.7
• 作者: Nishiyama, Naotaka;Arai, Eri;Kanai, Yae
• 通讯作者: Kanai, Yae

Lysosomal-associated protein multispanning transmembrane 5 gene (LAPTM5) is associated with spontaneous regression of neuroblastomas.

• DOI: 10.1371/journal.pone.0007099
• 发表时间: 2009-09-29
• 期刊: PloS one
• 影响因子: 3.7
• 作者: Inoue J;Misawa A;Tanaka Y;Ichinose S;Sugino Y;Hosoi H;Sugimoto T;Imoto I;Inazawa J
• 通讯作者: Inazawa J

Identification of a novel amplification-target gene in oral squamous cell carcinoma (OSCC) using array-CGH strategy.

使用阵列 CGH 策略鉴定口腔鳞状细胞癌 (OSCC) 中的新型扩增靶基因。

• 发表时间: 2008
• 作者: Asma Begum;鈴木江美奈;中村恵理奈;井本逸勢;小崎健一;津田均;天笠光雄;稲澤譲治
• 通讯作者: 稲澤譲治

In-house BAC array-based copy-number analysis revealed novel cancer-related genes in Anaplastic thyroid cancer.

内部基于 BAC 阵列的拷贝数分析揭示了甲状腺未分化癌中新的癌症相关基因。

• 发表时间: 2007
• 作者: 石原孝也;于衛;井上純;音田正光;江見充;井本逸勢;稲澤譲治
• 通讯作者: 稲澤譲治

アレイプラットフォームで展開する癌のゲノム・エピゲノム解析.

使用阵列平台进行癌症基因组和表观基因组分析。

• 发表时间: 2007
• 作者: 中村紋子;横井左奈;井上純;井本逸勢;稲澤譲治;稲澤譲治;稲澤譲治
• 通讯作者: 稲澤譲治