大腸菌にあるべき代謝のインタラクティブWWWマップ

大肠杆菌应有的新陈代谢的交互式 WWW 地图

• 批准号: 16014206
• 负责人: 有田 正規
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014206/
• 关键词: 代謝; メタボロミクス; メタボローム; ネットワーク

1.脂質代謝情報の収集脂質代謝に関与する化合物の構造情報、名称を、LipidBankデータベースに登録されているものを中心に整理した。構造情報はChemDrawファイルに絵として描かれていたものを原子情報を含んだMOLファイルに変換し、可能な限り不斉炭素の情報まで入力した。また名称は全て辞書を用いて確認し、構造と名前が一致していないものに関して識者に聞き直す作業を続けている。構造情報と名称それぞれ1500分子程度について整理を完了した。完了した構造情報はいったんLipidBaseデータベースとして脂質代謝の研究者向けに整理した。また代謝マップに関連付けた形でARMデータベースに収録した。2.代謝マップの視覚化開発した代謝マップエディタを用い大腸菌の代謝情報を視覚化した。大腸菌代謝マップの全体像を構成する部分代謝経路マップの集合として表現した。各部分代謝マップには代謝物の構造情報が記述され、任意の原子をトレースする機能を持つ。また各マップの要素から他データベースへ簡単にアクセスできるように工夫を施した。これらの代謝マップはウェブサイトにて公開した。

1.脂质代谢信息的收集参与脂质代谢的化合物的结构信息和名称主要来自于LipidBank数据库中注册的化合物的结构信息和名称。结构信息在ChemDraw文件中绘制为图片，并转换为包含原子信息的MOL文件，并输入尽可能多的不对称碳信息。此外，我们正在继续使用字典检查所有名称，并向专家询问结构和名称不匹配的问题。我们已经完成了约1500个分子的结构信息和名称的整理。完整的结构信息被组织为LipidBase数据库，供脂质代谢研究人员使用。它还与代谢图谱一起记录在 ARM 数据库中。 2.代谢图的可视化使用开发的代谢图编辑器将大肠杆菌的代谢信息可视化。它被表达为构成整个大肠杆菌代谢图的部分代谢途径图的集合。每个部分代谢图描述了代谢物的结构信息，并且具有追踪任何原子的能力。我们还使从每个地图元素访问其他数据库变得容易。这些代谢图已发布在网站上。

项目成果

Secret signatures inside genomic DNA

• DOI: 10.1021/bp049917i
• 发表时间: 2004-09-01
• 期刊: BIOTECHNOLOGY PROGRESS
• 影响因子: 2.9
• 作者: Arita, M;Ohashi, Y
• 通讯作者: Ohashi, Y