酵母ゲノムにおいてクロマチン構造を介した転写制御機構の解明

阐明酵母基因组染色质结构介导的转录控制机制

• 批准号: 09263213
• 负责人: 清水 光弘
• 金额: $ 1.15万
• 依托单位: Tokyo University of Pharmacy and Life Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09263213/
• 关键词: クロマチン; ヌクレオソーム; 転写制御; リプレッサー; 出芽酵母; 蛋白質-DNA相互作用; DNAの高次構造; ゲノム

1.Distal repressor Rme1pによる転写抑制とクロマチンの構造まず,Rme1pの機能ドメインを明らかにする目的で,Rme1pの欠失変異体を作成した.そして,in vitroにおいても,Rme1pが,in vivo footprintingで同定された2つの部位に,ほぼ同じ親和性で結合することを実証した.これらの結果に基づいて,酵母repressorを作用機構の観点から,proximalとdistal repressorsに概念化して,distal repressorとして分類されたRme1pによる転写抑制の特徴について考察した(Nucleic Acids Res.,revised).一方,これまでに,Rme1pによる転写機構として,Rme1pが転写抑制クロマチンドメインを構築する,というモデルを提唱した.これを検証するために,Rme1pの結合部位を挿入したCYC1-lacZミニ染色体のクロマチン構造を解析して,Rme1pに依存したクロマチン構造の変化を明らかにした.2.in vivoでのヌクレオソームの不安定化に関与するDNAの構造因子昨年度までに,ポジショニングしたヌクレオソームを有する酵母ミニ染色体をベクターとして,特殊なDNA配列のヌクレオソーム形成を評価できる実験系を構築した.そして,比較的長いホモポリマー配列(dA_n・dT_n・dG_n・dC_n)とZ-DNA配列であるd(CG)_nは,in vivoでヌクレオソームを排除することを示した.次に,この機構を解明するために,dA_n・dT_n配列をin vivo UV-photo footprintingで解析した.その結果,dA_n・dT_n配列は,細胞内でnon-B型構造をとっており,それがヌクレオソームを排除する要因であると結論され,DNAの高次構造がクロマチン構築の重要な要因の一つであることが実証された.

1. 远端阻遏蛋白 Rme1p 的转录抑制和染色质结构 首先，为了阐明 Rme1p 的功能域，我们创建了 Rme1p 的缺失突变体。根据这些结果，在体外和体内足迹中鉴定了 Rme1p。从作用机制的角度来看，阻遏物可分为近端阻遏物和远端阻遏物。我们将其概念化为远端阻遏蛋白，并考虑了 Rme1p 转录抑制的特征，Rme1p 被归类为远端阻遏蛋白（核酸另一方面，我们之前提出了一个模型，其中 Rme1p 构建转录抑制染色质结构域作为 Rme1p 的转录机制。我们分析了 lacZ 微型染色体的染色质结构，并揭示了 Rme1p 依赖性的染色质结构变化。2.in。参与体内核小体不稳定的 DNA 结构因素 直到去年，我们构建了一个实验系统，可以使用具有定位核小体的酵母微型染色体作为载体来评估特定 DNA 序列的核小体形成。 dC_n) 和 Z-DNA 序列 d(CG)_n 位于我们发现核小体在体内被排除。接下来，为了阐明这一机制，我们通过体内紫外光足迹分析了dA_n和dT_n序列。结果，我们发现dA_n和dT_n序列在细胞中是非核小体-B。型结构，并得出结论这是排除核小体的因素，证明DNA的高阶结构是染色质构建的重要因素之一。

项目成果

Heisaburo Shindo: "Dynamics in the isomerization of intramolecular DNA triplexes in supercoiled plasmids." Nucleic Acids Res.25. 4786-4791 (1997)

Heisaburo Shindo：“超螺旋质粒中分子内 DNA 三链体异构化的动力学。”

Takashi Kinebuchi: "Functional domains of E.coli single-stranded DNA binding protein as assessed by analyses of the deletion mutants." Biochemistry. 36. 6732-6738 (1997)

Takashi Kinebuchi：“通过分析缺失突变体评估大肠杆菌单链 DNA 结合蛋白的功能域。”

Mitsuhiro Shimizu: "Dissection of the DNA binding domain of yeast Zn-finger protein Rmelp,a repressor of meiotic activator IMEI." Nucleic Acids Symp.Ser.37. 175-176 (1997)

Mitsuhiro Shimizu：“酵母锌指蛋白 Rmelp 的 DNA 结合域的剖析，它是减数分裂激活剂 IMEI 的阻遏物。”