新しい視点に立つRNAスプライス部位子測法の開発

从新角度开发RNA剪接位点测量方法

• 批准号: 06249207
• 负责人: 中井 謙太
• 金额: $ 0.7万
• 依托单位: Okazaki National Research Institutes
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1994
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1994 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-06249207/
• 关键词: RNAスプライシング; 配列解析; データベース; 異常スプライシング; 選択的スプライシング

ゲノム解析もいよいよ大規模シークエンシングの段階を迎え、ゲノム配列中の遺伝子同定問題が注目を集めている。この問題解決に不可欠なスプライス部位の予測はまったく不十分な結果しか得られていない。一方、スプライス部位選択に関与している配列上の要因については、新たにスプライシングエンハンサー等の存在が示唆されている。さらに異常スプライシングの現象は、スプライス部位の選択が候補部位の配列だけで決まるのではなく、候補間の組み合わせ的要因が重要であることを強く示唆している(我々の異常スプライシングデータベースは、多数の外国研究者から提供依頼を受けている)。そこで本研究では、生体内のスプライス部位選択に関与していると思われる配列上の特徴を予測を手がかりとして探索し、それらを取り入れた新しいスプライス部位予測法を開発した。具体的には、データベースに登録されている中では最大級の遺伝子であるヒトhprt遺伝子をモデルとして、スプライス部位選択に関与していそうな要因をスコア計算に取り入れる試みを主に行った。その結果、ゲノム領域中の有望なエキソン候補にスコアをつけて、その順位を調べたところ、すべての真正エキソンを100位以内に含めることができた。好成績のものに関しては、競合関係にある他の候補をうまく落とすことができれば、最終的な予測でも生き残らせることができそうである。これは、ヒトhprt遺伝子のような難問に対しては、かなり有望な結果と言える。但し、さらに改善して実用レベルの予測を行うためには 5'部位認識が問題である。一方、スプラシングエンハンサースコアは、劇的とはいえないまでも、予測能力の改善に役立つこともわかった。このように、実験などから得られた知見を取り入れたスプライス部位予測の改良を進めていくことにより、遺伝子同定プログラムの精度向上をはかる新しいアプローチが有望であることがわかった。

基因组分析最终达到了大规模测序的阶段，基因组序列中的基因鉴定问题吸引了人们的注意。对于解决此问题至关重要的剪接站点的预测已经达到了绝对不足的结果。另一方面，已经提出了新的剪接增强剂之类的新剪接增强子等关于剪接位点选择的序列因子的建议。此外，异常剪接的现象强烈表明，剪接位点的选择不仅由候选站点的序列决定，而是候选者之间的组合因子很重要（我们的异常剪接数据库已由许多外国研究人员要求）。因此，在这项研究中，我们探讨了序列的特征，这些序列被认为使用预测作为提示与体内剪接站点选择有关，并开发了一种使用这些特征来预测剪接位点的新方法。具体而言，我们主要尝试将可能参与剪接站点选择的因素纳入使用人类HPRT基因的分数计算，该基因是数据库中注册的最大基因。结果，对基因组区域中有希望的外显子候选者进行了评分，并检查了他们的排名，并且所有正宗的外显子都被包括在前100名中。对于那些表现良好的人，如果他们能够成功地击败其他竞争对手，他们甚至可以在最终预测中幸存下来。对于人类HPRT基因等困难问题，这是一个非常有希望的结果。但是，为了进一步改善并做出实际预测，5'站点识别是一个问题。另一方面，还发现了飞溅增强子得分有助于提高预测能力，即使不是引人注目。通过这种方式，通过改善剪接站点预测（结合了从实验获得的知识），已经发现，提高基因识别程序准确性的新方法是有希望的。