脳神経特異的に発現される遺伝子の探索と機能解析

脑神经特异表达基因的搜索及功能分析

基本信息

批准号：
09280232
负责人：
浅川修一
金额：
$ 0.96万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

1.BAC・コスミドコンティグの作成と塩基配列決定我々は従来3ゲノム相当のBACライブラリー(Gene,191,69-79,1997)及び7ゲノム相当の21番染色体特異的コスミドライブラリーを用いて21q22.3のマーカーMX1-D21S171間約3MbのBAC・コスミドコンティグの作成し、脳神経特異的遺伝子の単離を進めていたがコンティグの一部にギャップが存在した。そこで平均160kb、10万個のBACを新たに収集しコンティグの作成をさらに進め、約2.5Mb以上をカバーした。これらのコンティグのうちすでに2Mbのショットガンシーケンシングをほぼ完了した。2.遺伝子の探索決定した塩基配列をもとにDDBJなどの塩基配列データベースに登録されている既知遺伝子、EST配列との照合を行い遺伝子と予想される配列のマッピングを行った。さらにエキソン予測ソフトGrail等を用いて遺伝子の予測を行った。これらは遺伝子の部分的な推定情報であるため、実際に発現していることを確認し、遺伝子構造を決定するため、ノーザン解析、cDNAスクリーニング、RT-PCR、RACE法をおこなった。このようにした明らかにした遺伝子の中で遺伝子AIREが躁鬱病と同じくマーカーMX1-D21S171間にマップされていた自己免疫疾患APECEDの原因遺伝子であることを明らかにした(Nature genet.,17,393-398,1997)。またAIRE以外にもすでに10個以上の新規遺伝子を同定した(Genomics,42;528-531,1997,BBRC,235;185-190,1997,DNA Res.,4;45-52,1997)。それらの中でも特にKNP3は脳神経特異的に発現していること、カルシウムチャンネル様蛋白質をコードしていることなどから躁鬱病との関連を調べている。

1. Creation and sequencing of BAC and cosmid contigs We previously created a BAC library equivalent to three genomes (Gene, 191, 69-79, 1997) and a chromosome-specific cosmid library equivalent to seven genomes to create a BAC and cosmid contig with a marker of approximately 3 Mb between MX1-D21S171, marker MX1-D21S171, and proceeded with颅神经特异性基因的分离，但某些重叠群存在差距。因此，我们收集了100,000个新的BAC，平均160kb，并进一步开发了重叠群，覆盖约2.5MB或更多。在这些重叠群中，我们几乎已经完成了2MB shot弹枪测序。 2。基于确定的核苷酸序列搜索基因，我们比较了基础序列数据库中注册的已知基因和EST序列，例如DDBJ和其他核苷酸序列，以绘制基因和预期序列。此外，使用外显子预测软件杯等进行了基因预测。由于这些是有关基因的部分推定信息，因此进行了北部分析，cDNA筛选，RT-PCR和种族方法，以确认它们实际上是表达并确定基因结构的。在以这种方式揭示的基因中，基因AIRE是适应自身免疫性疾病的病因基因，该基因被映射在标记MX1-D21S171之间，就像躁狂抑郁症（自然基因，17，393-398，1997）。除了AIRE，已经鉴定出了10多个新型基因（基因组学，42; 528-531，1997，BBRC，235; 185-190，1997，DNA Res。，4; 45-52，1997）。其中，knp3在颅神经中尤其表达，并且与躁狂抑郁症相关，因为它编码了钙通道样蛋白。