遺伝性自己免疫疾患関連遺伝子のポジショナルクローニング

遗传性自身免疫性疾病相关基因的定位克隆

基本信息

批准号：
08770331
负责人：
浅川修一
金额：
$ 0.64万
依托单位：
Keio University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08770331/
关键词：
ポジショナルクローニング自己免疫疾患 APECED BAC 21q22.3 KNP-1 PWP2 エキソントラッピング

项目摘要

Autoimmune polyglandular disease type 1(APECED)のマップされている21q22.3上のマーカーMX1-D21S171間約3Mbの領域に関してBAC/コスミドクローンの整列化(コンティグ)を行い2.5Mbをカバーした。これらのコンティグのうちLJ-104-PFKL-D21S154を含む400kbについてエキソントラッピング法を適用して22個のエキソンを単璃した。それらのうち6エキソンは既知遺伝子PFKL(2エキソン)、EHOC-1(4エキソン)に、また2エキソンは既知cDNA,PWP2に帰属された。未同定エキソンをプローブとしてcDNAライブラリースクリーニングを行い1個の遺伝子KNP-1(1エキソン)のcDNAを単璃し、その全構造を決定した。さらにのべ150kbにおよぶゲノムDNAの塩基配列を行いPWP2、KNP-1遺伝子のゲノム構造を明らかにした。また数種のヒト組織別ノーザンブロットを用いてKNP-1の発現の組織特異性を明らかにした。既知遺伝子との相同性を比較検討した結果KNP-1はゼブラフィッシュのES1、大腸菌のSCRP27Aとの相同性がみられたがともに機能が明らかでないため、KNP-1の機能も不明である。遺伝子のゲノム配列をもとにPWP2、KNP-1の各エキソンを増幅するPCRプライマーを作製した。現在疾患家系に特異的な塩基置換等の有無を調べている。

在标记MX1-D21S171和3 MB之间的自身免疫性多边形疾病1型自身免疫性多边形疾病（APECED）上，将BAC/COSMID克隆对齐（连接）的区域约为3 Mb的区域。在这些重叠群中，有400 KB，包括LJ-104-PFKL-D21S154，用于应用外显子捕获方法捕获22个外显子。其中，将六个外显子分配到已知的基因PFKL（2个外显子）和EHOC-1（4个外显子），并将两个外显子分配到已知的cDNA PWP2。使用未鉴定的外显子作为探针，进行cDNA文库筛选以捕获一个基因的cDNA，KNP-1（1外显子），并确定整个结构。此外，将基因组DNA测序为150 kb，并阐明了PWP2和KNP-1基因的基因组结构。另外，使用北部印迹的不同人体组织确定KNP-1表达的组织特异性。在与已知基因进行比较和检查同源性后，发现KNP-1与斑马鱼和SCRP27A在大肠杆菌中具有与ES1的同源性，但两者的功能尚不清楚，因此KNP-1的功能也未知。准备PCR引物根据基因的基因组序列扩增PWP2和KNP-1的外显子。目前，我们正在调查是否有针对患病家庭的任何基本替代品。