Generation of a high-resolution genome map using haploid and hybrid organisms and its application to genetic analysis

使用单倍体和杂交生物体生成高分辨率基因组图谱及其在遗传分析中的应用

基本信息

批准号：
20H00429
负责人：
浅川修一
金额：
$ 29.12万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

アユの半数体、ブリ・ヒラマサのハイブリッド、チョウザメとヘラチョウザメのハイブリッドの３系統のサンプルについてDNAタイピングの準備を進めた。アユ半数体の各個体（稚魚）からは約120ngのDNAが得られた。そのうち192個体に対して、全ゲノムシーケンシングのライブラリー調製が完了した。チョウザメとヘラチョウザメのハイブリッドに対して70個体のライブラリー調製が完了した。ブリ・ヒラマサのハイブリッドについては各個体から得られるDNA量が60ng以下であったため、良質なライブラリー調製のための実験条件の検討を進めた。ナマズ雌とギギ（Pelteobagrus nudiceps）雄を交配した結果、若干数の授精胚が得られた。またコチョウザメ（Acipenser ruthenus）に関して半数体胚、および第二極体放出阻止型の雌性発生胚が得られた。また、コチョウザメ雌（2n=120）とシベリアチョウザメ雄(2n=240)の交配を試みたが卵質不良のため発生しなかった。長野県産のマツタケ子実体から抽出したDNAを最新のロングリード配列解析装置を使って解析することで、本種がもつ13本の染色体の塩基配列（合計1.6億塩基対）と、ミトコンドリアの環状DNA（7.6万塩基対）を端から端までひとつづきで決定することに初めて成功した。マツタケが21,887個の遺伝子をもつこと、ゲノムの71.6%は転移因子などのリピート配列が占めることを明らかにした。マツタケゲノムの高頻度のリピート配列に着目し、野外サンプルからのマツタケDNAの効果的検出方法について検討し、20分以内に在不在の判断がつく可能性が示された。シイタケに関してアガロースゲルマイクロカプセル中に単離した胞子のDNAのMDA法による増幅等を試みたが、DNA増幅にバイアスがかかるなどして全ゲノムを満遍なく増幅する手法の確立には至らなかった。

我们开始为三个样品准备DNA键入：单倍体Ayu，Yellowtail和Yellowtail的混合物，以及st鱼和st鱼的混合体。从Ayu单倍体的每个个体（FRY）获得了大约120 ng的DNA。整个基因组测序文库的制剂完成了其中的192个。 st鱼和st鱼杂种完成了70个人的图书馆准备。由于杂交黄尾和Yellowtail的DNA量为60 ng或更少，因此研究了准备高质量文库的实验条件。培养雌性fish鱼和雄性be骨裸子（pelteobagrus nudiceps）导致了少数接种的胚胎。还获得了肌动剂Ruthenus的单倍体胚胎和具有抑制性第二极体释放的雌性胚胎。此外，我们试图越过雌性st鱼（2n = 120）和雄性西伯利亚st鱼（2n = 240），但由于鸡蛋质量不佳而没有发生。通过分析使用最新的长阅读序列分析设备从Nagano县从Matsutake成果中提取的DNA，我们成功地确定了13个染色体的基本序列（总计1.6亿个碱基对）和线粒体圆形DNA（760,000个碱基对）（760,000碱基对）。已经发现，Matsutake蘑菇具有21,887个基因，并且71.6％的基因组由转移因子等重复序列组成。为了关注Matsutake蘑菇基因组的经常重复序列，我们研究了一种有效的方法来检测田间样品中的Matsutake蘑菇DNA，这表明有可能在20分钟内确定它是否存在。关于shiitake，我们试图使用MDA在琼脂糖凝胶微胶囊中分离的孢子的DNA，但是由于DNA扩增中的偏置，我们尚未建立一种均匀扩增整个基因组的方法。

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

マツタケのゲノムを完全解読～希少化するマツタケの保全に向けて～

松茸基因组的完整破译 - 致力于保护日益稀有的松茸 -

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Localization of KK13 peptide and their potential against ALS

KK13 肽的定位及其抗 ALS 的潜力

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
柳井鴻太郎;正岡直也;小杉賢一朗;藤本将光;Afsana Bhuiyan・Shuichi Asakawa ・Nahoko Bailey Kobayashi ・Tetsuhiko Yoshida
通讯作者：
Afsana Bhuiyan・Shuichi Asakawa ・Nahoko Bailey Kobayashi ・Tetsuhiko Yoshida

Discovery and functional understanding of MiRNAs in molluscs: a genome-wide profiling approach

DOI：
10.1080/15476286.2020.1867798
发表时间：
2021-01-09
期刊：
RNA BIOLOGY
影响因子：
4.1
作者：
Huang, Songqian;Yoshitake, Kazutoshi;Asakawa, Shuichi
通讯作者：
Asakawa, Shuichi

Characterization and phylogenetic position of two sympatric sister species of toxic flatworms Planocera multitentaculata and Planocera reticulata (Platyhelminthes: Acotylea)

有毒扁虫两个同域姐妹种 Planocera multitentaculata 和 Planocera reticulata（扁形动物：Acotylea）的特征和系统发育位置

DOI：
10.1080/23802359.2020.1730255
发表时间：
2020
期刊：
Mitochondrial DNA Part B
影响因子：
0
作者：
Ryo Yonezawa;Shiro Itoi;Yoji Igarashi;Kazutoshi Yoshitake;Hikaru Oyama;Shigeharu Kinoshita;Rei Suo;Shinichi Yokobori;Haruo Sugita;Shuichi Asakawa
通讯作者：
Shuichi Asakawa