DNAメチル化異常がもたらすナルコレプシー発症機構の解明
阐明DNA异常甲基化引起的发作性睡病的机制
基本信息
- 批准号:22H03006
- 负责人:
- 金额:$ 10.98万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2026-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
ナルコレプシー患者と健常者のメチル化プロファイルを免疫細胞毎に明らかにするため、日本人ナルコレプシー患者約50例と健常者約50例の末梢血単核細胞から、細胞特異的な抗体にナノサイズの磁気粒子を結合させることでCD4+T細胞とCD8+T細胞を分離した。各細胞からDNAを抽出し、バイサルファイト変換後にDNAメチル化アレイを用いてゲノムワイドなメチル化率データを取得した。取得したデータは適切なQCを行い、データの標準化を行った。ナルコレプシーはHLA(ヒト白血球抗原)のDQB1*06:02と非常に強い関連を示すことから、まず2022年度はHLA領域に着目した解析を実施した。メチル化プローブの3端から10塩基以内に一塩基多型(SNP)が存在するとメチル化率が正確に測定できないことが知られている。HLA領域は他の領域に比べ多型性が非常に高いことが知られているため、日本人集団データを用いて、解析メチル化プローブ中にSNPが存在するか探索すると、HLA領域の12,181プローブ中1,178個にSNPが存在した。そのため残り90.33%のプローブを用いて以後の解析を行った。メチル化率の差を比較すると、Bonferroni補正(α=4.1×10-6)後も有意差を示す部位がCD4+T細胞で9箇所、CD8+T細胞で19箇所確認された。これらDNAメチル化部位の一部は、ナルコレプシーと密接な関連を示すDQB1*06:02と相関することが判明したため、HLAタイプを共変量とした回帰分析を行った。その結果、Bonferroni補正後において有意なレベルではなかったが、P値が10-5レベルのDNAメチル化部位が多数確認された。
为了阐明嗜睡症患者和健康个体中每种免疫细胞的甲基化谱,我们使用纳米级磁性转化了约 50 名日本嗜睡症患者和约 50 名健康个体的外周血单核细胞的细胞特异性抗体。通过结合颗粒来分离CD8+T细胞。从每个细胞中提取DNA,经过亚硫酸氢盐转化后,使用DNA甲基化阵列获得全基因组甲基化率数据。获得的数据经过适当的质量控制和数据标准化。由于发作性睡病与 HLA(人类白细胞抗原)DQB1*06:02 存在非常密切的关系,因此我们首先在 2022 财年针对 HLA 区域进行了分析。已知如果甲基化探针的第3端起10个碱基以内存在单核苷酸多态性(SNP),则无法准确测定甲基化率。已知HLA区域与其他区域相比具有高度多态性,因此当我们使用日本人群数据搜索分析的甲基化探针中是否存在SNP时,我们发现HLA区域的12,181个探针中有1,178个SNP。因此,剩余90.33%的探针用于后续分析。比较甲基化率的差异时,确认了即使在Bonferroni校正(α = 4.1 x 10-6)后仍显示显着差异的9个位点对于CD4+ T细胞和19个位点对于CD8+ T细胞。其中一些DNA甲基化位点被发现与DQB1*06:02相关,而DQB1*06:02与发作性睡病密切相关,因此我们使用HLA类型作为协变量进行了回归分析。结果,确认了许多P值为10-5水平的DNA甲基化位点,尽管经过Bonferroni校正后该水平并不显着。
项目成果
期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Narcolepsy risk loci are enriched in immune cells and suggest autoimmune modulation of the T cell receptor repertoire
发作性睡病风险位点在免疫细胞中富集,表明 T 细胞受体库存在自身免疫调节
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:16.6
- 作者:Hanna M Ollila;(76人省略);Miyagawa Taku;Shimada Mihoko (12人省略)
- 通讯作者:Shimada Mihoko (12人省略)
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