ヒトナルコレプシーの疾患感受性遺伝子の探索

寻找人类发作性睡病的疾病易感基因

基本信息

批准号：
06J10450
负责人：
宮川卓
金额：
$ 1.22万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

アフィメトリクス社の500K GeneChipは約50万にも及ぶSNPをタイピングできる反面、全てのSNPが正確にタイピングされる訳ではないことが知られている。そのため、この GeneChip を用いた研究を行う際は、正確さに欠けるSNPの結果を排除(データクリーニング)することが重要となるが、現在のところその明確な方法は見出されていない。そこで、健常者サンプル389例の結果を用いて、アフィメトリクス500K GeneChipの評価を行い、データクリーニング方法について検討した。その結果、適切な排除方法を見出すことに成功した。ナルコレプシーの疾患感受性遺伝子探索のため、日本人集団におけるナルコレプシー患者(ケース)222例と健常者(コントロール)389例を用いて、ゲノムワイド関連解析を行った。タイピング後に、前述したデータクリーニングを施行し、疾患との関連が期待される30個の新規候補SNPを選別した。それら候補SNPの再現性を確認するため、独立したサンプルセット(ケース159例、コントロール190例)を用いた関連解析(Replication study)を行い、一つのSNP(マーカーTM22.1)において再現性が確認された。両解析を統合した結果のP値及びOdds ratioは4.4×10^<-7>及び1.79であった。TM22.1の周辺に存在する多型を用いた解析により、TM22.1を含む連鎖不平衡ブロック内に存在する二つの遺伝子を見出した。次にTM22.1がこれらの遺伝子の発現量に影響を与えるか検討した。両遺伝子のmRNAの発現量をリアルタイムRT-PCRを用いて定量し、TM22.1の遺伝子型(TT及びTC)間で比較した。その結果、TC群で両遺伝子のmRNAの発現量の有意な低下を確認した。本研究で見出されたナルコレプシーの疾患感受性遺伝子は、治療薬の開発に重要な貢献をなすと考えられる。

虽然Affymetrix的500K GeneChip可以分型大约500,000个SNP，但众所周知，并不是所有的SNP都能准确分型。因此，在使用该基因芯片进行研究时，消除缺乏准确性的SNP结果（数据清理）很重要，但尚未找到明确的方法。因此，我们使用来自健康个体的 389 个样本的结果评估了 Affymetrix 500K GeneChip，并检查了数据清理方法。结果，他们成功地找到了合适的消除方法。为了寻找发作性睡病易感基因，我们对日本人群中的 222 名发作性睡病患者（病例）和 389 名健康个体（对照）进行了全基因组关联分析。打字后，我们进行了上述数据清理，并选择了 30 个预计与疾病相关的新候选 SNP。为了确认这些候选SNP的再现性，我们使用独立样本集（159个病例和190个对照）进行了关联分析（复制研究），并确认了1个SNP（标记TM22.1）的再现性。两次分析的组合结果的P值和优势比为4.4×10^-7和1.79。通过使用TM22.1周围存在的多态性进行分析，我们发现存在于包含TM22.1的连锁不平衡块内的两个基因。接下来，我们研究了 TM22.1 是否影响这些基因的表达水平。使用实时 RT-PCR 对两个基因的 mRNA 表达水平进行定量，并在 TM22.1 基因型（TT 和 TC）之间进行比较。结果，我们证实了 TC 组中两个基因的 mRNA 表达水平显着下降。本研究发现的发作性睡病易感基因有望为治疗药物的研发做出重要贡献。