一塩基多型を用いた10番染色体の解析-新規がん抑制遺伝子同定への試み-

利用单核苷酸多态性分析10号染色体 - 尝试鉴定新的肿瘤抑制基因 -

基本信息

批准号：
17659450
负责人：
溝口昌弘
金额：
$ 1.73万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17659450/
关键词：
グリオーマ SNPs LOH 10番染色体がん抑制遺伝子

项目摘要

Affimetrix Mapping 50K SNP arrayを用い、14例のglioblastomaサンプルを解析し、全ゲノム上のLOH部位を網羅的に解析した。Laser capture micro dissection法を用い、精度の高い腫瘍DNAを抽出し解析を行い信頼度の高い結果を得た。我々が確立したPLACE-SSCP法におけるSNPマーカーの間隔が1.5Mbp以下であるのに対し、SNP arrayは平均23.6Kbpと高密度SNPマーカーを有しており、より高精度、高密度の解析を可能にした。10番染色体には、これまでの報告同様、高頻度にLOH部位を同定することができた。本法を用い10番染色体短腕の共通欠失部位の絞り込みを行い、10p12.1領域に563Kbpの共通欠失部位を同定した。この領域はこれまでの報告のややcentromea側で、今回新たに3つの遺伝子(APBB1IP,PDSS1,ABI1)を同定した。これらがグリオーマにおける新たながん抑制遺伝子の候補として絞り込まれた。さらにLOH解析とコピー数を同時に解析することが可能となった為、uniparental disomy(UPD)というコピー数の変化を伴わないLOHの同定が可能となり、10番染色体においても遺伝子不活性化の機序としてUPDの関与が示唆された。これらの研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在投稿準備中である。さらにPLACE-SSCP法の解析法を改良し正常DNAなしでLOH判定をおこなうAverage Control Method(AcoM)を開発し、130例の髄膜種における1p36領域の解析を行った。1p36.32と1p36.11に19.3Mbpと2.02Mbpの共通欠失部位を同定し、髄膜種の悪性度に関与していることを証明した。この研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在Clinical Chemistryに投稿中である。

使用辅助图映射50K SNP阵列，分析了14个胶质母细胞瘤样品，以全面分析整个基因组上的LOH位点。使用激光捕获微分解方法，提取高度精确的肿瘤DNA并分析以获得高度可靠的结果。在我们确定的位置SSCP方法中，SNP标记间隔为1.5 Mbp或更小，而SNP阵列的高密度SNP标记平均为23.6 kbp，可以进行更高的准确性和高密度分析。如前所述，LOH位点可以在10号染色体中以高频鉴定。使用这种方法，将10个短臂染色体的常见缺失位点缩小，并在10p12.1区域中鉴定出563 kbp的公共缺失位点。迄今为止，该区域略微略微centromea，并确定了三个新基因（APBB1IP，PDSS1和ABI1）。这些被缩小为新抑制神经胶质瘤的候选者。此外，LOH的分析和拷贝数分析变得可能是可能的，这允许单方疾病（UPD）识别LOH而不会改变拷贝数的变化，这表明UPD的参与也作为10染色体上的基因失活的机制。这些研究结果是在Neurosurgery日本的第65届Neurosurgery及其及其及其及其供应的研究结果中报道的。此外，我们开发了一种平均控制方法（ACOM），该方法使用Place-SSCP方法的分析方法来确定没有正常DNA的LOH，并分析了130种脑膜化物质的136区域。在1p36.32和1p36.11中鉴定出19.3 MBP和2.02 MBP的常见缺失位点，表明它们参与了脑膜物种的恶性肿瘤。这项研究是在日本神经外科学会的第65届股东大会上报道的，目前正在临床化学。