口腔レンサ球菌の網羅的比較ゲノム解析による感染性心内膜炎起因菌の遺伝的特徴の探索

通过口腔链球菌的综合比较基因组分析寻找引起感染性心内膜炎的细菌的遗传特征

• 批准号: 22K16380
• 负责人: 奥野 未来
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Kurume University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16380/
• 关键词: 口腔レンサ球菌; 全ゲノムシークエンス; NGS; ゲノム比較解析

感染性心内膜炎(Infective endocarditis; IE) は、細菌が心臓の内腔を覆う心内膜の表面または弁膜に感染して感染巣を形成することで起こる。IEの感染経路の一つとして口腔内常在細菌の血液への侵入が考えられているが、どのような口腔内常在菌がIE発症ポテンシャルを有しているのか不明である。また、IE発症に関わる病原因子も明確になっていない。本研究は、IEの主要な起因菌の一つであるStreptococcusに焦点を当て、IE発症に関わる病原因子候補を探索するために、IE起因菌の全ゲノムシークエンスデータを用いた比較ゲノム解析に取り組んだ。感染性心内膜炎患者の血液培養サンプルから分離されたS. gordonii 24株, S. mutans 20株、ヒト口腔内から分離されたS. gordonii 14株, S. mutans 8株を収集し、ショートリードによる全ゲノムシークエンスを実施した。また、公開データベースから健常な日本人の口腔内から分離されたS. mutans 約70株の全ゲノムシークエンスデータを取得した。ドラフトゲノムの構築、遺伝子予測を実施し、core-geneによる系統解析を実施した結果、口腔内常在菌とIE起因菌に系統的な偏りは見られなかった。また、IE起因菌に偏在する遺伝子は確認されなかったため、現在、公開データの追加作業と遺伝子のvariant解析を進めている。

当细菌感染覆盖心脏管腔并形成感染灶的心内膜表面或瓣膜膜时，会发生感染性心内膜炎（IE）。 IE的感染途径之一被认为是驻留在口腔中的细菌，但是目前尚不清楚哪种细菌居住在口腔中的细菌有可能发展IE。此外，IE发展所涉及的致病因素尚不清楚。这项研究的重点是链球菌，这是IE的主要原因之一，并使用IE诱导的细菌的整个基因组测序数据进行了比较基因组分析，以寻找与IE开发有关的潜在病原因素。从感染性心内膜炎患者中分离出从血液培养样品中分离出的24链球菌和20链球菌，并收集了从人口腔中分离出的14 s。gordonii和8 s。utans，并使用简短读数进行了整个基因组序列。此外，从公共数据库中获得了从健康日本人口腔中分离出的大约70个S.突变的全基因组测序数据。进行基因组草案，基因预测，并使用核心基因进行系统发育分析，并且在口服驻留细菌和IE诱导的细菌之间未发现系统偏见。此外，由于已经确认没有在IE诱导的细菌中分布不均匀的基因，因此我们目前正在研究公共数据和分析基因变异的其他工作。