エクソーム解析・遺伝子発現解析による大腸鋸歯状病変発癌機構の包括的解明

外显子组分析和基因表达分析全面阐明结直肠锯齿状病变致癌机制

• 批准号: 22K15987
• 负责人: 大木 大輔
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15987/
• 关键词: 大腸鋸歯状腺腫（SSL）; 全エクソームシークエンス; 大腸鋸歯状腺腫; 次世代ゲノムシークエンス

研究室として先行研究として十二指腸上皮性腫瘍に対してFFPE検体よりDNAを正確に抽出する方法を確立した。様々な検体でトライアルを行った過程で、DNA抽出を行う際には、ESD検体の方がEMR検体より状態のよいDNAが抽出できることが判明した。また使用しているホルマリンの濃度の関係より2019年以降の検体の方が、より質がよいDNAが抽出できる可能性があることが判明した。続いてDNA抽出で得られた検体に対して全エクソームシークエンスを行った。研究室として解析用のハードウェア及びソフトウェアも購入したため、全エクソームシークエンス結果に対するバイオインフォマティック解析を行うことが可能となった。解析方法に関しても研究室として共有した。次にSSLに対して全エクソームシークエンスを行うにあたり、まずは症例選択を行うために当院でのデータベースを作成した。2015年～2022年に対するデータベースを作成し、SSLを1258症例、SSL with dysplasiaを 59症例、SSL-cancerを 19症例認めた。そのうち比較的新しい2019-2022年検体でESDを施行した検体に絞るとSSLを106症例SSL with dysplasia を13症例、SSL-cancerを 3症例認めた。今後この2019年～2022年のESD検体の中から症例を選択してDNA抽出⇒全エクソームシークエンスを行って解析を行っていく。

在我们实验室的前期研究中，我们建立了一种从十二指肠上皮肿瘤FFPE标本中准确提取DNA的方法。在对各种标本进行试验的过程中，发现在进行DNA提取时，从ESD标本中提取的DNA比从EMR标本中提取的DNA状况更好。此外，研究发现，由于使用的福尔​​马林浓度较高，从 2019 年起可以从样本中提取出质量更好的 DNA。接下来，对提取DNA获得的样本进行全外显子组测序。实验室还购买了分析硬件和软件，使得对全外显子组测序结果进行生物信息分析成为可能。实验室还分享了分析方法。接下来，在SSL上进行全外显子组测序时，我们首先在我们医院创建了一个数据库来选择病例。 2015年至2022年建立了数据库，共发现1258例SSL病例、59例SSL伴发育不良病例和19例SSL癌症病例。其中，当我们关注 2019-2022 年接受 ESD 的相对较新的样本时，我们发现了 106 例 SSL 病例、13 例 SSL 伴不典型增生病例和 3 例 SSL 癌症病例。未来，我们将从2019年至2022年的这些ESD样本中选择病例，进行DNA提取和全外显子组测序进行分析。