Improving Coarse-Grained Molecular Models through the Combination of All-Atom Models and Machine Learning Methods

通过全原子模型和机器学习方法的结合改进粗粒度分子模型

基本信息

批准号：
19K06535
负责人：
Kanada Ryo
金额：
$ 1.75万
依托单位：
Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（6）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Exploring Successful Parameter Region for Coarse-Grained Simulation of Biomolecules by Bayesian Optimization and Active Learning

通过贝叶斯优化和主动学习探索生物分子粗粒度模拟的成功参数区域

DOI：
10.3390/biom10030482
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
5.5
作者：
Kanada Ryo;Tokuhisa Atsushi;Tsuda Koji;Okuno Yasushi;Terayama Kei
通讯作者：
Terayama Kei

Cross-linking of UT-Heart simulator and coarse-grained molecular simulation

UT-Heart模拟器与粗粒度分子模拟的交联

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ryo Kanada; Takumi Washio;Seiryo Sugiura;Jun;Toshiaki Hisada
通讯作者：
Toshiaki Hisada

Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics

使用短时全原子分子动力学的自适应粗粒度弹性网络模型增强构象采样

DOI：
10.1021/acs.jctc.1c01074
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
5.5
作者：
Kanada Ryo;Terayama Kei;Tokuhisa Atsushi;Matsumoto Shigeyuki;Okuno Yasushi
通讯作者：
Okuno Yasushi

A Heart simulator coupling the molecular dynamics with the finite element model: Cross-scale integration of our knowledge on heart

将分子动力学与有限元模型耦合的心脏模拟器：心脏知识的跨尺度整合

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Seiryo Sugiura; Ryo Kanada; Takumi Washio; Xiaoke Cui; Jun
通讯作者：
Jun

Cross-linking of UT-Heart simulator and coarse-grained molecular simulation

UT-Heart模拟器与粗粒度分子模拟的交联

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ryo Kanada; Takumi Washio;Seiryo Sugiura;Jun;Toshiaki Hisada
通讯作者：
Toshiaki Hisada

DOI：
{{ item.doi }}
发表时间：
{{ item.publish_year }}
期刊：
{{ item.journal_name }}
影响因子：
{{ item.factor }}
作者：
{{ item.authors }}
通讯作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

Kanada Ryo其他文献

Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity

EGFR 小突变的微秒级 MD 模拟可预测反映 EGFR 抑制剂敏感性的 EGFR 激酶核心的结构灵活性

DOI：
10.1038/s41698-021-00170-7
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
7.9
作者：
Yoshizawa Takahiro;Uchibori Ken;Araki Mitsugu;Matsumoto Shigeyuki;Ma Biao;Kanada Ryo;Seto Yosuke;Oh;Koike Sumie;Ariyasu Ryo;Kitazono Satoru;Ninomiya Hironori;Takeuchi Kengo;Yanagitani Noriko;Takagi Satoshi;Kishi Kazuma;Fujita Naoya;Okuno Yasus
通讯作者：
Okuno Yasus

Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance

预测介导 ALK-TKI 耐药性的 ALK 突变以及重新调整药物用途以克服耐药性

DOI：
10.1016/j.ebiom.2019.01.019
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
11.1
作者：
Okada Koutaroh;Araki Mitsugu;Sakashita Takuya;Ma Biao;Kanada Ryo;Yanagitani Noriko;Horiike Atsushi;Koike Sumie;Oh;Watanabe Kana;Tamai Keiichi;Maemondo Makoto;Nishio Makoto;Ishikawa Takeshi;Okuno Yasushi;Fujita Naoya;Katayama Ryohei
通讯作者：
Katayama Ryohei

Protein-ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy

通过动态平均片段分子轨道相互作用能预测细胞周期蛋白依赖性激酶 2 抑制剂的蛋白质配体结合亲和力

DOI：
10.1002/jcc.26940
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3
作者：
Takaba Kenichiro;Watanabe Chiduru;Tokuhisa Atsushi;Akinaga Yoshinobu;Ma Biao;Kanada Ryo;Araki Mitsugu;Okuno Yasushi;Kawashima Yusuke;Moriwaki Hirotomo;Kawashita Norihito;Honma Teruki;Fukuzawa Kaori;Tanaka Shigenori
通讯作者：
Tanaka Shigenori

Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance

预测介导 ALK-TKI 耐药性的 ALK 突变以及重新调整药物用途以克服耐药性

DOI：
10.1016/j.ebiom.2019.01.019
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
11.1
作者：
Okada Koutaroh;Araki Mitsugu;Sakashita Takuya;Ma Biao;Kanada Ryo;Yanagitani Noriko;Horiike Atsushi;Koike Sumie;Oh;Watanabe Kana;Tamai Keiichi;Maemondo Makoto;Nishio Makoto;Ishikawa Takeshi;Okuno Yasushi;Fujita Naoya;Katayama Ryohei
通讯作者：
Katayama Ryohei

Protein-ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy

通过动态平均片段分子轨道相互作用能预测细胞周期蛋白依赖性激酶 2 抑制剂的蛋白质配体结合亲和力

DOI：
10.1002/jcc.26940
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3
作者：
Takaba Kenichiro;Watanabe Chiduru;Tokuhisa Atsushi;Akinaga Yoshinobu;Ma Biao;Kanada Ryo;Araki Mitsugu;Okuno Yasushi;Kawashima Yusuke;Moriwaki Hirotomo;Kawashita Norihito;Honma Teruki;Fukuzawa Kaori;Tanaka Shigenori
通讯作者：
Tanaka Shigenori