Investigation of polybacterial onset model of tonsillitis repetition and severity by crowd analysis of tonsil crypt microflora

通过扁桃体隐窝微生物区系人群分析研究扁桃体炎重复和严重程度的多菌发病模型

基本信息

批准号：
17K11400
负责人：
平岡政信
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Wakayama Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-01-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

アメリカ留学にて行った、菌叢解析に対するdry methodの日本への移入をすすめ、同様の解析データを新規におこなった。dryの解析環境をupdateし、おもにpythonコードを応用し、データ毎に開発環境を構築した。プログラムの導入、ハードウェアの調整、留学先のデータセンターとの連絡調整などをオンラインも用いておこなった。qiime2プロトコルは以下となる。UCSD MicrobiomeCoreでの検体処理として、QiitaへFASTQファイルをインポートし96wellデータより必要なサンプルのみをsplitする。次に150bpへのtrimming, デフォルト設定でのdeblurを経てBIOMファイルを作成する。次にこれらを初期データとして、ubuntu上でQiime2が稼働するVirtual machine（ウィンドウズ10上）にてjupyter notebookを用いて、スクリプトを実行する。データはEBI-ENAに登録、後悔することを前提としたフォーマットの確認を行う。データベースの選定としては、green genes97%一致の上、RDPベースのデータも処理した。特に巨大データベース処理においてはマシンのメモリ増設等が必要であったため、適宜調整を継続した。また、論文作成における図表の作成においても、pythonスクリプトによる描出を、各フォーラムでの質疑、チュートリアルを参考に継続使用した。wetの実際としては、選択培地に用いる抗菌薬の購入調整、DNA実験用の各種プライマー合成を行った。Detroit562などの上皮細胞培養のためのウェルの選定、培養条件の調整などをおこなうとともに、新規臨床検体のエントリーを続けている。

我将在美国留学时使用的细菌菌群分析干法转移到日本，并对相同的数据进行了新的分析。我们更新了干分析环境，主要应用了python代码，为每一个数据搭建了开发环境。程序安装、硬件调整，并与留学地点数据中心在线进行沟通协调。 qiime2协议如下。对于使用 UCSD MicrobiomeCore 进行样品处理，请将 FASTQ 文件导入 Qiita，并仅从 96 孔数据中分割必要的样品。接下来，通过修剪到 150bp 并使用默认设置去模糊来创建 BIOM 文件。接下来，使用这些作为初始数据，在 ubuntu 上运行 Qiime2 的虚拟机（Windows 10 上）上使用 jupyter Notebook 运行脚本。数据将被登记在 EBI-ENA 中，并且将在假设可能会遗憾的情况下确认格式。数据库是根据绿色基因97%匹配度来选择的，并且还处理了基于RDP的数据。特别是在处理大型数据库时，需要增加机器的内存，因此我们根据需要不断进行调整。另外，在写论文的时候作图和表格时，我继续使用python脚本进行绘图，并参考了各个论坛的问答环节和教程。对于实际的湿项目，我们购买并调整了用于选择性培养基的抗菌药物，并合成了用于DNA实验的各种引物。除了选择孔和调整培养上皮细胞（例如Detroit562）的培养条件外，我们还不断收到新的临床标本。