包括的アプローチによる血管型エーラス・ダンロス症候群の分子遺伝学的発症機序の解明

采用综合方法阐明血管埃勒斯-当洛斯综合征的分子遗传机制

• 批准号: 19K17795
• 负责人: 山口 智美
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Shinshu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K17795/
• 关键词: 血管型エーラス・ダンロス症候群; 遺伝性結合組織疾患; 次世代シークエンス; 分子遺伝学的発症機序

エーラス・ダンロス症候群（Ehlers-Danlos Syndrome; EDS）は皮膚の過伸展性、関節の過可動性、各種組織の脆弱性を特徴とする遺伝性結合組織疾患である。その中で、血管型EDSは、動脈病変、S状結腸破裂、子宮破裂などの致命的な合併症を生じうる重症病型である。信州大学医学部附属病院遺伝子医療研究センターでは、次世代シークエンス（Next generation sequencing; NGS）を利用した遺伝性結合組織疾患・原因遺伝子パネル解析（NGSパネル解析）を実施してきた。しかし、血管型EDSが疑われた患者のうちの7割弱において病的バリアントは検出されず、コピー数異常を含む構造異常、イントロン深部・転写調節領域・他の遺伝子における病的バリアントの存在が想定された。本研究は、NGSパネル解析陰性例に対する（1）NGSデータを用いたコピー数解析、（2）mRNA解析、（3）ロングリードNGSによる全ゲノム解析を通じて、血管型EDSの分子遺伝学的発症機序の包括的解明を目指している。（1）コピー数解析：新たに69例を解析し、1例においてEDS関連遺伝子に遺伝子全域の1コピー減少を、1例においてEDS関連遺伝子に一部エクソンの1コピー増加を認めた。いずれもMLPA法による検証を行い、コピー数異常を確定した。血管型EDSにおけるNGSパネル解析結果（NGSデータを用いたコピー数解析結果を含む）についてまとめた論文が国際誌に掲載された。（2）mRNA解析：イントロン深部や転写調節領域のバリアント検出、メチル化解析への利用を想定し、新規患者の皮膚線維芽細胞培養を実施した。保管検体と併せ、RNA抽出、DNA抽出を行った。（3）ロングリードNGS解析：培養皮膚線維芽細胞が得られない検体に対し、ゲノムDNAを用いたイントロン深部や転写調節領域のバリアント検出への利用を計画した。

Ehlers-Danlos综合征（EDS）是一种遗传结缔组织疾病，其特征是皮肤过度伸缩，关节过度运动和各种组织脆弱性。其中，血管EDS是一种严重的疾病，可能导致致命并发症，例如动脉病变，乙状结肠结肠破裂和子宫破裂。新月大学医院的遗传医学研究中心已经使用下一代测序（NGS小组分析）进行了遗传小组分析（NGS小组分析）。然而，在仅70％的可疑血管ED患者中，未检测到病理变异，结构异常，包括拷贝数异常，以及深层内含子，转录调节区域和其他基因的病理变异。这项研究旨在通过（1）使用NGS数据，（2）mRNA分析和（3）使用长阅读NGS进行阴性病例的整个基因组分析，全面阐明血管EDS的分子遗传机制。 （1）拷贝数分析：分析了69例新病例，其中一个病例显示了一个与EDS相关基因的副本中整个基因的降低，一个病例在一个情况下显示出一些外显子的增加。使用MLPA方法对两者进行了验证，并确认了拷贝数异常。一份论文汇编了NGS面板分析的结果（包括使用NGS数据的副本编号分析结果），已发表在国际杂志上。 （2）mRNA分析：假设在深层内含子和转录调节区域中检测到变体，并进行了甲基化分析，则进行了新患者的皮肤成纤维细胞培养。与储存的试样结合进行RNA和DNA提取。 （3）长阅读的NGS分析：在未获得培养的皮肤成纤维细胞的标本中，我们计划使用基因组DNA检测深内含子和转录调节区域的变体。

项目成果

Ion Torrentシステムにおけるコピー数異常検出法の有用性：遺伝性結合組織疾患関連遺伝子カスタムパネルに注目して

Ion Torrent 系统中拷贝数畸变检测方法的实用性：重点关注与遗传性结缔组织疾病相关的定制基因组

• 发表时间: 2020
• 作者: Yamaguchi T;Hayashi S;Hayashi D;Matsuyama T;Koitabashi N;Ogiwara K;Noda M;Nakada C;Fujiki S;Furutachi A;Tanabe Y;Yamanaka M;Ishikawa A;Mizukami M;Mizuguchi A;Sugiura K;Sumi M;Yamazawa H;Izawa A;Wada Y;Fujikawa T;Takiguchi Y;Wakui K;山口智美
• 通讯作者: 山口智美

Clinical Sequencing for Vascular Ehlers-Danlos Syndrome Using Panel-Based Next-Generation Sequencing

使用基于组合的下一代测序对血管埃勒斯-当洛斯综合征进行临床测序

• 发表时间: 2019
• 作者: Yamaguchi T;Hayashi S;Hayashi D;Matsuyama T;Koitabashi N;Ogiwara K;Noda M;Nakada C;Fujiki S;Furutachi A;Tanabe Y;Yamanaka M;Ishikawa A;Mizukami M;Mizuguchi A;Sugiura K;Sumi M;Yamazawa H;Izawa A;Wada Y;Fujikawa T;Takiguchi Y;Wakui K;山口智美;山口智美
• 通讯作者: 山口智美