Identification of cancer-specific neoantigens in organoid culture

类器官培养物中癌症特异性新抗原的鉴定

基本信息

批准号：
21H02995
负责人：
笹田哲朗
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Kanagawa Cancer Center Research Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

令和4年度には、① 腎がん患者（6例）の手術摘出腫瘍検体からがん細胞塊を分離・回収し、オルガノイドとして拡大培養した。前年度から合わせて、胃がん4例および腎がん8例のオルガノイドが樹立された。② これらのうち７例のオルガノイド組織および同一患者の正常組織のエクソーム解析・RNA-Seq解析によりがん特異的な点突然変異、フレームシフト変異を同定し、ペプチドミクス解析用データベースを構築した。③ nanoLC-MS/MSシステムを用いて、７例のオルガノイド組織から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索（上記②で構築）することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。④　新鮮腫瘍組織（オルガノイド作成に用いた腫瘍と同一患者に由来する３例）から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。オルガノイド組織での解析データと比較・検討中である。⑤　腫瘍浸潤T細胞から同定したT細胞受容体（TCR）遺伝子を導入したT細胞（TCR-T細胞）を樹立し、同一患者のオルガノイド組織への反応性を検証する系を確立した。現在、オルガノイド反応性のあるTCR-T細胞のネオアンチゲン（オルガノイド組織のペプチドミクス解析により同定）との反応性を検討し、免疫原性のあるネオアンチゲンを同定中である。なお、令和５年度には、引き続き腎がんオルガノイド樹立、オルガノイド組織を用いたペプチドミクス解析によるHLA結合ネオアンチゲンの同定、オルガノイド反応性T細胞を用いたネオアンチゲンの免疫原性の検証を進めることにより、オルガノイド組織を用いてネオアンチゲン特異的T細胞反応の重要性を検証する系を確立する予定である。

2021财年，①从肾癌患者（6例）手术切除的肿瘤标本中分离收集癌细胞团，并扩增培养为类器官。自去年以来，已建立了四例胃癌和八例肾癌的类器官。 ②通过对7例病例的类器官组织和同一患者的正常组织进行外显子组分析和RNA-Seq分析，鉴定出癌症特异性点突变和移码突变，并构建了肽组学分析数据库。 ③使用nanoLC-MS/MS系统，我们获得了从7种类器官组织中释放和回收的HLA I类结合肽的谱图，然后搜索数据库（上面②中构建的）以确定所鉴定的新抗原肽序列。 ④获得从新鲜肿瘤组织中释放和回收的HLA I类结合肽的谱图（3例来自与用于类器官创建的肿瘤相同的患者），通过数据库搜索鉴定新抗原肽序列。目前正在进行与类器官组织分析数据的比较和考虑。 ⑤ 我们建立了转染从肿瘤浸润T细胞（TCR-T细胞）中鉴定出的T细胞受体（TCR）基因的T细胞，并建立了一个系统来验证对同一患者的类器官组织的反应性。我们目前正在研究类器官反应性 TCR-T 细胞与新抗原（通过类器官组织的肽组学分析鉴定）的反应性，并鉴定免疫原性新抗原。 2025财年，我们将继续建立肾癌类器官，通过使用类器官组织的肽组学分析来鉴定HLA结合的新抗原，并使用类器官反应性T细胞验证新抗原的免疫原性。我们计划建立一个系统来验证新抗原的重要性。使用类器官组织进行特异性 T 细胞反应。