ゲノム・遺伝子変異プロファイル解析を用いた膵癌における新規治療戦略の構築

利用基因组/基因突变谱分析开发胰腺癌新治疗策略

基本信息

批准号：
20K09094
负责人：
浅野賢道
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K09094/
关键词：
膵癌化学療法ゲノム解析遺伝子変異 precision medicine

项目摘要

令和4年度は新型コロナ感染症による行動制限も緩和され、概ね順調に研究を進めることができたものの、緊急事態宣言による初年度の研究開始の遅れが大きく影響し、研究を終えることは困難であった。昨年度の研究過程により、生検検体からのDNA抽出は検体量が極めて少量であるため、ターゲットシークエンスに用いるだけの十分なDNA量を確保することが困難であることが判明した。術前治療前の患者から得られている試料は生検検体と血液のみであるため、血液を用いた解析（liquid biopsy）を優先的に行うことにし、術前治療施行前に採取された血液の血漿中cell-free DNA（cfDNA）の解析を行った。cfDNAの抽出には、NucleoSnap(R)-cfDNAを用いた。膵癌由来のDNA（circulating tumor DNA: ctDNA）の有無については、KRAS遺伝子の変異をベンチマークとし、droplet digital PCRを用いたスクリーニングを行い、ライブラリー調整したのち、ターゲットシークエンスを行った。28症例に対してctDNAの解析を行った結果、術前治療前にいずれかの変異を認めた症例は12例（43%）であり、TP53、KRAS、EGFRの順に多かった。このliquid biopsyのデータを元にtumor informed approachを行ったところ、変異を有した症例は15例（54%）であり、変異数はやはりTP53、KRAS、EGFRの順に多く認められた。次に、同一症例の術前治療後（術前）の血液検体の解析も行った。その結果、変異を認めた症例は7例（25%）のみであり、変異を認めたのはKRAS、TP53、SF3B1のみであった。一方、術前治療後の遺伝子変異解析（ターゲットシークエンス）は概ね順調に解析を進めており、早期再発症例（術後1年未満の再発）および長期生存症例（術後5年以上生存）の解析をそれぞれ10例ずつ追加した。現在、さらなる解析を進めている。

2020财年，由于新型冠状病毒导致的行动限制有所放松，我们的研究总体上能够顺利进行，但由于紧急状态宣言而导致第一年的研究延迟，造成了重大影响，使得完成这项研究很困难。去年的研究过程表明，从活检标本中提取 DNA 需要极少量的样本，因此很难获得足够量的 DNA 用于靶向测序。由于术前治疗前从患者身上获取的样本仅有活检标本和血液，因此我们决定优先使用血液进行分析（液体活检），并对术前治疗前采集的血液进行了血浆中游离DNA（cfDNA）的分析。的患者。 NucleoSnap(R)-cfDNA 用于 cfDNA 提取。为了确定是否存在胰腺癌来源的DNA（循环肿瘤DNA：ctDNA），我们以KRAS基因突变为基准，使用液滴数字PCR进行筛选，制备文库并进行靶向测序。对28例病例进行ctDNA分析，结果显示，12例（43%）在术前治疗前检测到其中一种突变，其中TP53、KRAS和EGFR突变依次为最常见。当我们根据液体活检数据进行肿瘤知情方法时，我们发现 15 例 (54%) 存在突变，其中突变数量最多的依次是 TP53、KRAS 和 EGFR。接下来，我们还分析了同一病例术前治疗后（术前）的血液样本。结果，仅在7例（25%）中发现突变，且仅在KRAS、TP53和SF3B1中发现突变。另一方面，术前治疗后的基因突变分析（靶向测序）进展顺利，并对早期复发病例（术后1年内复发）和长期生存病例（术后生存5年以上）进行分析。每增加10个案例。目前正在进行进一步分析。