ゲノム・エピゲノム解析による口唇口蓋裂表現型のゆらぎの解明

通过基因组/表观基因组分析阐明唇裂和腭裂表型的波动

基本信息

批准号：
20K10106
负责人：
鈴木聡
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Aichi Gakuin University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度の研究成果としては唾液を使用した最新機器を用いたDNA解析を行なっていることである。患者が複数名いる家族の４人のDNAを用いて解析を行っている。解析に用いた遺伝資料はオーラジーン唾液キットを用いて行った。質の良いDNAを得るために複数回にわたり採取をおこなった。採取を複数回行うということで患者家族に負担をかけ、また患者の受診状態に合わせたので予想以上に時間がかかった。また解析に使用した機器は最高品度のもので現在国内で使用できるもっとも高性能なオックスフォードナノポアテクノロジー社のプロメチオンを使用した。プロメチオンにはFLO-PRO114M 4Flowcellsのキットを使用した。これによりDNA多型のみならず構造変化、メチレーションの変化いついて全ゲノム解析を行っている。これにより口唇裂の裂型の違いは遺伝情報の構造的もしくは機能的変化によって「ゆらぎ」として発現しているのではないかと考えている。まず、DNAのクオリティについて長崎大学原爆後遺症害研究所にてチェックを行い、回収し、高度に精製したDNAは33-70μgであった。プロメチオンを用いたRUNでは一次クオリティチェック後では母１TB、リード平均長は13kb、父1.17TB、リード平均長は9.53kb、発端者1.21TB、リード平均長は13.32kb、姉妹１.14TB、リード平均長は10.74kbであった。現在は遺伝情報の2次スクリーニングとMappingを行なっている。これにより唾液由来のDNAにおいても超高性能でハイスループットなナノポア社プロメチオンの使用に耐えうるものであり、これにより採血をしなくても家族の同意さえ得ることが可能であるならばさらなるハイスループットなオミックス解析が可能性を示唆している。

今年的研究结果是使用唾液的最新设备进行DNA分析。使用来自多个患者的家庭的四个人的DNA进行了分析。使用Auragene唾液试剂盒进行了用于分析的遗传材料。多次收集样品以获得高质量的DNA。多个收集给患者的家人带来了负担，并且在调整患者病情时，花费的时间比预期的要长。用于分析的设备是牛津纳米孔技术的最高质量设备，目前在日本可用。 Promethion是Flo-Pro 114m 4FlowCells的套件。这不仅允许对DNA多态性，还可以对结构变化和甲基化变化进行整个基因组分析。这表明，由于遗传信息的结构或功能变化，裂解唇裂的裂口类型的差异表示为“片段”。首先，在长崎原子炸弹后遗症研究所检查了DNA质量，回收了，高度纯化的DNA为33-70μg。主要质量检查后，母亲为1 tb，平均铅长度为13 kb，父亲为1.17 tb，平均铅长度为9.53 kb，概率为1.21 tb，平均铅长度为13.32 kb，姐妹为1.14 tb，平均铅长度为10.74 kb。目前，我们正在进行遗传信息的次要筛选和映射。这允许从唾液中的DNA承受使用超高性能和高通量Promethion的使用，这表明如果有可能在没有血液采样的情况下获得家庭成员的同意，则可以进一步进行高通量OMICS分析。

项目成果

期刊论文数量（4）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

TFAP2A and JAM3 polymorphisms in nonsyndromic cleft lip palate among Vietnamese population

越南人群非综合征性唇腭裂中 TFAP2A 和 JAM3 多态性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nguyen Minh Duc;Satoshi Suzuki;Hideto Imura;Gia Loc Pham Nguyen;Nagato Natsume
通讯作者：
Nagato Natsume

Family based and case-control designs reveal an association of TFAP2A in nonsyndromic cleft lip only among Vietnamese population.

DOI：
10.1002/mgg3.1754
发表时间：
2021-09
期刊：
Molecular genetics & genomic medicine
影响因子：
2
作者：
Nguyen DM;Suzuki S;Imura H;Niimi T;Furukawa H;Ta TV;Tong SM;Nguyen TT;Pham LNG;Tran DL;Natsume N
通讯作者：
Natsume N

口唇、口蓋裂患者に対する疫学的研究第70報：東海地区における2020年の本症出生調査報告

第70次唇腭裂患者流行病学研究报告：2020年东海地区唇腭裂出生调查报告