若年性骨髄単球性白血病におけるPTPN11遺伝子変異によるメチル化調節機構の解明

阐明幼年粒单核细胞白血病PTPN11基因突变的甲基化调控机制

基本信息

批准号：
21K08368
负责人：
松田和之
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Shinshu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は、PTPN11変異によるメチル化調節機構の解明することである。これまでにPTPN11変異の有無のみ異なるJMML由来iPS細胞を樹立し、各iPS細胞について変異を修復したiPS細胞および変異を修復したiPS細胞も作製している。直接的にPTPN11変異によるメチル化への影響・機構を解析できる最適な研究試料を使用して研究が遂行できる。網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）の委託解析を計画していたため、高濃度のゲノムDNAが必要であるため各iPS細胞からのCD34陽性細胞の分化誘導について培養条件やサイトカイン添加条件を検討してきた。2022年度末に網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）の委託が可能となった。2022年度の研究成果は、iPS細胞からCD34陽性細胞を分化する際の4種類のサイトカイン濃度を各2倍量に増加し、さらに、回収時のピペットでの剥離と分散操作を繰り返すなどの操作上の細かい点まで調整することにより回収細胞数を増加させることができ、高濃度のゲノムDNAを回収できるようになった。本疾患関連の遺伝子について、Bisulfite処理・シークエンス解析による予備的なメチル化解析を行い、学会発表を行った（第69回日本臨床検査医学会学術集会、栃木県）。そして、2022年度末に網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）をタカラバイオ株式会社への委託することができた。2023年度早期に解析が終了し、データ納品される（2022年度の残助成金と2023年度の助成金を合わせて支払いを行う予定である）。2023年度には、CpGアイランド、遺伝子、およびプローブ別のメチル化率の違いについて比較解析を行う予定である。

这项研究的目的是通过PTPN11突变阐明甲基化调节的机理。到目前为止，已经确定了JMML衍生的IPS细胞仅与PTPN11突变的存在或不存在不同，并且还产生了已修复的IPS细胞和IPS细胞已修复的IPS细胞，这些细胞已修复以进行突变。可以使用最佳研究样本进行研究，该样本可以直接分析PTPN11突变对甲基化的影响和机制。由于我们计划委托综合甲基化分析（珠阵列），因此我们研究了培养条件和细胞因子添加条件，以诱导每个IPS细胞的CD34阳性细胞分化。在2022财政年度结束时，综合甲基化分析（珠阵列）成为可能。 2022年的研究结果表明，当将CD34阳性细胞与IPS细胞区分开时，四种类型的细胞因子的浓度增加了两倍的量，每个细胞的量增加了两倍，并且可以通过调整操作细节（例如重复的去除和分散程序）在收集过程中使用一种恢复的操作细节来增加恢复的细胞数量，从而可以使高浓度的基因组DNA的高浓度回收。对与该疾病相关的基因的初步甲基化分析是使用Bisulfite治疗和测序分析进行的，并在一次会议上（日本临床实验室医学学会，Tochigi县举行的第69届学术会议）进行了介绍。在2022财政年度的末期，综合甲基化分析（珠阵列）能够委托给Takara Beio Co.，Ltd。该分析将在2023年初完成，数据将交付（22022财年的剩余赠款，并将其用于201223财年的GRANTS）。在2023财年，我们计划对CpG岛，基因和探针的甲基化率差异进行比较分析。