マスト細胞の酸化還元応答に関与する遺伝子群の網羅的解析と治療・創薬開発への応用

肥大细胞氧化还原反应相关基因的综合分析及其在治疗和药物发现开发中的应用

• 批准号: 21K07747
• 负责人: 寺田 知新
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07747/
• 关键词: マスト細胞; 加重遺伝子共発現ネットワーク分析; GO解析; pathway解析; hub genes; 酸化還元応答; 酸化ストレス; バイオインフォマティクス

本年度は、前年度に加重遺伝子共発現ネットワーク分析（WGCNA）を用いて得られたマスト細胞の1. 無刺激群とDNA-IgE感作群において上位のMS（module significance）値を持つyellow、brown、magenta、redの4つのモジュールおよび2. DNA-IgE感作群とDNA-IgE感作+DNA-BSA刺激群において上位のMS値を持つturquoise、yellow、blue moduleの3つのモジュールについてさらに解析を行った。まず、BIND、BioGRID、CORUM、DIP、HPRD、InnateDB、IntAct、MatrixDB、MINT、MPact、MPIDB、MPPIなどの主要なPPIデータベースを集約したiRefIndexデータとBioPlex2.0データなどを統合して、合計で22,616のノードと515,015のエッジで構成されるヒト全PPI（protein-protein interaction）ネットワークを構築した。これに各モジュールの遺伝子をマッピングして、各々のモジュールのPPIネットワークを構築した。また、PPIネットワークとして各々のモジュールの最大連結成分を抽出した。さらに密に接続されたPPIクラスターを同定するためにCytoscapeのアプリであるMCODEを使用して解析し、1. yellow、brown、magenta、red モジュールについて各々15、21、1、3つのPPIクラスターを検出し、2. turquoise、yellow、blue モジュールについては各々38、34、15のPPIクラスターを同定した。また、これらのクラスターについてReactome pathway解析を行った。高いスコアを持つクラスターについては、細胞周期やミトコンドリアの翻訳、mRNAのスプライシングなどに関与するパスウェイをいくつか同定した。さらにCytoHubbaを用いて、他の遺伝子と高度に連結したハブ遺伝子の同定を行い、接続数の多いハブ遺伝子の候補となる複数の遺伝子を同定した。

今年，我们将重点关注前一年使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）获得的肥大细胞，洋红色和红色，以及 2. 绿松石色、黄色和蓝色，它们的 MS 值最高。 DNA-IgE致敏组和DNA-IgE致敏+DNA-BSA刺激组。我们进一步分析了module中的三个模块。首先，我们整合了iRefIndex数据和BioPlex2.0数据等，聚合了BIND、BioGRID、CORUM、DIP、HPRD、InnateDB、IntAct、MatrixDB、MINT、MPact、MPIDB、MPPI等主要PPI数据库，总计22,616 我们构建了一个由节点和 515,015 条边组成的人类全 PPI（蛋白质-蛋白质相互作用）网络。将每个模块的基因映射到此，并构建每个模块的 PPI 网络。此外，提取每个模块的最大连通分量作为PPI网络。为了识别更紧密连接的 PPI 簇，我们使用 Cytoscape 应用程序 MCODE 进行分析，发现黄色、棕色、洋红色和红色模块分别有 1、15、21、1 和 3 个 PPI 簇。2。我们识别出 38、绿松石色、黄色和蓝色模块的 PPI 簇分别为 34 和 15。我们还对这些簇进行了反应组通路分析。对于得分高的簇，我们确定了涉及细胞周期、线粒体翻译、mRNA 剪接等的几个途径。此外，使用 CytoHubba，我们鉴定了与其他基因高度连接的枢纽基因，并鉴定了多个具有大量连接的枢纽基因候选基因。

项目成果

運動後回復期における発声が換気・循環動態および筋酸素状態に及ぼす影響

运动后恢复期间发声对通气、血流动力学和肌肉氧状态的影响

• 发表时间: 2022
• 作者: Mayumi A;Tomii T;Kanayama T;Mikami T;Tanaka K;Ueno H;Yoshida H;Kato I;Kawamura M;Nakahata T;Takita J;Hosoi H;Imamura T;有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平
• 通讯作者: 有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平

運動後回復期における発声は筋酸素状態の回復を抑制する

运动后恢复期间的发声会抑制肌肉氧状态的恢复

• 发表时间: 2023
• 作者: Mayumi Azusa;Imamura Toshihiko;Yoshida Hideki;Osone Shinya;Yasuda Takahiko;Iehara Tomoko;有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平
• 通讯作者: 有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平

発声を伴う中・高強度持続的運動が換気動態および筋酸素状態に及ぼす影響－運動中の発声に慣れていない者の場合－

中高强度持续运动伴随发声对通气动力学和肌肉氧状态的影响 - 对于那些不习惯在运动中发声的人 -

• 发表时间: 2022
• 作者: 眞弓あずさ;今村俊彦;冨井敏宏;三上貴司;田中邦昭;吉田秀樹;加藤 格;川村眞智子 滝田順子;細井 創;有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平，今井 一，惠良聖一
• 通讯作者: 有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平，今井 一，惠良聖一

発声を伴う中・高強度持続的運動が筋酸素状態および酸化ストレスに及ぼす影響

中高强度持续运动伴发声对肌肉氧状态和氧化应激的影响

• 发表时间: 2021
• 作者: Okamoto K;Kubo H;Miyagaki S;Yoshida H;Osone S;Imamura T.;有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平，今井 一，惠良聖一
• 通讯作者: 有川 一，寺田知新，山田加奈子，高橋哲平，今井 一，惠良聖一

紹介資料

介绍文章