マスト細胞の酸化還元応答に関与する遺伝子群の網羅的解析と治療・創薬開発への応用

肥大细胞氧化还原反应相关基因的综合分析及其在治疗和药物发现开发中的应用

• 批准号: 21K07747
• 负责人: 寺田 知新
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07747/
• 关键词: マスト細胞; 加重遺伝子共発現ネットワーク分析; GO解析; pathway解析; hub genes; 酸化還元応答; 酸化ストレス; バイオインフォマティクス; マスト細胞; 加重遺伝子共発現ネットワーク分析; GO解析; pathway解析; hub genes; 酸化還元応答; 酸化ストレス; バイオインフォマティクス

本年度は、前年度に加重遺伝子共発現ネットワーク分析（WGCNA）を用いて得られたマスト細胞の1. 無刺激群とDNA-IgE感作群において上位のMS（module significance）値を持つyellow、brown、magenta、redの4つのモジュールおよび2. DNA-IgE感作群とDNA-IgE感作+DNA-BSA刺激群において上位のMS値を持つturquoise、yellow、blue moduleの3つのモジュールについてさらに解析を行った。まず、BIND、BioGRID、CORUM、DIP、HPRD、InnateDB、IntAct、MatrixDB、MINT、MPact、MPIDB、MPPIなどの主要なPPIデータベースを集約したiRefIndexデータとBioPlex2.0データなどを統合して、合計で22,616のノードと515,015のエッジで構成されるヒト全PPI（protein-protein interaction）ネットワークを構築した。これに各モジュールの遺伝子をマッピングして、各々のモジュールのPPIネットワークを構築した。また、PPIネットワークとして各々のモジュールの最大連結成分を抽出した。さらに密に接続されたPPIクラスターを同定するためにCytoscapeのアプリであるMCODEを使用して解析し、1. yellow、brown、magenta、red モジュールについて各々15、21、1、3つのPPIクラスターを検出し、2. turquoise、yellow、blue モジュールについては各々38、34、15のPPIクラスターを同定した。また、これらのクラスターについてReactome pathway解析を行った。高いスコアを持つクラスターについては、細胞周期やミトコンドリアの翻訳、mRNAのスプライシングなどに関与するパスウェイをいくつか同定した。さらにCytoHubbaを用いて、他の遺伝子と高度に連結したハブ遺伝子の同定を行い、接続数の多いハブ遺伝子の候補となる複数の遺伝子を同定した。

在今年，我们进一步分析了以下四个模块：黄色，棕色，洋红色和红色，它们在未刺激的组和DNA-IGE敏化组中具有更高的MS值，以及三个模块，绿松石，黄色和蓝色模块，它们在DNA-IGE敏化组中具有更高的MS值，并且具有更高的MS值。 First, we integrated iRefIndex data, which aggregates major PPI databases such as BIND, BioGRID, CORUM, DIP, HPRD, InnateDB, IntAct, MatrixDB, MINT, MPact, MPIDB, MPPI, and other iRefIndex data and BioPlex2.0 data, to create a human protein-protein interaction (PPI) network consisting of a total of 22,616 nodes and 515,015个边缘。将每个模块的基因映射到此处，以创建每个模块的PPI网络。此外，将每个模块的最大连接组件提取为PPI网络。此外，使用MCODE（CYTOSCAPE APP）进行了分析，以识别紧密连接的PPI簇，并检测到1。15、21、1和3 PPI簇的1。1。黄色，棕色，洋红色和红色模块，以及2。38、34、34、34和15个PPI Clusters和15个PPI Clusters for 2。此外，将这些簇进行反应途径分析。对于高分的簇，我们确定了在细胞周期，线粒体翻译和mRNA剪接中涉及的几个途径。此外，使用Cytohubba，鉴定出高度连接到其他基因的集线器基因，并且确定了具有大量连接的集线器基因的多个基因。