水稻(Oryza sativa)磷代谢网络的预测重建及其系统生物学的研究

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基本信息

  • 批准号：
    30500106
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    25.0万
  • 负责人：
    陈铭
  • 依托单位：
    浙江大学
  • 学科分类：
    C0504.物理生物学
  • 结题年份：
    2008
  • 批准年份：
    2005
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2006-01-01 至2008-12-31

项目摘要

水稻基因组计划的完成后，目前面临着巨量分子生物学数据的功能分析，除常规的序列注释外，系统生物学为揭示遗传型到表型的过程机理提供了解决方法。生物反应网络的预测重建是解决系统生物学分析的关键环节，是全面了解细胞生命过程，如细胞生长，代谢活动，基因调控，蛋白质间相互作用及细胞信号转导等的基本要求。在遗传育种，生物工程，医药医疗方面具有巨大的应用潜力。.本项目将挖掘和整合现有的分子生物学数据，对水稻的生物反应网络，特别是磷代谢网络进行预测重建和系统生物学的分析研究。拟提出并优化一适用性较强的生物反应网络的预测重建方法；构建完整的水稻磷代谢网络；确定水稻生物反应网络的结构与功能特性；并通过系统生物学的分析，结合生产应用，揭示水稻遗传型到表型的过程机理，尤其是水稻如何利用磷而影响其生长和代谢的机制。本项目的研究成功经验还可以适用于其它农业作物的系统生物学研究。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（10）
专著数量（1）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（2）
专利数量（0）
RiceDB：基于Web 界面的水稻基因芯片注释整合数据库RiceDB: A Web-Based Integrated Database for Annotating Rice Microarray
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    中国水稻科学, 2007, 21(3): 235-241.Rice Science, 2007, 14(4): 256-264
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：
Phosphate signaling in Arabidopsis and Oryza sativa
拟南芥和水稻中的磷酸信号传导
  • DOI：
    10.1016/j.plantsci.2008.09.007
  • 发表时间：
    2009-02-01
  • 期刊：
    PLANT SCIENCE
  • 影响因子：
    5.2
  • 作者：
    Fang, Zhaoyuan;Shao, Chuan;Chen, Ming
  • 通讯作者：
    Chen, Ming
基于大规模DNA 微阵列数据的调控亚网络的重建
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    生物信息学中的智能计算理论与研究方法（黄德双等主编），2006, pp.65-69.
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：
整合生物信息学
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机教育, 2006, 9:7-10
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：
系统生物学（Systems Biology）的几大重要问题.
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    生物信息学, 2007, 5(3): 129-136.
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：

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  • 发表时间：
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  • 影响因子：
    --
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    许金森
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  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    中国临床药理学杂志
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    --
  • 作者：
    经力;刘滔滔;郭晴;庞惠媚;韦文兴;覃小玲;陈铭;张韧
  • 通讯作者：
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近10年来三峡消落带土壤氮、磷时空分布特征研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    环境科学研究
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李姗泽;陈铭;王雨春;胡明明;吕映;欧阳威;张家晖;包宇飞
  • 通讯作者：
    包宇飞

其他文献

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相似国自然基金

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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