运筹学在生物信息学若干问题上的应用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    10471141
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    24.0万
  • 负责人：
    章祥荪
  • 依托单位：
    中国科学院数学与系统科学研究院
  • 学科分类：
    A0405.连续优化
  • 结题年份：
    2007
  • 批准年份：
    2004
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2005-01-01 至2007-12-31

项目摘要

随着基因组学和蛋白质组学研究的逐步深入，生物信息学面临的挑战性问题越来越多，对大规模数据的处理和利用，对具NP-hard本质的生物学模型的解算，已是生物信息学研究的瓶颈，成为全球科学家特别是运筹学家关注的问题。本课题研究的几个主要内容均属于这一范畴，即具有生物学背景，用到生物学数据，又是运筹学中的困难问题：(1)杂交测序法所得数据的重组计算；(2)利用单体型对单核苷酸多态性研究中的快速优化算法；(3)通过数据压缩提炼蛋白质结构特征并生成新的数据库。涉及的运筹学分支为组合优化与图论、数学规划、动态规划、人工神经网络和马氏链等。这些研究内容的意义在于，它们是当前生物学和生物信息学研究的重点，得到的算法将为生物学家使用并有助于增强对生物问题本身的理解(例如蛋白质结构的要素)，同时对运筹学的研究也会起到推动作用。近十年来的国际生物信息学研究已经表明，生物信息学研究是近代运筹学发展的重要动力之一。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（20）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（5）
专利数量（0）
An optimization approach to th
一种优化方法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Zhou Ji-Fu, Li Jia-Chun.
  • 通讯作者：
    Zhou Ji-Fu, Li Jia-Chun.
A parsimonious tree-grow metho
节约树木的种植方法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Zhen-Ping Li, Wen-Feng Zhou, X
  • 通讯作者：
    Zhen-Ping Li, Wen-Feng Zhou, X
Minimum conflict individual ha
最小冲突个人哈
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Xiang-Sun Zhang, Rui-Sheng Wan
  • 通讯作者：
    Xiang-Sun Zhang, Rui-Sheng Wan
Models and algorithms for the
模型和算法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Xiang-Sun Zhang, Rui-Sheng Wan
  • 通讯作者：
    Xiang-Sun Zhang, Rui-Sheng Wan
Identification of overlapping
重叠识别
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Shihua Zhang*, Rui-Sheng Wang,
  • 通讯作者：
    Shihua Zhang*, Rui-Sheng Wang,

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其他文献

运筹学在复杂网络社团结构分析中的应用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    运筹与管理
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    章祥荪
  • 通讯作者：
    章祥荪
Predictor-Corrector smoothing
预测校正器平滑
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    张菊亮﹡;章祥荪;苏永美
  • 通讯作者：
    苏永美
基于动态系统的网络社团线性探测算法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
    中国科学:数学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李慧嘉;严冠;刘志东;李桂君;章祥荪
  • 通讯作者：
    章祥荪
Capacitated facility location
具备能力的设施位置
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    吴凌云﹡;章祥荪;张菊亮
  • 通讯作者：
    张菊亮
NMF的数据分类方法在肿瘤分类上的应用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机工程与应用
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    章祥荪;张忠元
  • 通讯作者：
    张忠元

其他文献

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章祥荪的其他基金

第10届运筹学及其应用国际研讨会
  • 批准号：
    11126013
  • 批准年份：
    2011
  • 资助金额：
    5.0 万元
  • 项目类别：
    数学天元基金项目
复杂网络中的优化问题及其在系统生物学中的应用
  • 批准号：
    11131009
  • 批准年份：
    2011
  • 资助金额：
    220.0 万元
  • 项目类别：
    重点项目
第9届运筹学及其应用国际研讨会
  • 批准号：
    11026017
  • 批准年份：
    2010
  • 资助金额：
    5.0 万元
  • 项目类别：
    数学天元基金项目
从生物分子网络中挖掘功能模块和生物通路的模型与算法研究
  • 批准号：
    60873205
  • 批准年份：
    2008
  • 资助金额：
    34.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
生物信息学与最优化方法
  • 批准号：
    10631070
  • 批准年份：
    2006
  • 资助金额：
    125.0 万元
  • 项目类别：
    重点项目
运筹学及其应用国际研讨会
  • 批准号：
    A0524621
  • 批准年份：
    2005
  • 资助金额：
    3.0 万元
  • 项目类别：
    专项基金项目
数学天元基金I
  • 批准号：
    10126036
  • 批准年份：
    2001
  • 资助金额：
    200.0 万元
  • 项目类别：
    数学天元基金项目
数学天元基金I
  • 批准号：
    10026001
  • 批准年份：
    2000
  • 资助金额：
    200.0 万元
  • 项目类别：
    数学天元基金项目
数学天元基金
  • 批准号：
    19926001
  • 批准年份：
    1999
  • 资助金额：
    200.0 万元
  • 项目类别：
    数学天元基金项目
人工神经网络在优化预测中的应用及理论分析
  • 批准号：
    69574034
  • 批准年份：
    1995
  • 资助金额：
    8.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

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  • 批准号：
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  • 批准年份：
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  • 项目类别：
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相似海外基金

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  • 财政年份：
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作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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