分子超快非线性X射线光谱的理论研究: 计算方法发展与应用

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    11774174
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    62.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    A2102.原子分子与光子相互作用
  • 结题年份:
    2021
  • 批准年份:
    2017
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2018-01-01 至2021-12-31

项目摘要

Bright, ultrashort pulses generated by X-ray free-electron lasers (XFEL) make ultrafast nonlinear X-ray spectroscopy possible, which can provide higher-level information than linear absorption and emission spectroscopy. Multidimensional spectroscopies and complex physical processes involved demand theory to provide analysis tools; and the usage of new spectroscopies needs to be interpreted by simulations. This project aims to develop new methods to calculate ultrafast nonlinear X-ray spectroscopy (transient X-ray absorption, stimulated Raman, and all-X-ray four-wave-mixing (FWM) spectroscopies), and take small biological molecules as examples to simulate their usage in monitoring ultrafast processes (the former two) and detecting quantum coherence (the last one). We develop new method to calculate transient X-ray absorption spectroscopy based on static potential energy surfaces, and apply it in monitoring photochemical processes in bases. We use attosecond stimulated Raman processes to study the charge migration dynamics in amino acids. The double core hole (DCH) states induced by XFEL are a hot topic in theoretical and experimental studies, and it is via the DCH excited states that the FWM spectroscopy can detect the correlation between two atoms in a molecule. We develop new method to get more accurate DCH states, and apply it in simulating the FWM signals to get information of quantum coherence in biological systems.
X射线自由电子激光(XFEL)产生的超强、超短的脉冲使得超快非线性X射线光谱成为可能,能提供比线性吸收、发射谱更高水平的信息。多维的光谱和涉及的复杂的物理过程需要理论提供分析工具;新光谱的用途需要通过模拟来阐释。本申请旨在发展超快非线性X射线光谱(瞬态X射线吸收谱、受激拉曼谱、全X射线四波混频谱)的计算方法,并以生物小分子为例,对其在超快过程监控(前两种谱)和量子相干检测(后一种谱)方面的应用进行模拟研究。我们基于静态势能面发展经济有效的方法计算瞬态吸收光谱,并应用于碱基光化学过程的监控。我们利用阿秒受激拉曼过程研究来各种氨基酸中的电荷迁移动力学。XFEL诱导的双核孔态是当前理论实验的研究热点,且四波混频谱利用双核孔激发态来检测分子中两个原子间的相关。我们发展提高双核孔态精度的计算方法,并模拟碱基、碱基对的四波混频谱,以探索生物系统中的量子相干。

结项摘要

X射线自由电子激光、高次谐波装置产生的超短脉冲使得超快非线性X射线光谱成为可能,提供了监控分子与材料中超快物理、化学过程的有力工具。理论研究可帮助预测新实验,帮助从实验谱解读机制。本研究中,我们完成了计算超快非线性X射线光谱的MCNOX软件的开发(Weijie HUA, Yi LUO, Shaul MUKAMEL, v1.0, 2019),可用于多参考水平下瞬态X射线吸收(TXAS)、受激拉曼、四波混频三类光谱的计算,且能通过自然跃迁轨道(NTO)分析跃迁,理解机制。提出了一种基于势能面快照的简单经济的TXAS谱计算方法。应用该法研究了尿嘧啶光致退激发反应,对过程中引起争议的是否会经过光学暗态S1的机理,预测了C/N/O 1s边TXAS谱的指纹信号。其中O1s 边谱的暗态指纹信号(526-527 eV)在结构类似的胸腺嘧啶分子中已获XFEL实验证实。目前正继续推广该法于分子、晶体的芯电子激发态势能面,以及沿质子转移反应路径的高维X射线光谱计算研究。发展了高精度振动分辨X射线光谱的计算程序与方法,得到的小分子、离子的XAS和XPS谱很好吻合了试验。同样借助精确的振动分辨光学光谱,解释了热激活延迟发光材料的光物理机制。本研究中发展的程序方法,为理解分子与材料中超快光物理和光化学提供了理论工具。

项目成果

期刊论文数量(10)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Breaking inversion symmetry by protonation: experimental and theoretical NEXAFS study of the diazynium ion, N2H+
通过质子化打破反演对称性:二嗪鎓离子 N2H 的实验和理论 NEXAFS 研究
  • DOI:
    10.1039/d1cp02002a
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Physical Chemistry Chemical Physics
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Couto Rafael C.;Hua Weijie;Lindblad Rebecka;Kjellsson Ludvig;Sorensen Stacey L.;Kubin Markus;Bulow Christine;Timm Martin;Zamudio-Bayer Vicente;von Issendorff Bernd;Soderstrom Johan;Lau J. Tobias;Rubensson Jan-Erik;Agren Hans;Carravetta Vincenzo
  • 通讯作者:
    Carravetta Vincenzo
Manipulating spatial alignment of donor and acceptor in host-guest MOF for TADF.
操纵TADF主客体MOF中供体和受体的空间排列
  • DOI:
    10.1093/nsr/nwab222
  • 发表时间:
    2022-08
  • 期刊:
    National science review
  • 影响因子:
    20.6
  • 作者:
  • 通讯作者:
On the spectral profile change in the Q band absorption spectra of metalloporphyrins (Mg, Zn, and Pd): A first-principles study
金属卟啉(Mg、Zn 和 Pd)Q 带吸收光谱的光谱轮廓变化:第一性原理研究
  • DOI:
    10.1063/1.5090964
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    Journal of Chemical Physics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Pan Yafu;Li Li;Qiu Feifei;Wei Yong;Hua Weijie;Tian Guangjun
  • 通讯作者:
    Tian Guangjun
Transient X-ray Absorption Spectral Fingerprints of the S1 Dark State in Uracil
尿嘧啶中 S-1 暗态的瞬态 X 射线吸收光谱指纹
  • DOI:
    10.1021/acs.jpclett.9b02692
  • 发表时间:
    2019-11-21
  • 期刊:
    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS
  • 影响因子:
    5.7
  • 作者:
    Hua, Weijie;Mukamel, Shaul;Luo, Yi
  • 通讯作者:
    Luo, Yi
Thermally Activated Delayed Fluorescence in an Organic Cocrystal: Narrowing the Singlet-Triplet Energy Gap via Charge Transfer
有机共晶中的热激活延迟荧光:通过电荷转移缩小单线态-三线态能隙
  • DOI:
    10.1002/anie.201904427
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    Angewandte Chemie International Edition
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Sun Lingjie;Hua Weijie;Liu Yang;Tian Guangjun;Chen Mingxi;Chen Mingxing;Yang Fangxu;Wang Shufeng;Zhang Xiaotao;Luo Yi;Hu Wenping
  • 通讯作者:
    Hu Wenping

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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