酵母全基因组蛋白质-蛋白质相互作用网络的时空动态分解和相互作用模体对的预测

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    30770445
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    30.0万
  • 负责人：
    林魁
  • 依托单位：
    北京师范大学
  • 学科分类：
    C0505.蛋白质、多肽与酶生物化学
  • 结题年份：
    2010
  • 批准年份：
    2007
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2008-01-01 至2010-12-31

项目摘要

随着人们对蛋白质-蛋白质相互作用在生命过程中的重要性的认识不断提高，在全基因组水平上构建出各模式生物的蛋白-蛋白互作网络的研究变得越来越重要。我们已设计了一种在全基因组水平上构建蛋白质-蛋白质相互作用网络的计算方法并已成功应用于酵母菌（yeast）基因组，同时还获得高质量的相互作用正数据集和负数据集。由于在时间和空间上对相互作用网络进行动态分解才更具有实际生物学意义，我们将利用原方法中得到的指标系数并结合相应的基因表达数据对蛋白互作网络进行时间与空间上的动态分解，试图得到与实际生物学功能相吻合的蛋白互作子网络，如复合体以及通路等。同时，我们将通过机器学习及统计学方法来挖掘在正数据集中出现频率高且在负数据集中出现频率低的相互作用模体对（motif pairs），从而提炼出具有高可信度的蛋白质相互作用位点数据。这样的研究结果必将为药物信息学和蛋白质相互作用接触面的研究提供重要的帮助。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（5）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Yeast protein-protein interaction binding sites: prediction from the motif-motif, motif-domain and domain-domain levels
酵母蛋白质-蛋白质相互作用结合位点：从基序-基序、基序-结构域和结构域-结构域水平进行预测
  • DOI：
    10.1039/c0mb00038h
  • 发表时间：
    2010-01-01
  • 期刊：
    MOLECULAR BIOSYSTEMS
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Pang, Erli;Lin, Kui
  • 通讯作者：
    Lin, Kui
Computational Analysis of miRNA and Target mRNA Interactions: Combined Effects of The Quantity and Quality of Their Binding Sites
miRNA 和靶 mRNA 相互作用的计算分析：其结合位点数量和质量的综合影响
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Progress in Biochemistry and Biophysics
  • 影响因子：
    0.3
  • 作者：
    Cong Fu;Kui Lin
  • 通讯作者：
    Kui Lin

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其他文献

固结磨料抛光 K9 光学玻璃的工艺试验研究
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  • 作者：
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  • 通讯作者：
    朱永伟等
Strand compositional asymmetries of nuclear DNA in eukaryotes(真核生物细胞核DNA双链核苷酸组成的不对称性)
  • DOI：
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  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
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  • 影响因子：
    3.9
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    张大勇
金刚石固结磨料研磨 K9 玻璃的研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    硅酸盐通报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    林魁;朱永伟等
  • 通讯作者：
    朱永伟等
有机凝胶先驱体转化法制备尖晶石型铁氧体MnFe_2O_4纤维
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    南京航空航天大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    林魁;沈湘黔;朱永伟;向军
  • 通讯作者：
    向军
基于关键链多项目鲁棒调度
  • DOI：
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  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    计算机集成制造系统
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    刘琼;林魁;张超勇;朱海平;LIU Qiong,LIN Kui,ZHANG Chao-yong,ZHU Hai-ping(State Key Labo
  • 通讯作者：
    LIU Qiong,LIN Kui,ZHANG Chao-yong,ZHU Hai-ping(State Key Labo

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林魁的其他基金

整合RNA-Seq分析的植物基因组注释系统研究- - 以黄瓜属近缘基因组进化分析为例
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    31171235
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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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