精确计算核磁共振化学位移及其在天然产物绝对构型指认中的应用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21773193
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    65.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0302.化学模拟与应用
  • 结题年份:
    2021
  • 批准年份:
    2017
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2018-01-01 至2021-12-31

项目摘要

With the development of nuclear magnetic resonance (NMR) technology, NMR spectroscopy has become the most important tool in the determination of relative and absolute configuration of natural products. However, in the process of determination of relative and absolute configuration of natural products, which generally have multiple chiral centers, relying only on NMR experiments often do not distinguish between diastereomers with similar structures, and sometimes even give false structure. With the development of computational methods and statistical methods, computational chemistry has become an indispensable research tool for studying the absolute configuration of natural products. At present, the idea is to complete the identification by comparing the calculated chemical shifts and experimental values. And thus, the accuracy of calculations has a crucial impact on the identification. However, current accurate method for the calculation of chemical shifts can only be applied to systems with several heavy atoms and can’t be applied to the study of natural products. The aim of this project is to develop and improve the current method of accurately calculating the chemical shift so that it can be used in the study of natural product structure analysis, and which can lay a foundation for further study of the lead compound with biological/drug activity.
随着核磁共振技术的发展,核磁共振波谱已经成为了天然产物结构鉴定和描述的最主要也是最重要的手段。然而在天然产物结构鉴定过程中,由于其通常具有多个手性中心,仅依靠核磁共振实验技术通常会无法区分具有相似结构的非对映异构体,有时甚至给出错误的结构指认。随着计算方法和统计方法的发展,计算化学日益成为研究天然产物绝对构型必不可少的研究工具。目前计算核磁共振波谱参数的研究思路是通过比较计算的化学位移与实验值来完成对天然产物结构的指认。因而计算是否精确对于天然产物的结构指认有着至关重要的影响。而现有的精确计算化学位移的方法仅能适用于几个重原子的体系,无法应用于天然产物的研究。本项目旨在发展和改善精确计算核磁共振化学屏蔽常数/化学位移的方法,使之能运用于天然产物结构解析的研究中,为进一步研究具有生物/药物活性的先导结构奠定一定的基础。

结项摘要

在天然产物结构鉴定过程中,由于其通常具有多个手性中心,仅依靠核磁共振实验技术通常会无法区分具有相似结构的非对映异构体,有时甚至给出错误的结构指认。随着计算方法和统计方法的发展,计算化学日益成为研究天然产物绝对构型必不可少的研究工具。目前计算核磁共振波谱参数的研究思路是通过比较计算的化学位移与实验值来完成对天然产物结构的指认,因而计算是否精确对于天然产物的结构指认有着至关重要的影响。本项目旨在通过发展能精确计算化学位移的方法,使之能运用于常规的天然产物结构解析。主要研究成果包括:1)发展了能精确计算核磁共振屏蔽常数/化学位移的FPA-M(HF’)方法。系统的研究表明改方法不仅对于小分子体系能给出精确的结果,对于天然产物等相对较大的分子亦能给出精确的结果。2)发展了能精确计算核磁共振化学位移的新型泛函:xOPBE。我们的研究发现,相对于OPBE泛函,xOPBE泛函大幅度地提高了13C化学位移的计算精度,从OPBE的2.59ppm提升至1.58ppm。在进一步天然产物结构确认的应用中,我们发现xOPBE泛函不仅可以定量上改进OPBE泛函对于正确结构的描述,同时在OPBE泛函无法给出正确结果的情况下xOPBE泛函亦能给出定性上正确的结果。xOPBE泛函的提出为后续的计算机辅助的天然产物的结构确认奠定了理论基础。3)开发了计算核磁共振振转效应的程序。4)协助实验判断提出的结构是否正确。

项目成果

期刊论文数量(11)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(1)
专利数量(0)
xOPBE: A Specialized Functional for Accurate Prediction of 13C Chemical Shifts
xOPBE:准确预测 13C 化学位移的专用函数
  • DOI:
    10.1021/acs.jpca.0c02873
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    Journal of Physical Chemistry A
  • 影响因子:
    2.9
  • 作者:
    Jinkun Zhang;Qing Ye;Chao Yin;Anan Wu;Xin Xu
  • 通讯作者:
    Xin Xu
Accurate prediction of nuclear magnetic resonance shielding constants: An extension of the focal-point analysis method for magnetic parameter calculations (FPA-M) with improved efficiency
核磁共振屏蔽常数的准确预测:磁参数计算焦点分析方法(FPA-M)的扩展,提高了效率
  • DOI:
    10.1063/1.5041979
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Journal of Chemical Physics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Kangli Wang;Meng Sun;Deng Cui;Tonghao Shen;Anan Wu;Xin Xu
  • 通讯作者:
    Xin Xu
Developing Ideal Metalorganic Hydrides for Hydrogen Storage: From Theoretical Prediction to Rational Fabrication
开发用于储氢的理想金属有机氢化物:从理论预测到合理制造
  • DOI:
    10.1021/acsmaterialslett.1c00488
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    ACS MATERIALS LETTERS
  • 影响因子:
    11.4
  • 作者:
    Jing Zijun;Yuan Qinqin;Yu Yang;Kong Xiangtao;Tan Khai Chen;Wang Jintao;Pei Qijun;Wang Xue-Bin;Zhou Wei;Wu Hui;Wu Anan;He Teng;Chen Ping
  • 通讯作者:
    Chen Ping
Rh-ZSM-5分子筛吸附CO、H_2O和O_2的理论研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    厦门大学学报(自然科学版)
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    陈丹;吴安安;谭凯;吕鑫
  • 通讯作者:
    吕鑫
Auto-classification of biomass through characterization of their pyrolysis behaviors using thermogravimetric analysis with support vector machine algorithm: case study for tobacco.
使用支持向量机算法的热重分析通过表征其热解行为来自动分类生物质:烟草案例研究
  • DOI:
    10.1186/s13068-021-01942-w
  • 发表时间:
    2021-04-27
  • 期刊:
    Biotechnology for biofuels
  • 影响因子:
    6.3
  • 作者:
    Yin C;Deng X;Yu Z;Liu Z;Zhong H;Chen R;Cai G;Zheng Q;Liu X;Zhong J;Ma P;He W;Lin K;Li Q;Wu A
  • 通讯作者:
    Wu A

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偏光全息研究历程与展望
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  • 通讯作者:
    谭小地
理论与计算化学研究进展
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
    厦门大学学报(自然科学版)
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    苏培峰;谭凯;吴安安;吕鑫;赵仪;曹泽星;吴玮
  • 通讯作者:
    吴玮

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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