复杂疾病miRNA多态风险位点识别及其生物学功能分析

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    61073136
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    32.0万
  • 负责人：
    李霞
  • 依托单位：
    哈尔滨医科大学
  • 学科分类：
    F0213.生物信息计算与数字健康
  • 结题年份：
    2013
  • 批准年份：
    2010
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

miRNA多态miRSNPs的出现对miRNA的功能研究产生重要影响。随着对复杂疾病研究的深入，miRSNPs在疾病发生中的重要作用为人们越来越重视，因此，如何研究鲁棒的信息学方法识别miRSNPs，并研究其功能意义及与复杂疾病发生发展的密切关系是一项极为重要的工作，具有紧迫性和重要的现实意义。本课题致力于整合dbSNP中的SNP数据、疾病相关SNP数据和多类miRNA靶点数据，识别候选的导致疾病或与疾病发生发展密切相关的miRSNPs，研究不同类型miRSNPs的分子生物学功能，研究miRSNPs引起miRNA功能失调从而导致疾病发生的机制，并以结肠癌、前列腺癌、胃癌等疾病的数据为例，证实miRSNPs在病理研究中的重要性及其功能，预期研究成果为将指导疾病的病因学和病理学研究，为疾病靶向治疗提供可靠的理论依据，具有潜在的社会效益和经济价值。

结项摘要

本项目按原计划完成。在本项目中，我们系统地整合了miRNA及靶点数据、当前已知的疾病相关SNP数据和dbSNP中的SNP数据，识别了候选的致病或与疾病发生发展密切相关的miRNA多态 (miRNAs polymorphisms, miRSNPs)，我们开发了基于高通量数据和功能组学数据的方法研究不同类型miRSNPs的分子生物学功能，以及这些miRSNPs引起miRNA功能失调进而导致疾病发生的机制；此外，我们还进一步扩展了本研究工作，识别了人类长链非编码RNA (large intergenic non-coding RNA, lincRNA)上的疾病相关多态(lincSNPs)，并系统剖析了lincRNA上的多态分布特征，识别出了lincRNA上的功能区域，同时建立了人类lincRNA相关的疾病SNP数据库(LincSNP)和lincRNA转录因子结合位点多态数据库（SNP@lincTFBS）。本项目共发表SCI论文22篇，研究论文发表在国外著名生命科学杂志《Nucleic Acids Research》、《Bioinformatics》、《BMC System Biology》和《Gene》等杂志上。更重要的是，我们以结肠癌、前列腺癌等人类常见恶性肿瘤为例，证实了miRSNPs和lincSNPs在肿瘤发生发展中的重要作用和生物功能，研究成果为指导疾病的病因学和病理学研究以及疾病的靶向治疗提供了可靠的理论依据，具有潜在的社会效益和经济价值。

项目成果

期刊论文数量（22）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
mirTarPri: Improved Prioritization of MicroRNA Targets through Incorporation of Functional Genomics Data
mirTarPri：通过整合功能基因组数据改进 MicroRNA 目标的优先级
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    PLos One
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Wang; Peng;Ning; Shangwei;Wang; Qianghu;Li; Ronghong;Ye; Jingrun;Zhao; Zuxianglan;Li; Yan;Huang; Teng;Li; Xia
  • 通讯作者：
    Xia
Subpathway-GM: identification of metabolic subpathways via joint power of interesting genes and metabolites and their topologies within pathways
Subpathway-GM：通过感兴趣的基因和代谢物及其在途径内的拓扑的联合力量来识别代谢亚途径
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    Nucleic Acids Research
  • 影响因子：
    14.9
  • 作者：
    Li; Xia;Han; Junwei;Yao; Qianlan;Zou; Chendan;Xu; Yanjun;Zhang; Chunlong;Shang; Desi;Zhou; Lingyun;Zou; Chaoxia
  • 通讯作者：
    Chaoxia
MicroRNA regulation constrains the organization of target genes on mammalian chromosomes
MicroRNA 调控限制哺乳动物染色体上靶基因的组织
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    FEBS Letters
  • 影响因子：
    3.5
  • 作者：
    Wang; Zhen-Zhen;Gong; Bin-Sheng;Wang; Hua-Kun;Wang; Hong-Jiu;Zhou; Meng;Wang; Qiang-Hu;Chen; Xi;Liu; Tao;Li; Xia
  • 通讯作者：
    Xia
A novel network-based method for measuring the functional relationship between gene sets
一种新的基于网络的测量基因集之间功能关系的方法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    Bioinformatics
  • 影响因子：
    5.8
  • 作者：
    Wang; Qianghu;Sun; Jie;Zhou; Meng;Yang; Haixiu;Li; Yan;Li; Xiang;Lv; Sali;Li; Xia;Li; Yixue
  • 通讯作者：
    Yixue
Prioritizing human cancer microRNAs based on genes' functional consistency between microRNA and cancer
根据基因优先考虑人类癌症 microRNA
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    Nucleic Acids Research
  • 影响因子：
    14.9
  • 作者：
    Li X;Wang Q;Zheng Y;Lv S;Ning S
  • 通讯作者：
    Ning S

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  • 通讯作者：
    李霞
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  • 期刊：
  • 影响因子：
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  • 作者：
    李霞
  • 通讯作者：
    李霞
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细胞因子诱导杀伤细胞联合同步放化疗治疗直肠肿瘤局部复发的临床分析
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    2013-01-15
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    李霞
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  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    十河友;王秀鵬;李霞;伊藤敦夫;後藤康之;大野忠夫;内村英次;山﨑淳司
  • 通讯作者：
    山﨑淳司

其他文献

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相似国自然基金

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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