Ssa1p调控酵母朊病毒[PSI+]聚集的特异性机制研究

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基本信息

  • 批准号:
    31570154
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0107.病毒学
  • 结题年份:
    2019
  • 批准年份:
    2015
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2016-01-01 至2019-12-31

项目摘要

The mechanism of molecular chaperones in prion aggregation is one big challenge in the research of prion disease around the globe. The discovery that yeast possesses proteins that propagate in a similar manner to mammalian prions has allowed detailed genetic and biochemical analysis to identify factors that influence prion aggregation. One key modulator of prion aggregation is the Hsp70 molecular chaperone system. In this proposal we plan to use the well established [PSI+] yeast prion system and to apply a combination of computational, genetics, biochemistry, structural and molecular techniques to elucidate the key molecular features of Ssa1p (yeast cytosolic Hsp70) role in prion aggregation. Specifically, three main objectives of this work are i) To effectively screen the Ssa1p mutant which influence yeast prion [PSI+] aggregation; ii) To characterize the structure-function relationship of Ssa1p mutants, and identify important amino acid residues between Ssa1p and its cofactors (e.g. Hsp40, NEF) that act as key regulators of Hsp70 function; iii) To extend these studies into closely related Hsp70 variants, and assess whether our key findings are applicable across the Hsp70 family and specific structure-function relationship among Hsp70 family members on yeast prion aggregation. Carrying out this project will bring technical innovation to the molecular chaperone and prion study. Our finding will not only contribute to the final unriddling mechanism of chaperone Hsp70 in yeast prion aggregation, but also will inform chaperone and prion interactions in higher organisms. Moreover, it will be benefit for finding novel target position for anti-prion drugs.
本项目针对目前国际上分子伴侣对朊病毒聚集调控机制研究的难点,以酵母朊病毒[PSI+]和酵母细胞质中Hsp70家族成员Ssa1p为研究对象,在原有的生物学研究方法中,引入分子动力学模拟技术和新型筛选模型,并结合一定的结构生物学实验验证,1)高效筛选影响酵母朊病毒[PSI+]聚集的Ssa1p突变体;2)研究Ssa1p突变体的结构变化对其自身功能,以及Ssa1p与辅助伴侣Hsp40、NEF间相互作用的影响规律及动力学特性;3)通过与Hsp70家族Ssa1p同源蛋白关键位点的对比研究,获得Ssa1p对[PSI+]聚集调控的共性及特异性特征。最终综合以上研究结果,对Ssa1p调控酵母朊病毒[PSI+]聚集的特异性机制进行系统科学的预测。本研究在理论和方法上将为分子伴侣调控朊病毒聚集的分子机制研究带来重要的创新,并在应用上将有助于发现新的治疗朊病毒疾病的生物途径、开发潜在的药物作用靶点。

结项摘要

本项目针对目前国际上分子伴侣对朊病毒聚集调控机制研究的难点,以酵母朊病毒[PSI+]和酵母细胞质中Hsp70家族成员Ssa1p为研究对象,在原有的生物学研究方法中,引入分子动力学模拟技术和新型筛选模型,并结合一定的结构生物学实验验证,1)高效筛选影响酵母朊病毒[PSI+]聚集的Ssa1p突变体;2)研究Ssa1p突变体的结构变化对其自身功能,以及Ssa1p与辅助伴侣Hsp40、NEF间相互作用的影响规律及动力学特性;3)通过与Hsp70家族Ssa1p同源蛋白关键位点的对比研究,获得Ssa1p对[PSI+]聚集调控的共性及特异性特征。最终综合以上研究结果,对Ssa1p调控酵母朊病毒[PSI+]聚集的特异性机制进行系统科学的预测。本研究在理论和方法上将为分子伴侣调控朊病毒聚集的分子机制研究带来重要的创新,并在应用上将有助于发现新的治疗朊病毒疾病的生物途径、开发潜在的药物作用靶点。

项目成果

期刊论文数量(10)
专著数量(0)
科研奖励数量(2)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Design and synthesis of dual-excitation fluorescent probe, Tb3+-dtpa-bis(fluorescein), and application in detection of hydrazine in environmental water samples and live cells
双激发荧光探针Tb3-dtpa-bis(荧光素)的设计与合成及其在环境水样和活细胞中肼检测中的应用
  • DOI:
    10.1016/j.dyepig.2018.10.044
  • 发表时间:
    2019-03-01
  • 期刊:
    DYES AND PIGMENTS
  • 影响因子:
    4.5
  • 作者:
    Li, Xinyi;Yu, Zhiyue;Song, Youtao
  • 通讯作者:
    Song, Youtao
Using steered molecular dynamics to study the interaction between ADP and the nucleotide-binding domain of yeast Hsp70 protein Ssa1
利用引导分子动力学研究 ADP 与酵母 Hsp70 蛋白 Ssa1 核苷酸结合域之间的相互作用
  • DOI:
    10.1007/s10822-018-0136-8
  • 发表时间:
    2018-11
  • 期刊:
    Journal of Computer-Aided Molecular Design
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    YouLin Xue;Qiaoshi Zhang;Yuna Sun;Xiaohong Zhou;Ian P. Hurley;Gary W. Jones;Youtao Song
  • 通讯作者:
    Youtao Song
Steered molecular dynamics simulation of the binding of the bovine auxilin J domain to the Hsc70 nucleotide-binding domain
牛辅助素 J 结构域与 Hsc70 核苷酸结合结构域结合的引导分子动力学模拟
  • DOI:
    10.1007/s00894-017-3453-2
  • 发表时间:
    2017-10
  • 期刊:
    Journal of Molecular Modeling
  • 影响因子:
    2.2
  • 作者:
    Xue Youlin;Zhou Lei;Sun Yuna;Li Hui;Jones Gary W.;Song Youtao
  • 通讯作者:
    Song Youtao
Ydj1p锌指结构突变体对底物结合影响的分子动力学模拟分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    生物信息学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    刘冠宏;孙玉娜;张桥石;薛友林;宋有涛
  • 通讯作者:
    宋有涛
Molecular dynamics simulations of Hsp40 J-domain mutants identifies disruption of the critical HPD-motif as the key factor for impaired curing in vivo of the yeast prion [URE3].
Hsp40 J 结构域突变体的分子动力学模拟确定关键 HPD 基序的破坏是酵母朊病毒体内固化受损的关键因素 [URE3]
  • DOI:
    10.1080/07391102.2017.1334594
  • 发表时间:
    2018-05
  • 期刊:
    Journal of biomolecular structure & dynamics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Xue YL;Wang H;Riedy M;Roberts BL;Sun Y;Song YB;Jones GW;Masison DC;Song Y
  • 通讯作者:
    Song Y

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    何剑为

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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