对虾基因组DNA重复序列的分析和定位研究

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31172396
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    60.0万
  • 负责人：
    张晓军
  • 依托单位：
    中国科学院海洋研究所
  • 学科分类：
    C1901.水产学基础
  • 结题年份：
    2015
  • 批准年份：
    2011
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2012-01-01 至2015-12-31

项目摘要

研究表明对虾基因组中DNA重复序列占有很大比例，但目前关于这些重复序列一些基本特性的了解还不十分清楚。本课题在分析对虾类基因组高通量测序数据、BAC末端序列的基础上，结合已测序的Daphnia pulex等近缘物种的基因组数据，采用生物信息学分析和测序的方法，了解对虾基因组中重复序列的特点；在此基础上筛选、合成探针，对端粒、着丝粒、rDNA、histone、actin和一些LINE等重复序列，通过Southern blot和荧光原位杂交(FISH)的方法确定其在染色体上的分布和位置。这些重复序列的分析、克隆和定位将有助于对虾染色体物理图谱构建和基因组测序组装，为深入了解对虾基因组的组成、结构及功能，促进对虾遗传育种和系统进化研究提供基础。

结项摘要

本课题在分析BAC末端序列的基础上，结合高通量基因组和转录组测序数据，深入探索了对虾基因组中DNA重复序列的结构和分布特征。研究发现对虾基因组中重复序列非常丰富，约占整个基因组的80%，其中简单串联重复序列（SSR）所占比例为基因组的19.41%，散在重复序列的比列为11.99%；通过荧光原位杂交，发现对虾的端粒重复序列为(TTAGG)n；通过分子克隆和转录组测序，得到大量的18S-8S rDNA序列以及对虾组蛋白、肌动蛋白和肌球蛋白等重复基因序列，并分别将其定位于染色体上，并可做为染色体特异探针；研究明确了BAC-Not I重复序列实际为大片段的rDNA序列；分析了对虾基因家族的系统发生和进化；同时利用对虾中的大量简单串联重复序列，开发分子标记应用于对虾的选择育种。相关研究结果已发表文8篇，申请专利2项。本研究为深入了解对虾基因组的特征，协助基因组测序组装提供了重要资料；同时也为揭示对虾系统发生以及遗传育种提供新的思路和手段。

项目成果

期刊论文数量（10）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（12）
专利数量（1）
凡纳滨对虾Hox基因及其在早期发育中表达模式的研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
    中国海洋大学学报(自然科学版)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    袁剑波;张晓军;李富花;相建海
  • 通讯作者：
    相建海
Comparative transcriptomic characterization of the early development in Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei.
太平洋白虾凡纳滨对虾早期发育的比较转录组特征
  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0106201
  • 发表时间：
    2014
  • 期刊：
    PloS one
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Wei J;Zhang X;Yu Y;Huang H;Li F;Xiang J
  • 通讯作者：
    Xiang J
Analysis of genomic characters reveals that four distinct gene clusters are correlated with different functions in Burkholderia cenocepacia AU 1054
基因组特征分析表明，四个不同的基因簇与新洋葱伯克霍尔德菌 AU 1054 的不同功能相关
  • DOI：
    10.1007/s00253-013-5415-7
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    Applied Microbiology and Biotechnology
  • 影响因子：
    5
  • 作者：
    Jianfeng Ren;Fu Beide;Jiang Feng;Xiaojun Zhang
  • 通讯作者：
    Xiaojun Zhang
基于中国明对虾不同组织EST数据的基因表达差异分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    水产学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王兵;董波;李富花;相建海
  • 通讯作者：
    相建海
凡纳滨对虾大量EST的生物信息学分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    海洋学报(中文版)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李富花;张晓军;张俊彬;相建海
  • 通讯作者：
    相建海

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其他文献

一种基于东北草场鼠洞的数字化检测方法
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    --
  • 发表时间：
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    --
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    谢朋
二维单层原子晶格振动的研究
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    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
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    --
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    王安祥
社会矛盾化解与更高阶社会秩序：软法制、和谐机理与策略分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    系统工程理论与实践
  • 影响因子：
    --
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    席酉民;张晓军
  • 通讯作者：
    张晓军
99mTc直接标记免疫球蛋白IgG的应用研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    中华核医学杂志
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    朱华;张锦明;林新峰;张晓军;洪业;杨志
  • 通讯作者：
    杨志
缠绕复合材料壳体爆破压强预测研究
  • DOI：
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  • 发表时间：
    2017
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    航空动力学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    常新龙;刘万雷;张晓军;张有宏
  • 通讯作者：
    张有宏

其他文献

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张晓军的其他基金

胰岛素样多肽和甲壳动物高血糖激素对凡纳滨对虾糖代谢的协同调控作用
  • 批准号：
  • 批准年份：
    2022
  • 资助金额：
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  • 项目类别：
    面上项目
对虾类胰岛素多肽及其对生长和蜕皮的调控研究
  • 批准号：
    31972782
  • 批准年份：
    2019
  • 资助金额：
    58 万元
  • 项目类别：
    面上项目
20E早期应答基因及其在对虾生长中的调控机理研究
  • 批准号：
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  • 批准年份：
    2016
  • 资助金额：
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  • 项目类别：
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  • 批准号：
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  • 批准年份：
    2009
  • 资助金额：
    31.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
转基因三倍体中国对虾研究
  • 批准号：
    30200213
  • 批准年份：
    2002
  • 资助金额：
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  • 项目类别：
    青年科学基金项目

相似国自然基金

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相似海外基金

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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