基于比较基因组学的方法搜索细菌外源基因池

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    30700013
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    16.0万
  • 负责人：
    欧竑宇
  • 依托单位：
    上海交通大学
  • 学科分类：
    C0104.微生物遗传与生物合成
  • 结题年份：
    2010
  • 批准年份：
    2007
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2008-01-01 至2010-12-31

项目摘要

比较基因组分析揭示了细菌基因组的多样性，同个种内不同菌株的染色体除了拥有保守骨架外，还有一些菌株特异的、通过水平转移获得的基因组岛。岛上所携带的外源基因有助于维持细菌在特定生态环境中获得优势。本项目结合生物信息学和分子实验技术搜索细菌新基因组岛，快速挖掘外源基因池。通过序列比较分析识别已测序菌株基因组岛插入的位点；基于这些位点两侧保守骨架，采用PCR方法搜索和确定临床菌株中新基因组岛；利用酵母捕捉载体克隆和测序新岛，分析岛上重要基因的功能。以医源性感染最重要的条件致病菌之一肺炎克雷伯菌为研究对象，为高通量搜索和确定肠杆菌科中克雷伯菌属-肠杆菌属-沙雷菌属的外源基因池奠定基础。外源基因池的建立将有助于更为深入地理解细菌基因组多样性和基因水平转移机制，为阐明致病分子机理和抗生素抗性传播机制积累数据。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（10）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
ATPase genes of diverse multidrug-resistant Acinetobacter baumannii isolates frequently harbour integrated DNA
多种多重耐药鲍曼不动杆菌分离株的 ATP 酶基因经常含有整合的 DNA
  • DOI：
    10.1093/jac/dkn481
  • 发表时间：
    2009-02-01
  • 期刊：
    JOURNAL OF ANTIMICROBIAL CHEMOTHERAPY
  • 影响因子：
    5.2
  • 作者：
    Shaikh, Farha;Spence, Richard P.;Rajakumar, Kumar
  • 通讯作者：
    Rajakumar, Kumar
Pathogenicity Islands PAPI-1 and PAPI-2 Contribute Individually and Synergistically to the Virulence of Pseudomonas aeruginosa Strain PA14
致病岛 PAPI-1 和 PAPI-2 单独和协同作用对铜绿假单胞菌菌株 PA14 的毒力有贡献
  • DOI：
    10.1128/iai.00621-09
  • 发表时间：
    2010-04-01
  • 期刊：
    INFECTION AND IMMUNITY
  • 影响因子：
    3.1
  • 作者：
    Harrison, Ewan M.;Carter, Melissa E. K.;Rajakumar, Kumar
  • 通讯作者：
    Rajakumar, Kumar
The pheV Phenylalanine tRNA Gene in Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates Is an Integration Hotspot for Possible Niche-Adaptation Genomic Islands
肺炎克雷伯菌临床分离株中的 pheV 苯丙氨酸 tRNA 基因是可能的生态位适应基因组岛的整合热点
  • DOI：
    10.1007/s00284-009-9526-4
  • 发表时间：
    2010-03-01
  • 期刊：
    CURRENT MICROBIOLOGY
  • 影响因子：
    2.6
  • 作者：
    Chen, Nan;Ou, Hong-Yu;Lu, Yuan
  • 通讯作者：
    Lu, Yuan
Identification of Streptococcus gallolyticus subsp. macedonicus as the etiological agent in a case of culture-negative multivalve infective endocarditis by 16S rDNA PCR analysis of resected valvular tissue
溶没食子链球菌亚种的鉴定。
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    J Heart Valve Dis
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    M. Khare;N. Perera;P. S. Bhasker;Z. Deng;K. Rajakumar;I. Stephenson;J. Malkin;P. T. Kimmitt;A. W. Sosnowski;H. Y. Ou
  • 通讯作者：
    H. Y. Ou
利用酵母同源重组系统克隆肺炎克雷伯菌基因组岛
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    上海交通大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陈楠;欧竑宇;贾士儒;邓子新;张杰;蒋晓飞;贺新义;秦广雍;易梅
  • 通讯作者：
    易梅

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其他文献

链霉菌基因组中放线菌型整合性接合元件的识别
  • DOI：
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  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
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  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    谭之磊;邓子新;欧竑宇;贾士儒
  • 通讯作者：
    贾士儒
细菌基因组序列中ε-聚赖氨酸合成酶的生物信息学识别与分析
  • DOI：
    10.13344/j.microbiol.china.150170
  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
    微生物学通报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王静;谭之磊;毕德玺;贾士儒;欧竑宇
  • 通讯作者：
    欧竑宇
利用不同Gnbsp;C含量细菌基因组评估细菌ncRNA基因预测工具
  • DOI：
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  • 发表时间：
    2014
  • 期刊：
    微生物学通报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    刘林梦;温权;欧竑宇
  • 通讯作者：
    欧竑宇
链霉菌基因组岛和次生代谢物合成相关的生物信息学工具及数据库
  • DOI：
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  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    微生物学通报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    欧竑宇
  • 通讯作者：
    欧竑宇

其他文献

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欧竑宇的其他基金

tRNA基因启动子起动整合性接合元件ICEKp1整合酶转录的机制研究
  • 批准号：
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卡特利链霉菌基因组挖掘: 巨型线性质粒与ε-聚赖氨酸合成
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相似国自然基金

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相似海外基金

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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