发展并行、含时的混合量子-经典动力学方法研究双分子亲核取代反应

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基本信息

  • 批准号:
    11774206
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    66.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    A2101.原子分子结构、碰撞与谱学
  • 结题年份:
    2021
  • 批准年份:
    2017
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2018-01-01 至2021-12-31

项目摘要

For triatomic reactions, the various types of reagent energy forms in surmounting an energy barrier is well understood, which obeys the famous Polanyi rules. However, for more than three-atom poly-atomic reactions, till now, there have no general rules found from theoretical and experimental studies. Here, we propose to develop state-of-the-art, parallel, time-dependent mixed quantum-classical reaction dynamics method to study the energy efficiency of nucleophilic substitution reactions. We want to employ the developed method to study the energy efficiency of the various types of reagent energy forms in surmounting the negative barrier of these reactions; especially, we want to investigate, besides the reaction barrier, whether the deep wells on the potential energy surface play an important role on the energy efficiency rules; for the reaction mechanism with double energy barriers, what is the energy efficiency rules of these reactions. The results will extend our knowledge on the energy efficiency rules of the poly-atomic reactions, and thus provide direct data and the theoretical basis to develop energy efficiency rules for poly-atomic reactions.
对三原子反应体系来说,反应物的不同能量形式在翻越能垒时的有效性被很好地了解,其遵循著名的Polanyi rules。但是,对于多于三原子的多原子反应体系,理论和实验研究到现在为止还没有发现一个对反应物能量有效性的统一规则。在此,我们计划发展前沿的、并行、含时的混合量子-经典反应动力学的方法来研究双分子亲核取代反应的能量有效性规则。运用发展的含时,混合量子-经典反应动力学的并行计算方法来研究这些反应的不同能量形式在翻越能垒时的能量有效性规则;特别来探索,除了反应势垒外,这些反应势能面上的深的势阱是否对反应的能量有效性也起决定性的作用;以及对这些反应势能面上有双势垒的反应机制,它们的能量有效性规则又是如何的。所得到的动力学信息将扩展目前为止对多原子分子反应体系的能量有效性的认知,为发展多于三原子的多原子反应体系的能量有效性规则提供直接的数据和理论基础。

结项摘要

量子反应动力学在处理多原子反应体系计算上已经取得了一些显着的进展,但是目前在全维度上精确地计算六原子反应仍然极其困难。所以现在对六原子以上的反应体系研究基本上都是约化自由度的计算, 但是对于双分子亲核取代(SN2)反应体系来说,即使进行约化维度的纯量子反应动力学的计算,计算也相当困难。原因是由于体系的特性决定了计算量的巨大。.因此,我们发展的并行、含时的混合量子-经典的动力学方法在处理这些体系。对反应物的平移运动用经典力学来描述,而其余维度全部用量子力学来描述。这样我们可以运用一条平移运动的轨迹,来得到一个平动能下的反应几率。从而大大简化这些计算的巨大计算量,使得研究这些反应的能量有效性变得可行,而又不失去量子力学对反应物的振动及转动的准确描述。并且,我们运用Global Array和 Message Passing Interface并行语言对我们发展的程序并行化。这样发展的程序,使得我们能够有效,准确计算 具有多原子分子体系的SN2反应的动力学。不但计算上述不同反应机制基态的积分反应截面,而且计算振动-转动激发态的积分反应截面,来研究的能量有效性。.我们运用发展的程序研究了双分子亲核取代反应Fˉ+NH2Cl和Fˉ+NH2I的反应机制。对于这两个反应,我们都发现了一个新机制:质子转移环绕伴随背后进攻机制。这新的机制与势能面上的质子夺取势阱和氢键络合物势阱有关。而且对Fˉ+NH2I反应,我们发现势能面上具有多个过渡态和势阱的机制。而且多个过渡态和势能的机制比单个过渡态的机制对反应更有效。另外,利用发展的程序我们处理了其他双分子亲核取代反应,CH3F+CNˉ和Xˉ+CH3Y等,都得到了很好的结果。.我们在这个基金资助的项目中发展的混合量子-经典动力学的方法及并行计算程序对了解多原子分子的SN2的反应机制成为可能,并且使我们进行更多维度的混合量子-反应动力学的研究,为以后研究多原子的大体系反应奠定了基础。

项目成果

期刊论文数量(16)
专著数量(0)
科研奖励数量(1)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Catalytic Effect of Aqueous Solution in Water-Assisted Proton-Transfer Mechanism of 8-Hydroxy Guanine Radical
水溶液对8-羟基鸟嘌呤自由基水辅助质子转移机制的催化作用
  • DOI:
    10.1021/acs.jpcb.7b09965
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Journal of Physical Chemistry B
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Peng Liu;Chen Li;Shengyu Wang;Dunyou Wang
  • 通讯作者:
    Dunyou Wang
Methanol synthesis from CO2/H2 on Cu (1 0 0): Two-tier ab initio molecular dynamics study
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  • DOI:
    10.1016/j.apsusc.2019.144528
  • 发表时间:
    2020-03
  • 期刊:
    Applied Surface Science
  • 影响因子:
    6.7
  • 作者:
    Wanqi Liu;Dunyou Wang;Junfeng Ren
  • 通讯作者:
    Junfeng Ren
Ab initio molecular dynamics study of adsorption of hydroxyl groups on graphene surface
石墨烯表面羟基吸附的从头算分子动力学研究
  • DOI:
    10.1063/1674-0068/cjcp2110188
  • 发表时间:
    2021-12-01
  • 期刊:
    CHINESE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS
  • 影响因子:
    1
  • 作者:
    Liu, Hong-de;Liu, Nai-gui;Ren, Jun-feng
  • 通讯作者:
    Ren, Jun-feng
Time-dependent quantum dynamics study of the F + C2H6 → HF + C2H5 reaction
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  • DOI:
    10.1039/d1cp04212b
  • 发表时间:
    2021-11-15
  • 期刊:
    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Gao, Delu;Wang, Dunyou
  • 通讯作者:
    Wang, Dunyou
Quantum dynamics study of isotope effects of the OD/OH + CH3 reactions
OD/OH CH3 反应同位素效应的量子动力学研究
  • DOI:
    10.1080/00268976.2019.1710610
  • 发表时间:
    2020-01
  • 期刊:
    Molecular Physics
  • 影响因子:
    1.7
  • 作者:
    Yiyan Ni;Xin Xin;Dunyou Wang
  • 通讯作者:
    Dunyou Wang

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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