ENCODE Mapping Center-A Comprehensive Catalog of DNase I Hypersensitive Sites

ENCODE 作图中心 - DNase I 超敏感位点综合目录

• 批准号: 10241208
• 负责人: JOHN A STAMATOYANNOPOULOS
• 金额: $ 308.69万
• 依托单位: ALTIUS INSTITUTE FOR BIOMEDICAL SCIENCES
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2021-02-01 至 2023-01-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/10241208
• 关键词: Address; Adult; Anatomy; Bayesian Modeling; Biological; Biological Assay; Catalogs; Cell Compartmentation; Cell Count; Cells; Collection; Communities; Consent; Coupled; DNA; DNase-I Footprinting; Data; Data Set; Decision Making; Deoxyribonuclease I; Deoxyribonucleases; Development; Disease; Dissection; Elements; Encyclopedias; Fetal Tissues; Freezing; Genetic; Genome; Genomics; Health; Hematologic Neoplasms; Hematology; Hematopoietic; Human; Human Genome; Hypersensitivity; Immunologics; Individual; Informed Consent; Infrastructure; Institutional Review Boards; Intake; International; Location; Malignant Neoplasms; Maps; Medical; Medicine; Mission; Modeling; Mus; Physiological; Physiology; Population; Production; Productivity; Research Personnel; Resolution; Resources; Role; Sampling; Site; Solid Neoplasm; Source; Surveys; Techniques; Tissue Sample; Tissues; base; cell type; cost; data access; disease classification; experience; fetus cell; human tissue; indexing; innovation; laser capture microdissection; mouse genome; novel; open data; programs

ABSTRACT    The  overall  mission  of  this  Mapping  Center  is  to  create  and  disseminate  open  access,  comprehensive,  high-­quality,  high-­resolution  reference  maps  of  DNase  I  hypersensitive  sites  (DHSs)  in  the  human  and  mouse  genomes,  at  previously  unattainable  levels  of  cellular  and  anatomical  definition.  Regulatory  DNA  is  actuated  in  an  exceptionally  state-­specific  manner;;  accordingly,  achieving  a  comprehensive  map  of  DHSs  necessitates  the  interrogation  of  an  expansive  and  finely  partitioned  range  of  cell  and  tissue  samples.  Progressive  technical  improvements  and  recent  innovations  have  resulted  in  dramatic  (>100x)  decreases  in  requisite  input  biological  sample  quantities  coupled  with  equally  dramatic  (>100x)  increases  in  assay  throughput, and corresponding decreases in the incremental cost of generating reference-­quality  DHS maps.  These advances have in turn opened the possibility of systematically addressing all  well-­defined  physiologically  and  disease-­relevant  anatomic  and  cellular  compartments.  Four  major Specific Aims are targeted: (1) To create open access, comprehensive high-­quality, high-­ resolution reference maps of human DNase I hypersensitive sites;; (2) To create and disseminate  comprehensive  high-­quality,  high-­resolution  reference  maps  of  mouse  DNase  I  hypersensitive  sites;;  (3)  To  maintain  and  disseminate  reference  indices  of  DNase  I  hypersensitive  sites  and  footprints in the human and mouse genomes;; and (4) To enable large-­scale intake of Consortium  and Community samples for high-­quality, high-­throughput DHS mapping.

抽象的   该测绘中心的总体使命是创建和传播开放获取、 全面、高质量、高分辨率的 DNase I 超敏感位点参考图 （DHS）在人类和小鼠基因组中，在细胞和小鼠基因组中达到以前无法达到的水平 监管 DNA 以特定于州的方式启动； 因此，要获得 DHS 的全面地图就必须询问 广泛且精细划分的细胞和组织样本范围。 改进和最近的创新已导致所需的显着（> 100 倍）减少 输入生物样品量以及同样显着 (>100x) 的检测增加 吞吐量，以及生成参考质量的增量成本的相应降低 国土安全部地图。这些进步反过来又开启了系统解决所有问题的可能性。 明确的生理和疾病相关的解剖和细胞区室 四个。 主要具体目标是：（一）打造开放准入、综合优质、高水平 人类 DNase I 超敏感位点的分辨率参考图；(2) 创建和传播 小鼠 DNase I 超敏感的全面高质量、高分辨率参考图 (3) 维护和传播 DNase I 超敏感位点的参考指数和 人类和小鼠基因组中的足迹；；以及 (4) 实现联盟的大规模吸收 用于高质量、高通量 DHS 绘图的社区样本。

项目成果

Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing.

通过染色质纤维测序捕获的单分子调控结构。

• 发表时间: 2020-06-26
• 作者: Stergachis, Andrew B;Debo, Brian M;Haugen, Eric;Churchman, L Stirling;Stamatoyannopoulos, John A
• 通讯作者: Stamatoyannopoulos, John A