Multivariate analysis of microbial absolute abundance in population-based studies.

基于人群的研究中微生物绝对丰度的多变量分析。

基本信息

  • 批准号:
    9508100
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 17.19万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2018
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2018-09-15 至 2020-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

PROJECT SUMMARY The oral microbiome has been shown to be related to human health. Large-scale epidemiological studies, including our ongoing Oral Infections, Glucose Intolerance and Insulin Resistance Study (ORIGINS), have identified oral microbiota that are significantly associated with oral diseases. However, the associations with extra-oral disease risks such as systemic inflammation and diabetes risk are usually much weaker. What signals exist are typically attenuated by multiple testing corrections or holistic data reduction procedures. Consequently, many potentially important associations remain undiscovered due to a lack of statistical power. In fact, the lack-of-power issue is common in microbiome association studies. There is a lack of systematic statistical approaches for identifying microbial imbalance that involves bacteria with weak but potentially additive effects on diseases. In this proposal, we will develop novel statistical methods and accompanying software to address the challenge. We will build upon our previous work and develop new supervised data reduction approaches to improve the power of association analysis. The methods will first leverage clinical information to select clinically relevant taxa, and then aggregate selected taxa to form a small number of microbiome abundance scores. The scores will be used for further association analysis to reduce the burden of multiple testing corrections and to enhance weak signals from individual bacterial taxa. Moreover, the methods will be directly applicable to absolute abundances of next-generation sequencing read counts, to avoid the bias and power loss associated with relative abundances. We will properly model the count-valued, zero-inflated absolute abundances to harness the rich information in sequencing data. The newly developed methods will be applied to the ORIGINS data. We expect to identify oral microbiota that are significantly associated with inflammatory and metabolic biomarkers. The potential discovery promises to improve our understanding of disease mechanisms, facilitate early diagnosis of inflammatory and metabolic disorders, and inspire new therapeutic approaches. The applications to other microbiome studies will improve our understanding of the role of human microbiome in the development of disease and/or maintenance of health.
项目概要 口腔微生物组已被证明与人类健康相关。大规模流行病学研究, 包括我们正在进行的口腔感染、葡萄糖不耐受和胰岛素抵抗研究 (ORIGINS), 确定了与口腔疾病显着相关的口腔微生物群。然而,与 全身炎症和糖尿病等口腔外疾病风险通常要弱得多。什么 存在的信号通常会因多次测试校正或整体数据缩减程序而减弱。 因此,由于缺乏统计能力,许多潜在的重要关联仍未被发现。 事实上,动力不足的问题在微生物组关联研究中很常见。缺乏系统性 用于识别微生物失衡的统计方法,该失衡涉及弱但潜在的细菌 对疾病的附加作用。在本提案中,我们将开发新颖的统计方法和伴随的 软件来应对这一挑战。我们将在之前的工作基础上开发新的监督数据 减少方法来提高关联分析的能力。这些方法将首先利用临床 信息来选择临床相关的分类单元,然后聚合选定的分类单元以形成少量 微生物组丰度分数。分数将用于进一步的关联分析,以减轻负担 多重测试校正并增强单个细菌分类单元的微弱信号。此外,方法 将直接适用于下一代测序读数计数的绝对丰度,以避免偏差 以及与相对丰度相关的功率损失。我们将正确建模计数值、零膨胀 绝对丰度来利用测序数据中的丰富信息。新开发的方法将是 应用于 ORIGINS 数据。我们期望识别与以下因素显着相关的口腔微生物群: 炎症和代谢生物标志物。这一潜在的发现有望提高我们对 疾病机制,促进炎症和代谢紊乱的早期诊断,并激发新的 治疗方法。在其他微生物组研究中的应用将提高我们对微生物组的理解 人类微生物组在疾病发展和/或维持健康中的作用。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Ryan T. Demmer其他文献

Epidemiologic Features of Recovery From SARS-CoV-2 Infection
SARS-CoV-2 感染恢复的流行病学特征
  • DOI:
  • 发表时间:
    2024
  • 期刊:
  • 影响因子:
    13.8
  • 作者:
    E. Oelsner;Yifei Sun;P. Balte;Norrina B Allen;Howard F. Andrews;April Carson;Shelley A Cole;Josef Coresh;David J. Couper;Mary Cushman;Martha L Daviglus;Ryan T. Demmer;Mitchell S V Elkind;Linda C. Gallo;Jose D Gutierrez;Virginia J. Howard;C. Isasi;Suzanne E. Judd;A. Kanaya;N. Kandula;Robert C. Kaplan;G. L. Kinney;Anna M Kucharska;Daniel T. Lackland;Joyce S Lee;Barry J. Make;Yuan;Joanne M Murabito;Arnita F. Norwood;Victor E Ortega;K. Pettee Gabriel;B. Psaty;Elizabeth A. Regan;D. Sotres;David Schwartz;J. Shikany;B. Thyagarajan;Russell P. Tracy;Jason G Umans;Ramachandran S. Vasan;Sally E. Wenzel;P. Woodruff;V. Xanthakis;Ying Zhang;Wendy S. Post
  • 通讯作者:
    Wendy S. Post
SARS-CoV-2 Infection Among Symptom-Free Healthcare Workers
无症状医护人员感染 SARS-CoV-2
  • DOI:
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ryan T. Demmer;Angela Ulrich;T. Wiggen;A. Strickland;B. Naumchik;Shalini Kulasingam;S. Stovitz;C. Marotz;P. Belda;Greg Humphrey;P. De Hoff;L. Laurent;Susan Kline;R. Knight
  • 通讯作者:
    R. Knight

Ryan T. Demmer的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Ryan T. Demmer', 18)}}的其他基金

Novel Statistical Methods for Oral Microbiome Data Analysis
口腔微生物组数据分析的新统计方法
  • 批准号:
    10525318
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Novel Statistical Methods for Oral Microbiome Data Analysis
口腔微生物组数据分析的新统计方法
  • 批准号:
    10657765
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Multivariate analysis of microbial absolute abundance in population-based studies
基于人群的研究中微生物绝对丰度的多变量分析
  • 批准号:
    10226477
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
The Influence of Physical Activity on the Gut Microbiome of Pre-Diabetic Adults
体力活动对糖尿病前期成人肠道微生物群的影响
  • 批准号:
    10038089
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Subgingival microbial community structure and insulin resistance
龈下微生物群落结构与胰岛素抵抗
  • 批准号:
    8385439
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Subgingival microbial community structure and insulin resistance
龈下微生物群落结构与胰岛素抵抗
  • 批准号:
    8513304
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Periodontal Infections and Type 2 Diabetes Mellitus Risk
牙周感染和 2 型糖尿病风险
  • 批准号:
    8294388
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Periodontal Infections and Type 2 Diabetes Mellitus Risk
牙周感染和 2 型糖尿病风险
  • 批准号:
    8902549
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Periodontal Infections and Type 2 Diabetes Mellitus Risk
牙周感染和 2 型糖尿病风险
  • 批准号:
    8120346
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Periodontal Infections and Type 2 Diabetes Mellitus Risk
牙周感染和 2 型糖尿病风险
  • 批准号:
    8075185
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:

相似国自然基金

儿童脊柱区腧穴针刺安全性的发育解剖学及三维数字化研究
  • 批准号:
    82360892
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    32 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
寰枢椎脱位后路钉棒内固定系统复位能力优化的相关解剖学及生物力学研究
  • 批准号:
    82272582
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    52 万元
  • 项目类别:
    面上项目
亚热带典型阔叶树种径向生长的解剖学特征及其碳分配调控机制
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
基于次生乳管网络结构发育比较解剖学和转录组学的橡胶树产胶机制研究
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    54 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于垂体腺瘤海绵窦侵袭模式的相关膜性解剖学及影像学研究
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似海外基金

Potential of tissue kallikreins as therapeutic targets for neuropsychiatric lupus
组织激肽释放酶作为神经精神狼疮治疗靶点的潜力
  • 批准号:
    10667764
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Copper Sensing in Uropathogenic Escherichia coli
尿路致病性大肠杆菌中的铜感应
  • 批准号:
    10604449
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Fecal Microbiota Transfer Attenuates Aged Gut Dysbiosis and Functional Deficits after Traumatic Brain Injury
粪便微生物群转移可减轻老年肠道菌群失调和脑外伤后的功能缺陷
  • 批准号:
    10818835
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Fecal Microbiota Transfer Attenuates Aged Gut Dysbiosis and Functional Deficits after Traumatic Brain Injury
粪便微生物群转移可减轻老年肠道菌群失调和脑外伤后的功能缺陷
  • 批准号:
    10573109
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
Altered microglia states and microglia-endothelial cell axis in relation to white matter disease progression in VCID
VCID 中小胶质细胞状态和小胶质细胞内皮细胞轴的改变与白质疾病进展相关
  • 批准号:
    10738860
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 17.19万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了