Deep Sequencing Instrumentation Upgrade - Illumina HiSeq2500

深度测序仪器升级 - Illumina HiSeq2500

基本信息

  • 批准号:
    8640603
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 60万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2014
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2014-06-15 至 2015-06-14
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): The purpose of this application is to leverage our Illumina Genome Analyzer IIx (GAIIx) next generation sequencer asset to upgrade and better serve the deep sequencing needs of investigators within the Lerner Research Institute and the research enterprise of the Cleveland Clinic Health System by requesting funds to purchase the higher throughput, flexible, state-of-the-art, Illumina HiSeq2500 instrument system. The HiSeq2500 instrument is the latest in the Illumina suite of massively parallel sequencing instruments developed as a direct consequence of the NIH initiative for the $1,000 genome project. It has a higher sequence read output, a rapid-run mode for greater flexibility enabling a wider range of genome-scale applications while being more cost effective to run than the GAIIx. The HiSeq2500 represents the most versatile, in terms of applications capabilities, of the Illumina instruments and technologies to come to the market. The underlying technology can be summarized as massively parallel sequencing using bead-based flowcells with single base synthesis TruSeq v3 chemistry (maximum output 600 Gb of sequence in a typical 10 day high throughput run). As detailed in the application, the instrument and technology will support our projects that primarily include biomarker discovery, transcriptome, methylome, metagenome and clinical/translational studies that represent the unique strengths of our institution. The projects will take advantage of the HiSeq2500 advances of scale, versatility and higher sample multiplexing capability. Higher numbers of output reads per flowcell than the GAIIx leads to higher library multiplexing capability for RNA-seq resulting in less expense per sample, better dynamic range than microarray profiling, the ability to reliably detect low- abundance transcripts and to discover novel transcripts for whole transcriptome, small or non-coding RNA discovery and gene expression profiling. The HiSeq2500 takes less time to complete genome- wide profiles of DNA-protein regulatory interactions, epigenetic regulation, whole genome sequencing, exome sequencing, re-sequencing of large genomic regions in translational research with patient DNA to uncover human disease causing mutations and translational metagenomic studies of human gut flora. The HiSeq2500 is essential to lift the current NIH-funded projects to the next level and to seed new endeavors in northeast Ohio. Cleveland Clinic has already committed substantial resources to the development of translational genomics and genomic medicine by founding the LRI-Genomics Core within the Genomic Medicine Institute and by supporting its operation within the larger Research Core Services infrastructure to ensure its operation and maintenance for the long-term.
描述(由申请人提供):本申请的目的是利用我们的 Illumina Genome Analyzer IIx (GAIIx) 下一代测序仪资产来升级并更好地满足勒纳研究所和克利夫兰研究企业研究人员的深度测序需求Clinic Health System 通过申请资金购买更高通量、灵活、最先进的 Illumina HiSeq2500 仪器系统。 HiSeq2500 仪器是 Illumina 大规模并行测序仪器套件中的最新产品,是 NIH 发起的 1,000 美元基因组项目的直接成果。它具有更高的序列读取输出、具有更大灵活性的快速运行模式,可实现更广泛的基因组规模应用,同时比 GAIIx 的运行更具成本效益。就应用功能而言,HiSeq2500 代表了市场上最通用的 Illumina 仪器和技术。底层技术可以概括为使用基于微珠的流通池和单碱基合成 TruSeq v3 化学技术的大规模并行测序(在典型的 10 天高通量运行中最大输出 600 Gb 序列)。正如申请中详细说明的,该仪器和技术将支持我们的项目,主要包括生物标志物发现、转录组、甲基化组、宏基因组和代表我们机构独特优势的临床/转化研究。这些项目将利用 HiSeq2500 的规模、多功能性和更高的样本复用能力方面的优势。与 GAIIx 相比,每个流通池的输出读数数量更高,从而实现了更高的 RNA-seq 文库复用能力,从而降低了每个样品的费用,比微阵列分析更好的动态范围,能够可靠地检测低丰度转录本并发现整个转录本的新转录本。转录组、小RNA或非编码RNA发现以及基因表达谱分析。 HiSeq2500 可以用更少的时间完成 DNA-蛋白质调控相互作用、表观遗传调控、全基因组测序、外显子组测序、利用患者 DNA 进行转化研究中大型基因组区域的重新测序的全基因组谱分析,以发现人类疾病引起的突变和转化宏基因组。人类肠道菌群的研究。 HiSeq2500 对于将当前 NIH 资助的项目提升到一个新的水平以及在俄亥俄州东北部开展新的工作至关重要。克利夫兰诊所已经投入了大量资源来发展转化基因组学和基因组医学,在基因组医学研究所内建立了 LRI 基因组学核心,并支持其在更大的研究核心服务基础设施内的运营,以确保其长期运营和维护。学期。

项目成果

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