Dynamics of RNA-Peptide Complex Formation

RNA-肽复合物形成的动力学

• 批准号: 6767026
• 负责人: LAWRENCE William JOHNSON
• 金额: $ 21.44万
• 依托单位: YORK COLLEGE
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2004-06-01 至 2008-05-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/6767026
• 关键词: chemical structure function; conformation; fluorescence resonance energy transfer; fluorescence spectrometry; genetic regulation; genetic regulatory element; human immunodeficiency virus; intermolecular interaction; messenger RNA; molecular assembly /self assembly; molecular dynamics; thermodynamics; transcription factor; virus RNA; virus protein

There is a substantial amount of NMR and x-ray data on the structure of RNA-peptide complexes. However, there is little information about the thermodynamics and dynamics of their formation. We propose to study the dynamics and thermodynamics associated with the formation of RNA construct peptide complexes using dual color fluorescence correlation spectroscopy (DCFCS) and single pair fluorescence resonance energy transfer (spFRET). This research will focus on bovine immunodeficiency virus trans-activating region (BIV TAR), BIV trans-activator peptide (BIV Tat), human immunodeficiency virus type 1 rev response element RNA construct (HIV-1 RRE), HIV-1 regulator of viral expression peptide (HIV-1 Rev) and their respective complexes. Our specific aims are: (1) Analyze the formation of BIV Tat peptide-BIV TAR RNA complexes. (a) Thermodynamics (deltaH, deltaG, deltaS) of complex formation. (b) Thermodynamics (deltaH, deltaG, deltaS) of modified complex formation. (c) Dynamics of BIV Tat peptide beta hairpin formation. (d) Dynamics of BIV TAR RNA groove formation. (2) Analyze the formation of HIV-1 Rev peptide - RNA complexes. (a) Thermodynamics (deltaH, deltaG, deltaS) of HIV-1 Rev peptide-RNA complex formation. (b) Dynamics of HIV-1 Rev peptide - RNA complexes. (c) Dynamics of HIV-1 RRE conformational changes with and without Rev peptide. The results of this study will contribute to understanding the dynamical process of RNA-peptide binding.

关于RNA肽复合物的结构，有大量的NMR和X射线数据。 但是，关于其形成的热力学和动力学的信息很少。我们建议使用双色荧光相关光谱（DCFC）和单对荧光共振能传递（SPFRET）研究与RNA构建肽复合物形成相关的动力学和热力学。这项研究将侧重于牛免疫缺陷病毒反式激活区域（BIV TAR），BIV反式激活肽（BIV TAT），人类免疫缺陷病毒1型REV反应元素RNA构建体（HIV-1 RRE），HIV-1 HIV-1 HIV-1病毒表达肽（HIV-1 Rev）的调节剂及其良好的复合物。我们的具体目的是： （1）分析BIV TAT肽-biv Tar RNA复合物的形成。 （A）复合形成的热力学（Deltah，Deltag，Deltas）。 （b）修饰复合物形成的热力学（Deltah，Deltag，Deltas）。 （C）BIV TAT肽β发夹形成的动力学。 （d）BIV TAR RNA凹槽形成的动力学。 （2）分析HIV -1 REV肽 - RNA复合物的形成。 （A）HIV-1 Rev肽-RNA复合物的热力学（Deltah，Deltag，Deltas）。 （b）HIV -1 REV肽 - RNA复合物的动力学。 （c）有或没有Rev肽的HIV-1 RRE构象变化的动力学。 这项研究的结果将有助于理解RNA肽结合的动力学过程。