FREE ENERGIES CALCULATIONS OF TIBO LIKE HIV REVERSE TRANSCRIPTASE INHIBITORS

TIBO 等 HIV 逆转录酶抑制剂的自由能计算

• 批准号: 6347892
• 负责人: JUNMEI WANG
• 金额: $ 0.04万
• 依托单位: UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2000-07-01 至 2001-06-30
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/6347892
• 关键词: biological products; biomedical resource

Inhibitors to HIV-I reverse transcriptase (RT) are one of the cornerstones in the treatment of AIDS patients, preventing the progression of HIV infection. The crystal structure of HIV-RT in complex with the TIBO has been solved which offers a good start to design new TIBO-like inhibitors for this protein. We are using the techniques of molecular dynamics and free energy perturbation to predict the activities of TIBO-like compounds. In particular, we are focusing on the following issues in our investigations: 1) developing and optimizing AMBER force field parameters to study this system; 2) revising and improving the CMC/MD program to predict the relative free energies of a set of ligands quickly and reliably; 3) design new TIBO-like ligands and predict their activities before synthesis.

HIV-I逆转录酶（RT）的抑制剂是其中之一 在治疗艾滋病患者中的基石，以防止 HIV感染的进展。 HIV-RT的晶体结构 与TIBO的复杂有关，已解决了一个良好的开始 为该蛋白质设计新的TIBO样抑制剂。 我们正在使用 分子动力学和自由能扰动的技术 预测类似TIBO的化合物的活性。 特别是，我们是 关注我们调查中的以下问题：1） 并优化琥珀色场参数来研究该系统； 2） 修改和改进CMC/MD计划以预测相对免费 一组配体的能量迅速可靠； 3）设计新 tibo样配体并在合成之前预测其活性。