STRUCT & FUNCT OF MUTANT VERSIONS OF ALKALINE PHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA COLI

结构体

• 批准号: 6221083
• 负责人: EVAN R KANTROWITZ
• 金额: $ 0.13万
• 依托单位: MELLON PITTS CORPORATION (MPC CORP)
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 1999-08-01 至 2000-07-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/6221083
• 关键词: biological products; biomedical resource; computers

The simulations we proposed will help elucidate the mechanism, energetics and kinetics of the action of ion-complexing molecules, or ionophors, at a phospholipid bilayer. Our efforts will be complimented by synthesis of these model ionophores in Leo Paquette's research group at Ohio State and measurement of transport characteristics in collaboration with Frank G. Ridell at University of St. Andrews. We propose to calculate a free energy surface at various levels of approximation, the most approximation being also the most feasible. Free energetics of ion association with an ionosphore in aqueous solvent with no modeling of a phospholipid bilayer. This should give us information about solvent displacement as the ion approaches the ionophore, but does not describe the inhomogeneous membrane environment. Crudely model the membrane/solvent interface as that between two immiscible fluids. This still lacks many important features, but at last the inhomogeneity of the membrane in terface is there. Happily, there are experimental measurements of ionophore-mediated transport between two aqueous regions across an immiscible non-polar layer to which this situation corresponds. Realistic all-atom simulations of an ionophore within a bilayer. We expect to complete the first and part of the second level of description with the resources requested in this proposal. We will study the feasibility of all-atom calculations.

我们提出的模拟将有助于阐明该机制， 离子络合分子作用的能量学和动力学，或 离子载体，位于磷脂双层。 我们的努力将是 Leo Paquette 中这些模型离子载体的合成得到了补充 俄亥俄州立大学研究小组和交通测量 与弗兰克·G·里德尔 (Frank G. Ridell) 大学合作的特点 圣安德鲁斯。 我们建议计算不同条件下的自由能面 近似的级别，最接近的也是最接近的 可行的。 离子与离子载体缔合的自由能学 水性溶剂，没有磷脂双层的模型。 这 应该为我们提供有关离子溶剂置换的信息 接近离子载体，但没有描述不均匀 膜环境。 将膜/溶剂界面粗略建模为 两种不混溶的流体之间。 这还缺少很多重要的 特征，但最终膜界面的不均匀性是 那里。 令人高兴的是，有实验测量 离子载体介导的跨越两个水区域之间的运输 这种情况对应的是不混溶的非极性层。 双层内离子载体的真实全原子模拟。 我们 期望完成第一级和第二级的一部分 描述以及本提案中要求的资源。 我们将 研究全原子计算的可行性。