UCL Biosciences Big Data

伦敦大学学院生物科学大数据

基本信息

批准号：
BB/R01356X/1
负责人：
Richard Mott
金额：
$ 71.78万
依托单位：
University College London
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2018
资助国家：
英国
起止时间：
2018 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FR01356X%2F1
关键词：
UCL Biosciences Big Data

项目摘要

Much research in the biosciences is transitioning away from experimental work towards computational analysis. This involves a massive increase in the volume of data to be analysed and in the computational power to analyse it, and in the speed and capacity of computer networks to move data from the collection instruments to the compute clusters used to analyse it and then onto data archives. University College London is one of the leading research-focused univsesities in the world. The UCL division of Biosciences undertakes an increasing amoutn of research involving Big Data. This includes large-scale biological and cellular imaging and DNA sequencing, much of it funded by the BBSRC and other UK research organisations.The proposal aims to put in place a new computational infractructure within UCL Biosciences that links its data generation groups together with augemted compute and archive facilities. This involves installing a high-speed network capable of transferring up to 10 Gb/s from data collection instruments to the computer clusters and data archives managed in the UCL Depts of Computer Science and Research Computing. It also involves purchasing over 700 computers for data analysis and over two petabytes of disk storage, in a combination of high-speed disk attach to thte compute cluster and lower speed cheaper disk for archiving. This combination of network, compute and storage will position UCL Biosciences to grow as a UK centre of research excellence over the next 4 years.

生物科学研究的许多研究正在从实验工作转向计算分析。这涉及到要分析的数据量和分析数据的计算能力的大幅增加，以及计算机网络将数据从收集仪器移动到用于分析数据的计算集群，然后转移到数据上的速度和容量的大幅增加。档案。伦敦大学学院是世界领先的研究型大学之一。伦敦大学学院生物科学部承担着越来越多涉及大数据的研究。这包括大规模生物和细胞成像以及 DNA 测序，其中大部分由 BBSRC 和其他英国研究组织资助。该提案旨在在 UCL Biosciences 内部建立一个新的计算基础设施，将其数据生成组与增强计算连接起来和档案设施。这涉及安装一个高速网络，能够以高达 10 Gb/s 的速度从数据收集仪器传输到伦敦大学学院计算机科学与研究计算系管理的计算机集群和数据档案。它还涉及购买 700 多台用于数据分析的计算机和超过 2 PB 的磁盘存储，结合连接到计算集群的高速磁盘和用于归档的低速廉价磁盘。网络、计算和存储的结合将使 UCL Biosciences 在未来 4 年内成长为英国卓越研究中心。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Role of mobile genetic elements in the global dissemination of the carbapenem resistance gene blaNDM.

移动遗传元件在碳青霉烯类抗性基因blaNDM全球传播中的作用。

DOI：
http://dx.10.1038/s41467-022-28819-2
发表时间：
2022
期刊：
Nature communications
影响因子：
16.6
作者：
Acman M
通讯作者：
Acman M

Additional file 2 of Drivers of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) lineage replacement in China

中国耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）谱系更替的驱动因素补充文件2

DOI：
http://dx.10.6084/m9.figshare.16901002
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Chen H
通讯作者：
Chen H

Dominance is common in mammals and is associated with trans-acting gene expression and alternative splicing.

显性在哺乳动物中很常见，并且与反式作用基因表达和选择性剪接有关。

DOI：
http://dx.10.1186/s13059-023-03060-2
发表时间：
2023
期刊：
Genome biology
影响因子：
12.3
作者：
Cui L
通讯作者：
Cui L

Additional file 15 of Dominance is common in mammals and is associated with trans-acting gene expression and alternative splicing

优势的附加文件 15 在哺乳动物中很常见，与反式作用基因表达和选择性剪接有关

DOI：
http://dx.10.6084/m9.figshare.24597650
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Cui L
通讯作者：
Cui L

Large-scale network analysis captures biological features of bacterial plasmids.

大规模网络分析捕获细菌质粒的生物学特征。

DOI：
http://dx.10.1038/s41467-020-16282-w
发表时间：
2020
期刊：
Nature communications
影响因子：
16.6
作者：
Acman M
通讯作者：
Acman M

DOI：
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作者：
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作者：
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Richard Mott其他文献

Comparative gene expression profiling by oligonucleotide fingerprinting.

通过寡核苷酸指纹图谱比较基因表达谱。

DOI：
10.1093/nar/26.9.2216
发表时间：
1998-05-01
期刊：
Nucleic acids research
影响因子：
14.9
作者：
Sebastian M eier;Jörg Lange;Helmut Gerst;Ralf Herwig;Armin Schmitt;Jan Freund;Thorsten Elge;Richard Mott;Bernhard Herrmann;Hans Lehrach
通讯作者：
Hans Lehrach

Nouvelle avancée dans notre connaissance des facteurs génétiques contribuant aux phénotypes complexes

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DOI：
10.1051/medsci/2013296024
发表时间：
2013-06-01
期刊：
M S-medecine Sciences
影响因子：
0.7
作者：
Amelie Baud;S. Calderari;Richard Mott;J. Flint;Dominique Gauguier
通讯作者：
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10.1007/s00335-023-10025-0
发表时间：
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2.5
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Hanifa J Abu;Iqbal M. Lone;I. Binenbaum;Richard Mott;Eleftherios Pilalis;A. Chatziioannou;Fuad A. Iraqi
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Use of the Polar V800 and Actiheart 5 heart rate monitors for the assessment of heart rate variability (HRV) in horses

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DOI：
10.1016/j.applanim.2021.105401
发表时间：
2021-08-01
期刊：
Applied Animal Behaviour Science
影响因子：
2.3
作者：
Richard Mott;F. Dowell;Neil Evans
通讯作者：
Neil Evans

Hepatic gene expression variations in response to high-fat diet-induced impaired glucose tolerance using RNAseq analysis in collaborative cross mouse population

在协作交叉小鼠群体中使用 RNAseq 分析响应高脂肪饮食诱导的糖耐量受损的肝基因表达变化

DOI：
10.1007/s00335-019-09816-1
发表时间：
2019-10-01
期刊：
Mammalian Genome
影响因子：
2.5
作者：
H. A. Atamni;G. Kontogianni;I. Binenbaum;Richard Mott;Heinz Himmelbauer;Hans Lehrach;A. Chatziioannou;F. Iraqi
通讯作者：
F. Iraqi