Genomic and Bioinformatic Core

基因组和生物信息学核心

基本信息

项目摘要

GENOMIC AND BIOINFORMATIC CORE – PROJECT SUMMARY The Genomic and Bioinformatic Core (GBC) will provide CNDD investigators with the resources, support, and training necessary for both data analysis, data sharing, and data interpretation. The overall objective of the GBC is to enhance the success of the CNDD investigators through high-quality support in state-of-the- art bioinformatics, biostatistics, and data management for CNDD research projects and pilot projects through mentorship and training and analysis execution, which includes assistance with study design, implementation, data collection, analysis, data publication and sharing, and future grant proposals. The hardware backbone of GBC computing capacity is a cluster with 200 CPU cores and 2 GPU cores distributed over 3 nodes with 346 GB RAM each. The software backbone consists of a suite of scientific programming environments, as well as compilers for all major programming languages, and in-house analysis pipelines are available for standard NGS sequencing analysis and single-cell multiomics. The GBC will host a Git repository (GitLab) for software-version control and data sharing to assist the CNDD JIs and their trainees with bioinformatic data sharing. The GBC will assist CNDD JI success thru the following Specific Aims: 1) Provide CNDD investigators with essential computation infrastructure for complex genomic and bioinformatic research approaches; 2) Provide CNDD Investigators with expert technical staff to carry out complex bioinformatic analysis of genetic, transcriptomic, and epigenomic data sets; and 3) Train and mentor CNDD investigators, their trainees, and the broader MUSC research community, in cutting-edge, bioinformatic data analysis of genetic, transcriptomic, and epigenomic data sets.
基因组和生物信息学核心——项目摘要 基因组和生物信息学核心 (GBC) 将为 CNDD 研究人员提供资源、支持、 数据分析、数据共享和数据解释所需的培训。 GBC 的目标是通过在最新情况下提供高质量的支持来提高 CNDD 调查人员的成功率 CNDD 研究项目和试点项目的艺术生物信息学、生物统计学和数据管理 指导、培训和分析执行,包括研究设计方面的协助, 实施、数据收集、分析、数据发布和共享以及未来的资助提案。 GBC计算能力的硬件骨干是200个CPU核和2个GPU核分布式集群 超过 3 个节点,每个节点具有 346 GB RAM 软件主干由一套科学编程组成。 环境,以及所有主要语言编程的编译器,以及内部分析管道 可用于标准 NGS 测序分析和单细胞多组学 GBC 将托管 Git。 用于软件版本控制和数据共享的存储库 (GitLab),以协助 CNDD JI 及其学员 GBC 将通过以下具体目标协助 CNDD JI 取得成功:1) 为 CNDD 研究人员提供复杂基因组和生物信息学的必要计算基础设施 研究方法;2) 为 CNDD 调查人员提供专家技术人员进行复杂的研究 遗传、转录组和表观基因组数据集的生物信息分析;3) 培训和指导 CNDD; 研究人员、他们的学员以及更广泛的 MUSC 研究界在尖端生物信息学数据方面 遗传、转录组和表观基因组数据集的分析。

项目成果

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