ゲノム情報から見る日本産モグラ科哺乳類の集団形成史と分類学的再検討

从基因组信息看日本鼹鼠科哺乳动物的种群史和分类学复查

• 批准号: 22KJ0137
• 负责人: 角井 建
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0137/
• 关键词: 系統地理; 地下性哺乳類; 全ゲノム; 第四紀; デモグラフィー

日本産モグラ科哺乳類を対象に、リファレンスゲノムを作成してその遺伝的な研究基盤を築き（計画1）、集団ゲノミクス解析によって第四紀環境変動や種間競争が集団形成に与えた影響を解明し、日本の哺乳類の系統地理における一つの指標とする（計画2）。またモグラ類の地下適応に関連する遺伝子を探索・解析する（計画3）。計画1および計画2について、2022年6月に10x Linked ReadsおよびOmni-C技術によるコウベモグラの全ゲノム解析をおこない、便宜的なリファレンス配列とした。MIG-seqで取得したリードデータをマッピングすることでリファレンス配列を用いない解析に比べて3倍近いSNPデータを取得することが可能となった。得られたSNPデータをもとにアズマモグラとコウベモグラ集団の遺伝的構造、および集団ごとの分岐シナリオ・分岐年代の推定をおこなった。その結果、mtDNAを用いた先行研究とは一部異なる集団構造が存在することが示され、両種の分岐シナリオに新たな知見を供することとなった。また、分岐年代に関しては先行研究とも一致する結果が得られ、アズマモグラ集団の分断化、コウベモグラの日本列島への移入などの集団分岐と地理的イベントの関連性を見出すに至った。この成果は現在論文として執筆中である。これは日本と大陸を繋ぐ陸橋が形成された時期を考察するうえで重要な情報となり得、他の哺乳類にも影響を与えたと考えられる。また、隠岐の島島後卯敷地区にて未発見のアズマモグラの集団を発見し、これを短報の形で報告した。計画3について、全ゲノム解析とともにおこなったRNA-seqをもとにした遺伝子アノテーションとリファレンス作成を報告する論文の執筆計画が進行中である。

创建日本鼹鼠科哺乳动物参考基因组并建立遗传研究基地（计划一），利用种群基因组学分析阐明第四纪环境变化和种间竞争对种群形成的影响，作为系统发育地理学的指标。日本哺乳动物（计划 2）。我们还将探索和分析与鼹鼠地下适应相关的基因（计划3）。对于计划1和计划2，2022年6月，我们利用10x Linked Reads和Omni-C技术对科比痣进行了全基因组分析，并将其作为方便的参考序列。通过映射 MIG-seq 获得的读取数据，与不使用参考序列的分析相比，可以获得近三倍的 SNP 数据。根据获得的SNP数据，我们估计了东鼹鼠和神户鼹鼠种群的遗传结构，以及每个种群的分化情景和年龄。结果表明，存在一个与之前使用线粒体DNA进行的研究部分不同的种群结构，提供了关于这两个物种的分化情况的新知识。此外，有关分化年龄的结果与之前的研究一致，从而发现了种群分化与地理事件之间的关系，例如东鼹鼠种群的破碎和神户鼹鼠引入日本列岛。该结果目前正在撰写为论文。这可能是考虑连接日本和大陆的陆桥何时形成的重要信息，并且被认为也对其他哺乳动物产生了影响。此外，我们还在冲之岛群岛的豪牛地区发现了未被发现的东鼹鼠种群，并以简短报告的形式进行了报道。关于计划 3，计划撰写一篇论文，报告基于 RNA-seq 的基因注释和参考创建，该过程与全基因组分析一起进行。

项目成果

未確認のアズマモグラの生息地を発見～西日本に新たな飛び地があることが判明～

发现东鼹的不明栖息地～日本西部发现新飞地～

縮約ゲノム解析による日本産モグラ類（Mogera imaizumii, Mogera wogura）の系統地理学的解析

使用简化基因组分析对日本鼹鼠（Mogera imaizumii、Mogera wogura）进行系统发育地理学分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 角井建; 木下豪太; 原田正史; 佐藤淳; 郷康広; 辰本将司; 三橋れい子 鈴木仁; 長田直樹
• 通讯作者: 長田直樹

First record for the lesser Japanese mole Mogera imaizumii (Soricomorpha, Talpidae) from Dogo, Oki Islands, Japan

日本隐岐群岛道后首次记录日本小鼹鼠<i>Mogera imaizumii</i>（Soricomorpha，Talpidae）

• DOI: 10.11238/mammalianscience.63.63
• 发表时间: 2023
• 作者: Takeru Tsunoi; Masashi Harada; Masaru Notsu; Reiko Mitsuhashi;Hitoshi Suzuki
• 通讯作者: Hitoshi Suzuki